cluster # 6898

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Schistosoma mansoni
cluster # 6898 cluster # 6898 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6898#0 length = 723 sequences # 1

consensus_6898#1 length = 714 sequences # 3

consensusID : consensus_6898#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 723
fasta sequence

                              [CTCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGTTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACAATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAATATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGTGATGTTAATCTCTGCACANATACATCTGCTCGCCAATCTCCACTTATGTTAGCTGCATTACATGGAGGTGTAGATATTTGTTCTTTGCTTATTGCACATGGTGCTAACATAAATGCTCAAGATGCTTCTGGGTATACTGCCTTAATGTATGCANTAGAACACGGTCATGTTGGTGTCGAAAATGTCTTCTTGGNNTGAGGGATTAGATTTACTTTAGTCGAATATATGGTAAAATGCTCTTAATGTGGCAAGTCAAAAAATGATTAAAAATTTTGATTTAATTCATCGCTTAATANGGTCCTTAAAGGCACTTTTTCCCTTCGGAATTTCCCCTTGCGCCGAAATTTAAATCCGGAAAAATATTACCTTTTAATTCGGATACCTGTGGAACAAAAAACCCACAATTTCGGGAACCCTGGGGGACCACATTT]

[+] EMBL CD080387             [CTCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGTTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACAATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAATATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGTGATGTTAATCTCTGCACANATACATCTGCTCGCCAATCTCCACTTATGTTAGCTGCATTACATGGAGGTGTAGATATTTGTTCTTTGCTTATTGCACATGGTGCTAACATAAATGCTCAAGATGCTTCTGGGTATACTGCCTTAATGTATGCANTAGAACACGGTCATGTTGGTGTCGAAAATGTCTTCTTGGNNTGAGGGATTAGATTTACTTTAGTCGAATATATGGTAAAATGCTCTTAATGTGGCAAGTCAAAAAATGATTAAAAATTTTGATTTAATTCATCGCTTAATANGGTCCTTAAAGGCACTTTTTCCCTTCGGAATTTCCCCTTGCGCCGAAATTTAAATCCGGAAAAATATTACCTTTTAATTCGGATACCTGTGGAACAAAAAACCCACAATTTCGGGAACCCTGGGGGACCACATTT]




>consensus_6898#0
CTCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGTTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACAATTATTC
ACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCA
CTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGC
TCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAA
TATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGTGATGTTAA
TCTCTGCACANATACATCTGCTCGCCAATCTCCACTTATGTTAGCTGCATTACATGGAGG
TGTAGATATTTGTTCTTTGCTTATTGCACATGGTGCTAACATAAATGCTCAAGATGCTTC
TGGGTATACTGCCTTAATGTATGCANTAGAACACGGTCATGTTGGTGTCGAAAATGTCTT
CTTGGNNTGAGGGATTAGATTTACTTTAGTCGAATATATGGTAAAATGCTCTTAATGTGG
CAAGTCAAAAAATGATTAAAAATTTTGATTTAATTCATCGCTTAATANGGTCCTTAAAGG
CACTTTTTCCCTTCGGAATTTCCCCTTGCGCCGAAATTTAAATCCGGAAAAATATTACCT
TTTAATTCGGATACCTGTGGAACAAAAAACCCACAATTTCGGGAACCCTGGGGGACCACA
TTT

consensusID : consensus_6898#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 714
fasta sequence

                              [GGCCAGAATTCGGCACGAGGTCCTCTCTCACCTGATTTTACTAATTTGAAATCTGATCCCAGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCTGCTATGCCGCCAGTATTAATACCTATTATTTATGGACAAACTGCAAAACTCCCTGAGCCAGTTTTAAAACCATTATATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTGCTGTTTCTTGGATTCCTGTACGTAATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAAAAGCATGTGAATCTTTAATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAGGAAATGAAAGATAAACTTCTGACTTTAGTGAAAATTTGGTTTGAACTTGCTGCAACATCACAAATAGACTTACTTAGCATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACGATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAATATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGGTGATGTTAATCTCTGCACAATACATCT]

[+] EMBL CD079893             [GGCCAGAATTCGGCACGAGGTCCTCTCTCACCTGATTTTACTAATTTGAAATCTGATCCCAGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCTGCTATGCCGCCAGTATTAATACCTATTATTTATGGACAAACTGCAAAACTCCCTGAGCCAGTTTTAAAACCATTATATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTGCTGTTTCTTGGATTCCTGTACGTAATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAAAAGCATGTGAATCTTTAATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAGGAAATGAAAGATAAACTTCTGACTTTAGTGAAAATTTGGTTTGAACTTGCTGCAACATCACAAATAGACTTACTTAGCATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACGATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAATATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGGTGATGTTAATCTCTGCACAATACATCT]
[+] EMBL CD079260             [                    TCCTCTCTCACCTGATTTTACTAATTTGAAATCTGATCCCAGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCTGCTATGCCGCCAGTATTAATACCTATTATTTATGGACAAACTGCAAAACTCCCTGAGCCAGTTTTAAAACCATTATATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTGCTGTTTCTTGGATTCCTGTACGTAATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAAAAGCATGTGAATCTTTAATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAGGAAATGAAAGATAAACTTCTGACTTTAGTGAAAATTTGGTTTGAACTTGCTGCAACATCACAAATAGACTTACTTAGCATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACGATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGT ATATAACTG                                                                       ]
[+] EMBL CD098184             [                                 GATTTTACTAATTTGAAATCTGATCCCAGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCTACTATGCCGCCAGTATTAATACCTATTATTTATGGACAAACTGCAAAACTCCCTGAGCCAGTTTTAAAACCATTATATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTGCTGTTTCTTGGATTCCTGTACGTAATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAAAAGCATGTGAATCTTTAATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAGGAAATGAAAGATAAACTTCTGACTTTAGTGAAAATTTGGTTTGAACTTGCTGCAACATCACAAATAGACTTACTTAGCATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACAATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGA                                                                                                                                                                                                                            ]




>consensus_6898#1
GGCCAGAATTCGGCACGAGGTCCTCTCTCACCTGATTTTACTAATTTGAAATCTGATCCC
AGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCTGCTATGCCG
CCAGTATTAATACCTATTATTTATGGACAAACTGCAAAACTCCCTGAGCCAGTTTTAAAA
CCATTATATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTGCTGTTTCTTGGATT
CCTGTACGTAATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAAAAGCATGTGAATCTTTA
ATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAGGAAATGAAAGATAAACTT
CTGACTTTAGTGAAAATTTGGTTTGAACTTGCTGCAACATCACAAATAGACTTACTTAGC
ATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACGATTATTCACCATCTCTGTTACGTGATGTAATT
CAATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGCACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGG
CAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCTCATCCAGATCACATTAATCGATCT
GGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAATATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAA
ACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGGTGATGTTAATCTCTGCACAATACATCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6898#0      CTCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGTTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACAATTATTC 60
consensus_6898#1      -----GGCCA-GAATTCGGCACGAGGTCCTC--TCTCACC-TGATTTTACTAATTTGAAA 51
                           *****  ***************      * ***     *** * *  * **    

consensus_6898#0      ACCATCTCTGTTACGTGATGTAATTC-AATCAATCGATGAAAATAACAGTACCTGTCTGC 119
consensus_6898#1      TCTGATCCCAGAGTGCGTCATAGTTCTGGCTTATCTAATCCGCCAACTTCTGATCCTTCT 111
                       *     *      * *   ** ***      *** *       ***      *   *  

consensus_6898#0      ACTATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATG 179
consensus_6898#1      GCTATGCCGCCAGTATTAATACCTATTAT-TTATGGAC--AAACTGCAAAACTCCCTGAG 168
                       **** ***   **  *  * * *   *  ** *  *    *  *   * ***      *

consensus_6898#0      CTCATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTA 239
consensus_6898#1      CCAGTTTTAAAACCATTA--TATTCCAAAGTTCATAGTATGGGAACTCCGAAACCTACTG 226
                      *   *    *   *****     **   * *      ***    * * * *  * ** * 

consensus_6898#0      ATATAACT--GACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGTGATGT 297
consensus_6898#1      CTGTTTCTTGGATTCCTGTACGT---AATTACCGGTTCATTTTATCAAACGAAGCAAAAA 283
                       * *  **  ** **  ** * *   **  **    **   *  ***      *  *   

consensus_6898#0      TAATCTCTGCACANATACATCTGCT--CGCCAATCTCCACTTATGTTAGCTGCATTACAT 355
consensus_6898#1      AAGCATGTGAATCTTTA-ATTGGCTACTATCAAGCTGAACCAACTGTTGGTAGGGCAGAG 342
                       *   * ** *    ** **  ***     *** **  **  *   * * *     * * 

consensus_6898#0      GGAGGTGTAGATATTTGTTCTTTGCTTATTGCACATGGTGCTAACATAAATGCTCAAGAT 415
consensus_6898#1      GAAATGAAAGATAAAC-TTCTGACTTTAGTGAAAAT----TTGGTTTGAACTTGCTGCAA 397
                      * *     *****    ****    *** ** * **     *    * **    *   * 

consensus_6898#0      GCTTCTGGGTATACTGCCTTAATGT-ATGCANTAGAACACGGTCATGTTGGTGTCGAAAA 474
consensus_6898#1      CATCACAAATAGACTTACTTAGCATTGAAGATTTCATTGCAATTCTTCACGATTATTCAC 457
                        *      ** ***  ****   *     * *  *   *  *  *    *  *    * 

consensus_6898#0      TGTCTTCTTGGNNTGAGGGATTAGATTTACTTTAGTCGAATATATGGTAAAATGCT-CTT 533
consensus_6898#1      CATCTCTGTTACGTGATGTAATTCAATCAATCGATGAAAATA-ACAGTACCTGTCTGCAC 516
                        ***   *    *** * * *  * * * *  *    **** *  ***     ** *  

consensus_6898#0      AATGTGGCAAGTCAAAAAATGATTAAAAATTTTGATTTAATTC--ATCGCTTAATANGGT 591
consensus_6898#1      TATTCCGTTGGTCATGGTGCTTGGCAAGTTGTCAATCTGATTTTGGATACTGGACATGCT 576
                       **   *   ****           **  * *  ** * ***       **  * * * *

consensus_6898#0      CCTTAAAGGCACTTTTTCCCTTCGGAATTTCCCCTTGCGCCGAAATTTAAATCCGGAAAA 651
consensus_6898#1      CATCCAGATCACATTAATCGATCTGGATTCTCACCTATTATGATTGCTACGCTTAGTAAT 636
                      * *  *   *** **   *  ** * ***  * * *     **    **      * ** 

consensus_6898#0      ATATTACCTTTTAATTC-----GGATACCT-GTGGAACAAAAAACCCACAATTTCGGGAA 705
consensus_6898#1      ATAACTGACTCTAGTGCTTTAAAAACACTTAGTCGACTATTCAGTATGGGGTGATGTTAA 696
                      ***      * ** * *       * ** * ** **  *   *        *   *  **

consensus_6898#0      CCCTGGGGGACCACATTT 723
consensus_6898#1      TCTCTGCACAATACATCT 714
                       *   *   *  **** *