cluster # 7269

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Schistosoma mansoni
cluster # 7269 cluster # 7269 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7269#0 length = 649 sequences # 2

consensus_7269#1 length = 396 sequences # 3

consensusID : consensus_7269#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 649
fasta sequence

                              [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGAAATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACTCGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA]

[+] EMBL CD152952             [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGAAATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACTCGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA]
[+] EMBL CD152632             [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTCCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGTTGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGCATGATCGGCTTTATCAAG                                                                                                                                                       ]




>consensus_7269#0
TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC
AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA
TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG
TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG
TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA
TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG
TTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGT
TGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGC
ATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGA
AATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACT
CGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA

consensusID : consensus_7269#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 396
fasta sequence

                              [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTAATTCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT]

[+] EMBL CD152810             [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAGTTCTCTTAATTCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT]
[+] EMBL CD152631             [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTCCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAATGACCTAATAATTCAAATGCCTCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTA                                                  ]
[+] EMBL CD152858             [TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTACAATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAATGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTGTGTATGTTGATGCTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAGTCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGT                                                                                                                               ]




>consensus_7269#1
TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC
AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA
TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG
TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG
TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA
TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG
TTCTCTTAATTCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7269#0      TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC 60
consensus_7269#1      TCATGTAGTATAATTATAAGCAACCTAACTGAATTATTTGTTGTATATACATCCATTTAC 60
                      ************************************************************

consensus_7269#0      AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA 120
consensus_7269#1      AATAGTGGTTTTGGCCTGTCGAACAAATCAACCATCTCGTCAACAAGGACAAACGTCTAA 120
                      ************************************************************

consensus_7269#0      TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG 180
consensus_7269#1      TGCACAAAACACTTCTTCAGGTTGTTTGATTTTACTTTATTCTCTGTGTGGGTTTACGTG 180
                      ************************************************************

consensus_7269#0      TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG 240
consensus_7269#1      TGTATGTTGTTGTTAAATTACAATTATTCTCGTGATATATAAGATTTAAACTTTCTCCAG 240
                      ************************************************************

consensus_7269#0      TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA 300
consensus_7269#1      TCGATTCGTGACTCTTATATTGAGATTGTTTGGGGAGAACTTCTCAGCGTACTCAGTGAA 300
                      ************************************************************

consensus_7269#0      TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG 360
consensus_7269#1      TGACCTAATAATTCAAATGCATCTTTTTTTAACTACTTTTTATGTAAACATGTATGTCAG 360
                      ************************************************************

consensus_7269#0      TTCTCTTATCACCACTTTATTTGCTGTTTACATGCGCTGGAATTTTAAATCCATTAGGGT 420
consensus_7269#1      TTCTCTTAAT-TCACCCCAAACCCTTTTTTTTTTTTT----------------------- 396
                      ********    ***   *    ** ***   *                           

consensus_7269#0      TGGGTAAACAGATATTTAGAAAATTTTTACTTTATAATTTCTTTTGCTATTTTAAAATGC 480
consensus_7269#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7269#0      ATGATCGGCTTTATCAAGGTTACAATATAATTGTACTAATTTATTCCTTAATGGGCAAGA 540
consensus_7269#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7269#0      AATTTGTTATTTTTATTGAAGCGTACAATAATATTATTTGGACTGGTTTATAATACTACT 600
consensus_7269#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7269#0      CGTTTTCCTTTTTGAATAGCTTAAGTCATTTTCTGCACTAAGTACAAAA 649
consensus_7269#1      -------------------------------------------------