cluster # 6982

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Schistosoma mansoni
cluster # 6982 cluster # 6982 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6982#0 length = 670 sequences # 3

consensus_6982#1 length = 415 sequences # 1

consensusID : consensus_6982#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 670
fasta sequence

                              [ACAGGTGGATTAGTTTTACGTCGTTTTAATTTTGGAAATTTCGGTGGCCAATTATAGACTTCACTACATTTATATCCGTTCTGTAATAATTTTTGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAATGATGATCATATTCATTAAATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATATAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGGTGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAACTGGTAGGTGACATAATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGCTTTCGTGCATTTTGTAATTCTTGACTGTTTGCATAAACATGCTTATCATGTTCATCATTTTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGATTATTTGGATCAGATGACATTTTTGTTGGAATTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAGTAGAATATACTATATCAAGACCTTCTTCTGGTCTTTTCAATTGTTGTAATGAATCAGTAATGGATGAAACGTACATAGAGTTGAATTACTAAGTGAGCTTATCATACACTTTTTACGCACAGCAACTGTTGCCA]

[+] EMBL CD096143             [ACAGGTGGATTAGTTTTACGTCGTTTTAATTTTGGAAATTTCGGTGGCCAATTATAGACTTCACTACATTTATATCCGTTCTGTAATAATTTTTGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAATGATGATCATATTCATTAAATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATATAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGGTGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAACTGGTAGGTGACATAATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGCTTTCGTGCATTTTGTAATTCTTGACTGTTTGCATAAACATGCTTATCATGTTCATCATTTTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGATTATTTGGATCAGATGACATTTT                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD096162             [ACAGGTGGATTAGCTTTACGTCGTTTTAATTTTGGAAATTTCGGTGGCCAACTATAGACTTCACTACATTTATAT CGTTCTGTAATAATTTTTGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAATGATGATCATATTCATTAAATGATAAAGCTGCTGATTGATATGTTGGCTGATATAGACGTGGTCTACTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD097790             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATAATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGCTTTCGTGCATTTTGTAATTCTTGACTGTTTGCATAAACATGCTTATCATGTTCATCATTTTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGATTATTTGGATCAGATGACATTTTTGTTGGAATTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAGTAGAATATACTATATCAAGACCTTCTTCTGGTCTTTTCAATTGTTGTAATGAATCAGTAATGGATGAAACGTACATAGAGTTGAATTACTAAGTGAGCTTATCATACACTTTTTACGCACAGCAACTGTTGCCA]




>consensus_6982#0
ACAGGTGGATTAGTTTTACGTCGTTTTAATTTTGGAAATTTCGGTGGCCAATTATAGACT
TCACTACATTTATATCCGTTCTGTAATAATTTTTGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATT
ATTATAATGATGATCATATTCATTAAATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATA
TAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGG
TGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAACTGGTAGGTGACAT
AATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGG
CTTTCGTGCATTTTGTAATTCTTGACTGTTTGCATAAACATGCTTATCATGTTCATCATT
TTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGG
ATTATTTGGATCAGATGACATTTTTGTTGGAATTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAGTAGA
ATATACTATATCAAGACCTTCTTCTGGTCTTTTCAATTGTTGTAATGAATCAGTAATGGA
TGAAACGTACATAGAGTTGAATTACTAAGTGAGCTTATCATACACTTTTTACGCACAGCA
ACTGTTGCCA

consensusID : consensus_6982#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 415
fasta sequence

                              [CATTATATCGTTCTGTAATAATTTTAGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAATGATGATCATATTCATTACATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATATAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGGTGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAATTGGTAGGTGACATAATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGATCATTTTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGATTATTAGGATCAGATGACATTTTGGTAGGAAGTTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAG]

[+] EMBL CD061591             [CATTATATCGTTCTGTAATAATTTTAGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAATGATGATCATATTCATTACATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATATAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGGTGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAATTGGTAGGTGACATAATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGATCATTTTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGATTATTAGGATCAGATGACATTTTGGTAGGAAGTTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAG]




>consensus_6982#1
CATTATATCGTTCTGTAATAATTTTAGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATTATTATAAT
GATGATCATATTCATTACATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATATAGACGTG
GTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGGTGATGAAT
AATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAATTGGTAGGTGACATAATTCTTC
TCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGGATCATTTT
CTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGGAT
TATTAGGATCAGATGACATTTTGGTAGGAAGTTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6982#0      ACAGGTGGATTAGTTTTACGTCGTTTTAATTTTGGAAATTTCGGTGGCCAATTATAGACT 60
consensus_6982#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6982#0      TCACTACATTTATATCCGTTCTGTAATAATTTTTGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATT 120
consensus_6982#1      ------CATT-ATATC-GTTCTGTAATAATTTTAGGTCTACGAGGTTTTAATGTACCATT 52
                            **** ***** **************** **************************

consensus_6982#0      ATTATAATGATGATCATATTCATTAAATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATA 180
consensus_6982#1      ATTATAATGATGATCATATTCATTACATGATAAAGTTGCTGATTGATATGTTGGTTGATA 112
                      ************************* **********************************

consensus_6982#0      TAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGG 240
consensus_6982#1      TAGACGTGGTCTAGTTGGATAATCTGTATATCTCATTGTTTGTACTCGTCTTGCTTCAGG 172
                      ************************************************************

consensus_6982#0      TGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAACTGGTAGGTGACAT 300
consensus_6982#1      TGATGAATAATATTGATCATATTCTTGTGGATATCTTCTATCCAAATTGGTAGGTGACAT 232
                      ********************************************** *************

consensus_6982#0      AATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGG 360
consensus_6982#1      AATTCTTCTCTCTGATCTCATTGTATACGAATGATGTGGTTGAAATTGCATTGATAATGG 292
                      ************************************************************

consensus_6982#0      CTTTCGTGCATTTTGTAATTCTTGACTGTTTGCATAAACATGCTTATCATGTTCATCATT 420
consensus_6982#1      ------------------------------------------------------ATCATT 298
                                                                            ******

consensus_6982#0      TTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGG 480
consensus_6982#1      TTCTTTTCTATCTATATTTGGTGGTCTATTTGGTTTAATTGAATGATTTACATAAATAGG 358
                      ************************************************************

consensus_6982#0      ATTATTTGGATCAGATGACATTTTTGTTGGAA-TTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAGTAG 539
consensus_6982#1      ATTATTAGGATCAGATGACATTTTGGTAGGAAGTTGCTGGTGGTGCAATTAGTTCAG--- 415
                      ****** ***************** ** **** ************************   

consensus_6982#0      AATATACTATATCAAGACCTTCTTCTGGTCTTTTCAATTGTTGTAATGAATCAGTAATGG 599
consensus_6982#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6982#0      ATGAAACGTACATAGAGTTGAATTACTAAGTGAGCTTATCATACACTTTTTACGCACAGC 659
consensus_6982#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6982#0      AACTGTTGCCA 670
consensus_6982#1      -----------