cluster # 7233

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Schistosoma mansoni
cluster # 7233 cluster # 7233 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7233#0 length = 471 sequences # 2

consensus_7233#1 length = 409 sequences # 2
consensus_7233#2 length = 401 sequences # 1

consensusID : consensus_7233#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 471
fasta sequence

                              [TTAAAGATCCCTCTCCATACAGTTGACCGGATGACGACTATTTGTTCATAGAAAGTCGTTAATTAGACTTTGATGAATGAGTGATTGAGTGACTGAATGAATTGGTTGTGTGAGAATTGAGTACTTTCGCACTGTTATTGTATTTTGATAGTGAGCTCTTAGTACTTGTGTATGGATGTGTATTTGCGTTTGTTTATTTTTGAGGTTGTGGCGAAGATGGAGAGTGGTGTATTGAGTATGGTTGTATTCTGTATTTCGAGGATGTTTGTATATCTGAGTAAGTGTATAATTGAAGTGTAAATTGATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGACGAGTGACGTATGTGTATGAGATAAGTATAGATGTATGTATACATGTGTATATCT-GATTATATGT-GAATAAATAAACA-TTTGTTTATCATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATAATTAGCGGTGCAAATATTT]

[+] EMBL CD166273             [TTAAAGATCCCTCTCCATACAGTTGACCGGATGACGACTATTTGTTCATAGAAAGTCGTTAATTAGACTTTGATGAATGAGTGATTGAGTGACTGAATGAATTGGTTGTGTGAGAATTGAGTACTTTCGCACTGTTATTGTATTTTGATAGTGAGCTCTTAGTACTTGTGTATGGATGTGTATTTGCGTTTGTTTATTTTTGAGGTTGTGGCGAAGATGGAGAGTGGTGTATTGAGTATGGTTGTATTCTGTATTTCGAGGATGTTTGTATATCTGAGTAAGTGTATAATTGAAGTGTAAATTGATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGACGAGTGACGTATGTGTATGAGATAAGTATAGATGTATGTATACATGTGTATATCT GATTATATGT GAATAAATAAACA TTTGTTTATCATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATAATTAGCGGTGCAAATATTT]
[+] EMBL CD166272             [          taCTCCAAACAGTTGACCGGATGACGACTATTTGTTCATAG AAGTCGTCAATTAGACTTTGATGAATGAGTGATTGAGTGACTGAATGAATTGGTTGT TGAGAATTGAGTAGTTTCGCACTGTTATTGTATTTTGATAGTGAGCTCTTAGTACTTGTGTATGGATGTGTATTTGCGTTTGTTTATTTTTGAGGTTGTGGCGAAGATGGAGAGTGGTGTATTGAGTATGGTTGTATTCTGTATTTCGAGGATGTTTGTATATCTGAGTAAGTGTATAATTGAAGTGTAGATTGATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAAACGAGTGACGTATGTGTATGAGATAAGTATAGATGTATGTATACATGTGTATATTTCGATTATATGTGGAATAAATAAACATTTTGTTTATCATC                                               ]




>consensus_7233#0
TTAAAGATCCCTCTCCATACAGTTGACCGGATGACGACTATTTGTTCATAGAAAGTCGTT
AATTAGACTTTGATGAATGAGTGATTGAGTGACTGAATGAATTGGTTGTGTGAGAATTGA
GTACTTTCGCACTGTTATTGTATTTTGATAGTGAGCTCTTAGTACTTGTGTATGGATGTG
TATTTGCGTTTGTTTATTTTTGAGGTTGTGGCGAAGATGGAGAGTGGTGTATTGAGTATG
GTTGTATTCTGTATTTCGAGGATGTTTGTATATCTGAGTAAGTGTATAATTGAAGTGTAA
ATTGATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGACGAGTGACGTATGTGTATGAGATAAGT
ATAGATGTATGTATACATGTGTATATCTGATTATATGTGAATAAATAAACATTTGTTTAT
CATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATAATTAGCGGTGCAAATATTT

consensusID : consensus_7233#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 409
fasta sequence

                              [ATTACGCCGGGAGATTGAAGCGGATATGAAAAGGATGAATAAAAACTGGAAAGTACTGGAAAGGAATGCCCAGGACAGAGTTGGATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTAATAATTGTTGTTAGTGATATCAGGTACTTGGAAATAACCAACAGGAAAACTTGAACCTAAATTTCGTTCTATTCGGTACCGGTCAGAAAGGTGGGCCTTTAAGATGGAGGGAACCGGTGCTCCTTGGTCGATTCGATCGCACGTTACCCAGATACATAGTCTAAGATGTTACGACCAAGTTATTCGGGCTGCGAGTGATCTTCTGCGGGACAGGAATACAATTGATTAACCACTGAGTAAGTGGCCAAGTCCACGTTTATTTAT]

[+] EMBL CD160130             [ATTACGCCGGGAGATTGAAGCGGATATGAAAAGGATGAATAAAAACTGGAAAGTACTGGAAAGGAATGCCCAGGACAGAGTTGGATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTAATAATTGTTGTTAGTGATATCAGGTACTTGGAAATAACCAACAGGAAAACTTGAACCTAAATTTCGTTCTATTCGGTACCGGTCAGAAAGGTGGGCCTTTAAGATGGAGGGAACCGGTGCTCCTTGGTCGATTCGATCGCACGTTACCCAGATACATAGTCTAAGATGTTACGACCAAGTTATTCGGGCTGCGAGTGATCTTCTGCGGGACAGGAATACAATTGATTAACCACTGAGTAAGTGGCCAAGTCCACGTTTATTTAT]
[+] EMBL CD160244             [ATTACGCCGGGAGATTGAAGCGGATATGAAAAGGATGAATAAAAACTGGAAAGTACTGGAAAGGAATGCCCAGGACAGAGTTGGATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGACGAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTAATAATTGTTGTTAGTGATATCAGGTACTTGGAAATAACCAACAGGAAAACTTGAACCTAAATTTCGTTCTATTCGGTACCGGTCAGAAAGGTGGGCCTTTAAGATGGAGGGAACCGGTGCTCCTTGGTCGATTCGATCGCACGTTACCCAGATACATAGTCTAAGATGTTACGACCAAGTTATTCGGGCTGCGAGTGATCTTCTGCGGGACAGGAATACAATTGATTAACCACTGAGT AGTGGCCAAGTCCACGTTTATTTAT]




>consensus_7233#1
ATTACGCCGGGAGATTGAAGCGGATATGAAAAGGATGAATAAAAACTGGAAAGTACTGGA
AAGGAATGCCCAGGACAGAGTTGGATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGAC
GAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTAATAATTGTTGTTAGTGATATCAGGTACTTGGAAAT
AACCAACAGGAAAACTTGAACCTAAATTTCGTTCTATTCGGTACCGGTCAGAAAGGTGGG
CCTTTAAGATGGAGGGAACCGGTGCTCCTTGGTCGATTCGATCGCACGTTACCCAGATAC
ATAGTCTAAGATGTTACGACCAAGTTATTCGGGCTGCGAGTGATCTTCTGCGGGACAGGA
ATACAATTGATTAACCACTGAGTAAGTGGCCAAGTCCACGTTTATTTAT

consensusID : consensus_7233#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 401
fasta sequence

                              [GGTAATGCAGCTGCATGGCATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACATATATTTCTGTCTTTGAAATTAATTCTGAAATCTTAACAAAATTAGAGCAATATAAGTTTACGATTAATTGAAAAATCCAACAGGTTTTATTTATCACATGTGGTTTTTAACATAAAACATGAAGTCACATTTTTTCACAAAGATGTGAAAAGATGAATGCTAAAACGTTGACTACCTACTTAGGCCAAAAACTATACAAACATGAATAATTCCCTTTATCTTGTAGAGATATATACAGATTTCAAGAAATTACTTAATGTGGATTTATGAAGCATATTAGTTTTAAATGACTTCTAAATAATTAAAAAAAGGAATTGGAGATGATATTTAATTAA]

[+] EMBL BF936584             [GGTAATGCAGCTGCATGGCATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACATATATTTCTGTCTTTGAAATTAATTCTGAAATCTTAACAAAATTAGAGCAATATAAGTTTACGATTAATTGAAAAATCCAACAGGTTTTATTTATCACATGTGGTTTTTAACATAAAACATGAAGTCACATTTTTTCACAAAGATGTGAAAAGATGAATGCTAAAACGTTGACTACCTACTTAGGCCAAAAACTATACAAACATGAATAATTCCCTTTATCTTGTAGAGATATATACAGATTTCAAGAAATTACTTAATGTGGATTTATGAAGCATATTAGTTTTAAATGACTTCTAAATAATTAAAAAAAGGAATTGGAGATGATATTTAATTAA]




>consensus_7233#2
GGTAATGCAGCTGCATGGCATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
AAACATATATTTCTGTCTTTGAAATTAATTCTGAAATCTTAACAAAATTAGAGCAATATA
AGTTTACGATTAATTGAAAAATCCAACAGGTTTTATTTATCACATGTGGTTTTTAACATA
AAACATGAAGTCACATTTTTTCACAAAGATGTGAAAAGATGAATGCTAAAACGTTGACTA
CCTACTTAGGCCAAAAACTATACAAACATGAATAATTCCCTTTATCTTGTAGAGATATAT
ACAGATTTCAAGAAATTACTTAATGTGGATTTATGAAGCATATTAGTTTTAAATGACTTC
TAAATAATTAAAAAAAGGAATTGGAGATGATATTTAATTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7233#0      -------TTAAAGATCCCTCTCCATA-CA----GTTGACCGGATGACGACTATTTGTTCA 48
consensus_7233#2      ---------GGTAATGCAGCTGCATGGCAT---GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 48
consensus_7233#1      ATTACGCCGGGAGATTGAAGCGGATATGAAAAGGATGAATAAAAACTGGAAAGTACTGGA 60
                                   **        **   *    * *                 *  *   

consensus_7233#0      TAGAAAGTCGTTAATTAGACTTTGATGAATGA-GTGATTGAGTGA-CTGAATGAATTGGT 106
consensus_7233#2      TTTTTTTTTTTTAAACATATATTTCTGTCTTT-GAAATTAATT---CTGAA-ATCTTAAC 103
consensus_7233#1      AAGGAATGCCCAGGACAGAGTTGGATGGAGAATGCTGGTGAGCGGCCTATGCTCCTCGAC 120
                                      * *  *   **      *    * *     **       *    

consensus_7233#0      TGTGTGAGAATTGAGTACTTTCGC-ACTGTTATTGTATTTTGATAGTGAGCTCTTAGTAC 165
consensus_7233#2      AAAATTAGAGCAATATAAGTTTACGATTAATTGAAAAATCCAACAGGTTTTATTTATCAC 163
consensus_7233#1      GAGGGGTAACAGGCGTAAGTAAGTAATAATTGTTGT-TAGTGATATCAGGTACTTGGAAA 179
                              *      **  *     *    *           * *        **   * 

consensus_7233#0      TTGTG--TATGGATGTG---TATTTGCGTTTGTTTATTTTTGAGGTTGTGGCGAAGATGG 220
consensus_7233#2      ATGTGGTTTTTAACATAAAACATGAAGTCACATTTTTTCACAAAGATGTGA-AAAGATGA 222
consensus_7233#1      TAACCAACAGGAAAACTTGAACCTAAATTTCGTTCTATTCGGTACCGGTCAGAAAGGTGG 239
                                  *                   **   *         **    *** ** 

consensus_7233#0      AGAGTGGTGTATTGAGTATGGTTGTATTCTGTATTTCGAGGATGTTTGTATATCTGAGTA 280
consensus_7233#2      ATGCTAAAACGTTGACTACCTACTTAGGCCAAAAACTATACAAACATGAATAATTCCCTT 282
consensus_7233#1      GCCTTTAAG-ATGGAGGGAACCGGTGCTCCTTGGTCGATTCGATCGCACGTTACCCAGAT 298
                          *      * **         *   *                     *         

consensus_7233#0      AGTGTATAATTGAAGTGTAAATTGATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTAGACGAGTGA 340
consensus_7233#2      --TATCTTGTAGAGATATATACAGATTTCAAGAAATTAC--TTAATGTGGATTTATGAAG 338
consensus_7233#1      ACATAGTCTAAGATGTTACGACCAAGTTATTCGGGCTGC---GAGTGATCTTCTGCGGGA 355
                            *    **  *    *   * **        *        **         *   

consensus_7233#0      CGTATGTGTATGAGATAAGTATAGATGTATGTATACATGTGTATATCTGATTATATGTGA 400
consensus_7233#2      CATATTAGTTTTAAATGACT-TCTAAATAATTAAAAAAAGGAATTGGAGATGATATTTAA 397
consensus_7233#1      CAGGAATACAATTGATTAACCACTGAGTAAGTGGCCAAGTCCACGTTTATTTAT------ 409
                      *             ** *         **  *    *     *       * **      

consensus_7233#0      ATAAATAAACATTTGTTTATCATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATAATTAGCGG 460
consensus_7233#2      TTAA-------------------------------------------------------- 401
consensus_7233#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7233#0      TGCAAATATTT 471
consensus_7233#2      -----------
consensus_7233#1      -----------