cluster # 6904

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Schistosoma mansoni
cluster # 6904 cluster # 6904 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6904#0 length = 943 sequences # 2

consensus_6904#1 length = 573 sequences # 2

consensusID : consensus_6904#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 943
fasta sequence

                              [CTCCAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCGTGATCTCATTGGATCACACTCGGTCATATAGTTACTGATTTCATGTTGAAAATGAACAAGGAATACTTGACGTGGTTGACTTCTGACGGTACTTTTCGTTTGTCTATCTCAACTCCAGATTCTTGGACTAAACCCACTGATGATTGCCCTTTCACAGTCTTATCCGATCCTGGGCTAAGATTTTGCTTACTAACAGCCAGTTTTTTATTGGCTTTCCCTTATGACAATTTTATTTCGAATCATTTATTATTCGATAGTTCAGTATCGTCGCGTTTATCATCATCTACTTGTGTATCACGCCTTCAGATAATGAAAAAGTTAACAGAAGATGTAAAACTATTACCTACAACTCTCACTGAATTACGTTTGCTACGGAATACATTGCAGTCTTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTNTCATTGTCGTTATGGACCACATCAGCGCCTACTCCACATANNACGGGCATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTANNACATACANAGCACCCCCATACATATTATNNTCTTGNNTATTCCAAATTACCTGTTTATTTCTANATTAGAATAAAAAATATTTCTTTTTATAATATATCACGTTATTGGCTTANTTGATGTCTGGTACAATCTAATACCTTACTGCTTGCTCTGGCTCTATAAATGATTCTGTGATAGATTATTG]

[+] EMBL CD079837             [CTCCAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCGTGATCTCATTGGATCACACTCGGTCATATAGTTACTGATTTCATGTTGAAAATGAACAAGGAATACTTGACGTGGTTGACTTCTGACGGTACTTTTCGTTTGTCTATCTCAACTCCAGATTCTTGGACTAAACCCACTGATGATTGCCCTTTCACAGTCTTATCCGATCCTGGGCTAAGATTTTGCTTACTAACAGCCAGTTTTTTATTGGCTTTCCCTTATGACAATTTTATTTCGAATCATTTATTATTCGATAGTTCAGTATCGTCGCGTTTATCATCATCTACTTGTGTATCACGCCTTCAGATAATGAAAAAGTTAACAGAAGATGTAAAACTATTACCTACAACTCTCACTGAATTACGTTTGCTACGGAATACATTGCAGTCTTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTNTCATTGTCGTTATGGACCACATCAGCGCCTACTCCACATANNACGGGCATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTANNACATACANAGCACCCCCATACATATTATNNTCTTGNNTATTCCAAATTACCTGTTTATTTCTANATTAGAATAAAAAATATTTCTTTTTATAATATATCACGTTATTGGCTTANTTGATGTCTGGTACAATCTAATACCTTACTGCTTGCTCTGGCTCTATAAATGATTCTGTGATAGATTATTG]
[+] EMBL CD189010             [                                                           TTACTGATTTCATGTTGAAAATGAACAAGGAATACTTGACGTGGTTGACTTCTGACGGTACTTTTCGTTTGTCTATCTCAACTCCAGATTCTTGGACTAAACCCACTGATGATTGCCCTTTCACAGTCTTATCCGATCCTGGGCTAAGATTTTGCTTACTAACAGCCAGTTTTTTATTGGCTTTCCCTTATGACAATTTTATTTCGAATCATTTATTATTCGATAGTTCAGTATCGTCGCGTTTATCATCATCTACTTGTGTATCACGCCTTCAGATAATGAAAAAGTTAACAGAAGATGTAAAACTATTACCTACAACTCTCACTGAATTACGTTTGCTACGGAATACATTGCAGTCTTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]




>consensus_6904#0
CTCCAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCGTGATCTCATTGGATCACACTCGGTCATATAGT
TACTGATTTCATGTTGAAAATGAACAAGGAATACTTGACGTGGTTGACTTCTGACGGTAC
TTTTCGTTTGTCTATCTCAACTCCAGATTCTTGGACTAAACCCACTGATGATTGCCCTTT
CACAGTCTTATCCGATCCTGGGCTAAGATTTTGCTTACTAACAGCCAGTTTTTTATTGGC
TTTCCCTTATGACAATTTTATTTCGAATCATTTATTATTCGATAGTTCAGTATCGTCGCG
TTTATCATCATCTACTTGTGTATCACGCCTTCAGATAATGAAAAAGTTAACAGAAGATGT
AAAACTATTACCTACAACTCTCACTGAATTACGTTTGCTACGGAATACATTGCAGTCTTT
AATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTAT
TTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTA
TTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAAC
CATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCA
GCTCAGGTGGATGCTNTCATTGTCGTTATGGACCACATCAGCGCCTACTCCACATANNAC
GGGCATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTANNACATACANAGCACCCCCATACA
TATTATNNTCTTGNNTATTCCAAATTACCTGTTTATTTCTANATTAGAATAAAAAATATT
TCTTTTTATAATATATCACGTTATTGGCTTANTTGATGTCTGGTACAATCTAATACCTTA
CTGCTTGCTCTGGCTCTATAAATGATTCTGTGATAGATTATTG

consensusID : consensus_6904#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 573
fasta sequence

                              [GCAGTCCTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTTTCATTGTCGTTATGGACAACATCAGCGCCTACTCCACATAAAACGGCAATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTAAACAATACAAAGCACCCAATAACATATTATTTCTTGTTAATTCCAAATTTACCTGTTTATTTACTAGATTAAGAATAAAAAATTATTTTCTTTTTTATAATAATTATCGCGTTTATTGGCTTACTTGATTGGTCTGTGTACAAATTCTAAATACGCGTTTACTGTCTTTGCTCTGGGTCTCTTTATCAGAATTGATTTTCTGTTGTATAAGATTTAATATGAATAAAT]

[-] EMBL AI975482             [GCAGTCCTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTTTCATTGTCGTTATGGACAACATCAGCGCCTACTCCACATAAAACGGCAATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTAAACAATACAAAGCACCCAATAACATATTATTTCTTGTTAATTCCAAATTTACCTGTTTATTTACTAGATTAAGAATAAAAAATTATTTTCTTTTTTATAATAATTATCGCGTTTATTGGCTTACTTGATTGGTCTGTGTACAAATTCTAAATACGCGTTTACTGTCTTTGCTCTGGGTCTCTTTATCAGAATTGATTTTCTGTTGTATAAGATTTAATATGAATAAAT]
[+] EMBL CD145106             [                                                                                                                               TATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTTTCATTGTCGTTATGGACAACATCAGCGCCTACTCCACATAAAACGGCAATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTANACAATACAAAACACCCAATAACATATTATTTCCTGGTAATTCCAAAT                                                                                                                                                                                    ]




>consensus_6904#1
GCAGTCCTTAATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTG
ACATGTTATTTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCA
GGATTCCTATTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTT
GTCACCAACCATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATA
AGCGTTGCAGCTCAGGTGGATGCTTTCATTGTCGTTATGGACAACATCAGCGCCTACTCC
ACATAAAACGGCAATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTAAACAATACAAAGCAC
CCAATAACATATTATTTCTTGTTAATTCCAAATTTACCTGTTTATTTACTAGATTAAGAA
TAAAAAATTATTTTCTTTTTTATAATAATTATCGCGTTTATTGGCTTACTTGATTGGTCT
GTGTACAAATTCTAAATACGCGTTTACTGTCTTTGCTCTGGGTCTCTTTATCAGAATTGA
TTTTCTGTTGTATAAGATTTAATATGAATAAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6904#0      CTCCAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCGTGATCTCATTGGATCACACTCGGTCATATAGT 60
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      TACTGATTTCATGTTGAAAATGAACAAGGAATACTTGACGTGGTTGACTTCTGACGGTAC 120
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      TTTTCGTTTGTCTATCTCAACTCCAGATTCTTGGACTAAACCCACTGATGATTGCCCTTT 180
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      CACAGTCTTATCCGATCCTGGGCTAAGATTTTGCTTACTAACAGCCAGTTTTTTATTGGC 240
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      TTTCCCTTATGACAATTTTATTTCGAATCATTTATTATTCGATAGTTCAGTATCGTCGCG 300
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      TTTATCATCATCTACTTGTGTATCACGCCTTCAGATAATGAAAAAGTTAACAGAAGATGT 360
consensus_6904#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6904#0      AAAACTATTACCTACAACTCTCACTGAATTACGTTTGCTACGGAATACATTGCAGTCTTT 420
consensus_6904#1      ---------------------------------------------------GCAGTCCTT 9
                                                                         ****** **

consensus_6904#0      AATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTAT 480
consensus_6904#1      AATGAATACAAACAGAAATCTCTGGTGTACAGGTTGTGTAGAGCAAAAGTGACATGTTAT 69
                      ************************************************************

consensus_6904#0      TTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTA 540
consensus_6904#1      TTACACTTTTGATAAACCCTTTTATCTAGGTATATTCCTCTTTTCTAACCAGGATTCCTA 129
                      ************************************************************

consensus_6904#0      TTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAAC 600
consensus_6904#1      TTGAATCTAACGTTCAGTTTCTTATTGGTTATATGATGCACTATTTTCTTTGTCACCAAC 189
                      ************************************************************

consensus_6904#0      CATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCA 660
consensus_6904#1      CATGTTTTCTAACTCTATTTAGTGACATATATGACTGTGAAATAATGGATAAGCGTTGCA 249
                      ************************************************************

consensus_6904#0      GCTCAGGTGGATGCTNTCATTGTCGTTATGGACCACATCAGCGCCTACTCCACATANNAC 720
consensus_6904#1      GCTCAGGTGGATGCTTTCATTGTCGTTATGGACAACATCAGCGCCTACTCCACATAAAAC 309
                      *************** ***************** **********************  **

consensus_6904#0      GGGCATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTANNACATACANAGCACCCCCATACA 780
consensus_6904#1      GGCAATGAAAGCTCCGCAATTAAACTATCTAGCTTAAACAATACAAAGCACCCAATAACA 369
                      **  ********************************    ***** *******    ***

consensus_6904#0      TATTATNNTCTTGNNTATTCCAAATT-ACCTGTTTATTT-CTANATTA-GAATAAAAAAT 837
consensus_6904#1      TATTATTT-CTTGTTAATTCCAAATTTACCTGTTTATTTACTAGATTAAGAATAAAAAAT 428
                      ******   ****   ********** ************ *** **** ***********

consensus_6904#0      A---TTTCTTTTTATAATA--TATCACGTT-ATTGGCTTANTTGAT--GTCTG-GTACAA 888
consensus_6904#1      TATTTTCTTTTTTATAATAATTATCGCGTTTATTGGCTTACTTGATTGGTCTGTGTACAA 488
                          **  ***********  **** **** ********* *****  ***** ******

consensus_6904#0      TCT---AATAC---CTTACTGC--TTGCTCTGGCTCTAT-------AAATGATT--CTGT 931
consensus_6904#1      ATTCTAAATACGCGTTTACTGTCTTTGCTCTGGGTCTCTTTATCAGAATTGATTTTCTGT 548
                        *   *****    ******   ********* *** *       ** *****  ****

consensus_6904#0      GATAGATTATTG------------- 943
consensus_6904#1      TGTATAAGATTTAATATGAATAAAT 573
                        ** *  ***