cluster # 7181

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 7181 cluster # 7181 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7181#0 length = 365 sequences # 4

consensus_7181#1 length = 251 sequences # 1

consensusID : consensus_7181#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 365
fasta sequence

                              [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTGA]

[+] EMBL CD114849             [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCTGTTTAATGATTTG ]
[+] EMBL CD114940             [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTG ]
[+] EMBL CD114843             [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCTACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTG ]
[-] EMBL CD115081             [ ATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTCTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTGA]




>consensus_7181#0
AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACT
GGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTC
ATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATG
AATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACT
CCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATC
ATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGA
TTTGA

consensusID : consensus_7181#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 251
fasta sequence

                              [CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAATGAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCACTCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTATCACGTGGGGCTACTCTTAT]

[+] EMBL SM7111               [CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAATGAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCACTCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTATCACGTGGGGCTACTCTTAT]




>consensus_7181#1
CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTCATTTCCAT
CTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAATGAATTAGT
ATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCACTCCACTGA
CTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTATCACGTGGG
GCTACTCTTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7181#0      AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACT 60
consensus_7181#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7181#0      GGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTC 120
consensus_7181#1      --------CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTC 52
                              ********************************* ********* ********

consensus_7181#0      ATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGC-TCTTCTAGTTGAAT 179
consensus_7181#1      ATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAAT 112
                      *************************** ****************  *** **********

consensus_7181#0      GAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCAC 239
consensus_7181#1      GAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCAC 172
                      ************ ******* ********* **** *** ******* * * ********

consensus_7181#0      TCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTAT 299
consensus_7181#1      TCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTAT 232
                      ************ **** ************* ******** ** ** *************

consensus_7181#0      CATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATG 359
consensus_7181#1      CACGTGGGGCTACTCTTAT----------------------------------------- 251
                      ** **  * **********                                         

consensus_7181#0      ATTTGA 365
consensus_7181#1      ------