cluster # 6973

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Schistosoma mansoni
cluster # 6973 cluster # 6973 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6973#0 length = 500 sequences # 3

consensus_6973#1 length = 209 sequences # 1

consensusID : consensus_6973#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 500
fasta sequence

                              [CACAGCGTTACAGGCTGTCAGAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGTCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCAGAGGCTCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGCGTGTGGGTGCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGGCCATGCTGTCGGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCGGCTGCTCACCTGGGCGTGTGGTTGCTGTTCCATGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGTTGTGGGTGCTGCTCCGTTCGGTCAGATGCTCGCCTGGGAGTGTGGGTTCTGCTCCATGAGTTTCAGATGCTCGCCTGGGGGTTTGGGTGCTGCTCCAAGAAGTCATATGCTCACCTCAGGTTGTGGTGCTGCTCCAGGTGTCAAAA]

[+] EMBL CD087565             [CACAGCGTTACAGGCTGTCAGAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGTCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCAGAGGCTCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGCGTGTGGGTGCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGGCCATGCTGTCGGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGT                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD087590             [               TGTCAGAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGTCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCAGAGGCTCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGCGTGTGGGTGCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGGCCATGCTGTCGGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCGGCTGCTCACCTGGGCGTGTGGTTGCTGTTCCATGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGTTGTGGGTGCTGCTCCGTTCGGTCAGATGCTCGCCTGGGAGTGTGGGTTCTGCTCCATGAGTTTCAGATGCTCGCCTGGGGGTTTGGGTGCTGCTCCAAGAAGTCATATGCTCACCTCAGGTTGTGGTGCTGCTCCAGGTGTCAAAA]
[+] EMBL CD087571             [               TGTCAAAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGACTGTCAAATGCTCGCCTGGGGGTGTGGATTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTGGGTGCTGTACCAGGCTGACAAAGGCTCACTGGGGGTGTGCGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]




>consensus_6973#0
CACAGCGTTACAGGCTGTCAGAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGTCTGTCA
GATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTG
GGTGCTGTTCCAGGCTGTCAGAGGCTCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGGCTGTCAG
ATGCTCACCTGGGCGTGTGGGTGCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGG
GTGCTGGCCATGCTGTCGGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCGGC
TGCTCACCTGGGCGTGTGGTTGCTGTTCCATGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGTTGTGGG
TGCTGCTCCGTTCGGTCAGATGCTCGCCTGGGAGTGTGGGTTCTGCTCCATGAGTTTCAG
ATGCTCGCCTGGGGGTTTGGGTGCTGCTCCAAGAAGTCATATGCTCACCTCAGGTTGTGG
TGCTGCTCCAGGTGTCAAAA

consensusID : consensus_6973#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 209
fasta sequence

                              [ATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTTCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGAGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCAGTCTGACCCTCACCCGGGGGTGCAGGGTGCTGTTCCCGGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTGCTATTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCTGTCGGATGCTCACC]

[-] EMBL CD097548             [ATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTTCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGAGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCAGTCTGACCCTCACCCGGGGGTGCAGGGTGCTGTTCCCGGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTGCTATTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCTGTCGGATGCTCACC]




>consensus_6973#1
ATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTTCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGAGTGTGGG
TGCTGCTCCAGGCAGTCTGACCCTCACCCGGGGGTGCAGGGTGCTGTTCCCGGCTGTCAG
ATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTGCTATTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGG
GTGCTGCTCCAGGCTGTCGGATGCTCACC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6973#0      CACAGCGTTACAGGCTGTCAGAGGCTCACCTGGCCATGTGGGTGCTCTTCCAGTCTGTCA 60
consensus_6973#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6973#0      GATGCTCGCCTGGGGGTGTGGTTTCTGCTCTTGGCTATCGGATGCTCACCTAGGGGTGTG 120
consensus_6973#1      -----------------------------------------ATGCTCACCTGGGGGTGTG 19
                                                               ********** ********

consensus_6973#0      GGTGCTGTTCCAGGCTGTCAGAGGCTCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGGCTGTCAG 180
consensus_6973#1      GGTGCTGCTTCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGAGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCAGTCTG 79
                      ******* * ************ ******  ** ***** ************** *** *

consensus_6973#0      ATGCTCACCTGGGCGTGT-GGGTGCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGGTGTG 239
consensus_6973#1      ACCCTCACCCGGGGGTGCAGGGTGCTGTTCCCGGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGGTGTG 139
                      *  ****** *** ***  ************ ** * ********** ************

consensus_6973#0      GGTGCTGG-CCATGCTGTCGGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGTTCCAGGCTGTCG 298
consensus_6973#1      GTTGCTATTCCAGGCTGTCAGATGCTCACCTGGGGGTGTGGGTGCTGCTCCAGGCTGTCG 199
                      * ****   *** ****** *************************** ************

consensus_6973#0      GCTGCTCACCTGGGCGTGTGGTTGCTGTTCCATGCTGTCAGATGCTCGCCTGGGGTTGTG 358
consensus_6973#1      GATGCTCACC-------------------------------------------------- 209
                      * ********                                                  

consensus_6973#0      GGTGCTGCTCCGTTCGGTCAGATGCTCGCCTGGGAGTGTGGGTTCTGCTCCATGAGTTTC 418
consensus_6973#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6973#0      AGATGCTCGCCTGGGGGTTTGGGTGCTGCTCCAAGAAGTCATATGCTCACCTCAGGTTGT 478
consensus_6973#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6973#0      GGTGCTGCTCCAGGTGTCAAAA 500
consensus_6973#1      ----------------------