These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7123#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 273 fasta sequence [ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATTTAATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] [-] EMBL AI740208 [ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATT ] [+] EMBL SM006 [ TTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTG TTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTCCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAACATTTAATTTTAACCAAAAA ] [-] EMBL AI395247 [ GATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATA TTAA TTTACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] consensusID : consensus_7123#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 234 fasta sequence [GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTTCTGGATGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTNTGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC] [+] EMBL SM7141 [GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTTCTGGATGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTNTGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7123#0 -----ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGA 55 consensus_7123#1 GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTT-CTGGA 59 * ****** *** * ******* *** *** ******** * ** ***** consensus_7123#0 TGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACG 115 consensus_7123#1 TGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACG 119 ************ * ***************************** *************** consensus_7123#0 TGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTA 175 consensus_7123#1 TGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTN 179 *********************** * ****** *************** **** ***** consensus_7123#0 TTCAGATTCATTAATTATTGT-TAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATT 234 consensus_7123#1 TGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC----- 234 * ** * ************ ************ ***** ************* consensus_7123#0 TAATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 273 consensus_7123#1 --------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||