cluster # 7241

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Schistosoma mansoni
cluster # 7241 cluster # 7241 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7241#0 length = 786 sequences # 3

consensus_7241#1 length = 687 sequences # 2

consensusID : consensus_7241#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 786
fasta sequence

                              [CCANAATTCGGCACGAGGCGCAGACCTGAATACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTATTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAGTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCATGTCATCTTCGAGATGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGTCTTGGTAATGGTTACTTTCAGGCCAATCAACCGTGGGTCGCTGTTAAGAAACCGGAAACAAAAGAACGTTCTGGTGTTGTGATAAGCGTTGCTGCTAATATTGCTTGTCTTCTTGGTGCTATGATTTATCCATTCATGCCTACGATTGGAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCCCAAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGATGGTCATCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAACGTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACAAAGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTTTTCTGAAAAATCATTTCTTATGACAATTCATTTATCCCAAGTACTTATTNCCAAGTGTTGCTTCCCCACTATGTACTTTATAGAATATATANTC]

[+] EMBL CD080850             [CCANAATTCGGCACGAGGCGCAGACCTGAATACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTATTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAGTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCATGTCATCTTCGAGATGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGTCTTGGTAATGGTTACTTTCAGGCCAATCAACCGTGGGTCGCTGTTAAGAAACCGGAAACAAAAGAACGTTCTGGTGTTGTGATAAGCGTTGCTGCTAATATTGCTTGTCTTCTTGGTGCTATGATTTATCCATTCATGCCTACGATTGGAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCCCAAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGATGGTCATCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAACGTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACAAAGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTNTTCTG AAAATCATTTCTTATGACAATTCATTTATCCCAAGTACTTATTNCCAAGTGTTGCTTCCCCACTATGTACTTTATAGAATATATANTC]
[-] EMBL CD073694             [                                                                                                                                                                      AAAATTAGAACCAGTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCATGTCATCTTCGAGATGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGTCTTGGTAATGGTTACTTTCAGGCCAATCAACCGTGGGTCGCTGTTAAGAAACCGGAAACAAAAGAACGTTCTGGTGTTGTGATAAGCGTTGCTGCTAATATTGCTTGTCTTCTTGGTGCTATGATTTATCCATTCATGCCTACGATTGGAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCCCAAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGATGGTCATCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAACGTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACAAAGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTTTTCTGAAAAATCATTTCTTATGACAATTCATTTATCCAAAGTACTTATT CCAAGTGTTGCTTCGCCACTATGTACTTTATAAAATATATAtct]
[+] EMBL CD142277             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCCCAAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGATGGTCGTCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAACGTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACAAAGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTTTTCTGAAAAATCATTTCTTATGACAATTCATTTAT                                                           ]




>consensus_7241#0
CCANAATTCGGCACGAGGCGCAGACCTGAATACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATT
TCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTC
TTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTATTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAG
TTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGG
AGTCATGTCATCTTCGAGATGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGTCTTGGTAATG
GTTACTTTCAGGCCAATCAACCGTGGGTCGCTGTTAAGAAACCGGAAACAAAAGAACGTT
CTGGTGTTGTGATAAGCGTTGCTGCTAATATTGCTTGTCTTCTTGGTGCTATGATTTATC
CATTCATGCCTACGATTGGAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCCC
AAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGATG
GTCATCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAAC
GTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACAA
AGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTTTTCTGAAAAATCATTTCTTATGACAATT
CATTTATCCCAAGTACTTATTNCCAAGTGTTGCTTCCCCACTATGTACTTTATAGAATAT
ATANTC

consensusID : consensus_7241#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 687
fasta sequence

                              [TTTACTGTATCGGAGACCTGAATCACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTTTTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAGTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCAGGTCATCTTCGAATGGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGNCCTGGTATGGGTACTTTCAGGCCATCAACCGTGGGTCGCTGGTAGTAAACGGAAACAAAGAAACGTCTGGTGTTGNNGATAGCGTTGCTGCTATAATGGCTGCCTTCTGGNGCTATGATTATCCATCATGCCTCGATGGAAAACGATCTGATTGACAGGCCGACTCCAATCCAAAGGGGTTCGGCAAATATTAAACGGTTTACGGGCAGGTGTCCTGGGGGCTCAATTGAAACCAGCCCTTTTCGCGAATAAACGGAAAAAAACGTGGCCAATTTAAGGGATTGGGGGCGGGACATTGGACCCCCCNAAAAAACCCCGGGGGGGGGTTTTTGGAAAATTTTTTGAGATTTTTTTCCCACGGCATTTCCAGGGGGGGGCCCCCCCCCCTTTTCTAAAAAAAAATT]

[+] EMBL CD078218             [TTTACTGTATCGGAGACCTGAATCACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTTTTCCGTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD079420             [          CGGAGACCTGAATCACAAGATAGCGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTTGGTAAATAATTCAGAACTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTATTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAGTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCAGGTCATCTTCGAATGGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGNCCTGGTATGGGTACTTTCAGGCCATCAACCGTGGGTCGCTGGTAGTAAACGGAAACAAAGAAACGTCTGGTGTTGNNGATAGCGTTGCTGCTATAATGGCTGCCTTCTGGNGCTATGATTATCCATCATGCCTCGATGGAAAACGATCTGATTGACAGGCCGACTCCAATCCAAAGGGGTTCGGCAAATATTAAACGGTTTACGGGCAGGTGTCCTGGGGGCTCAATTGAAACCAGCCCTTTTCGCGAATAAACGGAAAAAAACGTGGCCAATTTAAGGGATTGGGGGCGGGACATTGGACCCCCCNAAAAAACCCCGGGGGGGGGTTTTTGGAAAATTTTTTGAGATTTTTTTCCCACGGCATTTCCAGGGGGGGGCCCCCCCCCCTTTTCTAAAAAAAAATT]




>consensus_7241#1
TTTACTGTATCGGAGACCTGAATCACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGATTTCATGTT
GGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCTCTTTCTTT
TGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTTTTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCAGTTGATAC
CGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATGGAGTCAGG
TCATCTTCGAATGGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGNCCTGGTATGGGTACTTT
CAGGCCATCAACCGTGGGTCGCTGGTAGTAAACGGAAACAAAGAAACGTCTGGTGTTGNN
GATAGCGTTGCTGCTATAATGGCTGCCTTCTGGNGCTATGATTATCCATCATGCCTCGAT
GGAAAACGATCTGATTGACAGGCCGACTCCAATCCAAAGGGGTTCGGCAAATATTAAACG
GTTTACGGGCAGGTGTCCTGGGGGCTCAATTGAAACCAGCCCTTTTCGCGAATAAACGGA
AAAAAACGTGGCCAATTTAAGGGATTGGGGGCGGGACATTGGACCCCCCNAAAAAACCCC
GGGGGGGGGTTTTTGGAAAATTTTTTGAGATTTTTTTCCCACGGCATTTCCAGGGGGGGG
CCCCCCCCCCTTTTCTAAAAAAAAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7241#0      CCANAATTCGGCACGAGGCGCAGACCTGAAT-ACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGAT 59
consensus_7241#1      -------TTTAC-TGTATCGGAGACCTGAATCACAAGATAGTGCCTTTATCTGGGATGAT 52
                             *   *  *   ** ********** ****************************

consensus_7241#0      TTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCT 119
consensus_7241#1      TTCATGTTGGTAAATAATTCAGAATTGTTGAATAATTTAGGTAATTTTGTTAATCGATCT 112
                      ************************************************************

consensus_7241#0      CTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTATTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCA 179
consensus_7241#1      CTTTCTTTTGTGTCACGATTTTTCAATTCGATTTTTCCGTCAATAACAAAATTAGAACCA 172
                      ********************************* **************************

consensus_7241#0      GTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATG 239
consensus_7241#1      GTTGATACCGAATTCTTGGCCAGAATTAATAAACTCTTCGCTACTTATATACACAATATG 232
                      ************************************************************

consensus_7241#0      GAGTCATGTCATCTTCGAGATGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGTCTTGGTAAT 299
consensus_7241#1      GAGTCAGGTCATCTTCGAATGGCTATTCGAAATGTATTGACAATTGCTCGNCCTGGTA-T 291
                      ****** ***********   ***************************** * ***** *

consensus_7241#0      GGTTACTTTCAGGCCAATCAACCGTGGGTCGCTGTTAAGAAACCGGAAACAAAAGAACGT 359
consensus_7241#1      GGGTACTTTCAGGCCA-TCAACCGTGGGTCGCTGGTAGTAAAC-GGAAACAAAGAAACGT 349
                      ** ************* ***************** **  **** *********  *****

consensus_7241#0      TCTGGTGTTGTGATAAGCGTTGCTGCTAATATTGCTTGTCTTCTTGGTGCTATGATTTAT 419
consensus_7241#1      -CTGGTGTTGNNGATAGCGTTGCTGCTA-TAATGGCTGCCTTCT-GGNGCTATGATT-AT 405
                       *********     ************* ** **  ** ***** ** ********* **

consensus_7241#0      CCATTCATGCCTACGATTGGAAAACAGATCTGGATTGAACAGTGCGATCTTCCAATATCC 479
consensus_7241#1      CCAT-CATGCCT-CGAT-GGAAAAC-GATCTG-ATTGA-CAGGCCGAC--TCCAAT---C 454
                      **** ******* **** ******* ****** ***** ***  ***   ******   *

consensus_7241#0      CAAATGAGTTTCGTGCAAATTATTAAAAACGAGTTTACAGTGACGAGGTTGTTACCTGAT 539
consensus_7241#1      CAAAGGGGTTCGGC---AAATATTAAA---CGGTTTACGG----GCAGGTGT--CCTGGG 502
                      **** * ***  *    ** *******     ****** *    *  * ***  ****  

consensus_7241#0      GGTCATCATATTGGAAAGCCAGTCCCTCTTTTCCGGAAAATAGATACTGATGAAATTAAA 599
consensus_7241#1      GGC--TCA-ATTGAAA--CCAGCCCTTTTC-----GCGAATAAA------CGGAAAAAAA 546
                      **   *** **** **  **** ** * *      *  **** *       * **  ***

consensus_7241#0      CGTTTGTCTCAAGTTTATAGTGGTTCATCTGGTGCGTCTGTGACTAATGGAAACGATACA 659
consensus_7241#1      CGTG----GCCAATTTAAGGGATTGGGGGCGGGACATTGG--ACCCCCCNAAAAAACCCC 600
                      ***      * * ****  *   *      **  * *  *  **      ***  *  * 

consensus_7241#0      AAGTAAAAAAAATCACTAATGTATGTGTGACTTTTCTGAAAAATCATTTCTTATGACAAT 719
consensus_7241#1      GGGGGGGGGTTTTTGGAAAATTTTTTGAGATTTTTTTCCCACGGCATTTCCAGGGGGGGG 660
                        *         *    **  * * ** ** **** *   *   ******    *     

consensus_7241#0      TCATTTATCCCAAGTACTTATTNCCAAGTGTTGCTTCCCCACTATGTACTTTATAGAATA 779
consensus_7241#1      CCCCCCCCCCT-----TTTCTAAAAAAAAATT---------------------------- 687
                       *      **       ** *    **   **                            

consensus_7241#0      TATANTC 786
consensus_7241#1      -------