cluster # 7409

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 7409 cluster # 7409 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7409#0 length = 959 sequences # 4

consensus_7409#1 length = 340 sequences # 1

consensusID : consensus_7409#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 959
fasta sequence

                              [TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAATGTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAATATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTATTATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATTCATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTG-TTCCTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]

[+] EMBL CD121237             [TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAATGTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAATATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTATTATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATTCATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTG TTCCTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAAAAGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AA559379             [                                                                                                                                   cnAGGAAAAAGTNANTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTAGACTATTAATCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCAGTAACTGGATTATCTATATCTATATTCATCTTATTACTACCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTGTTTCCTAAATTATNCTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACNATTCGTATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD121267             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGCATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]
[-] EMBL CD121194             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAANCAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG]




>consensus_7409#0
TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAAT
GTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAAT
ATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTAT
TATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATT
CATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTATATGATTTATTGTTCCTA
AATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGATTT
TGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAAC
AAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGACTCA
AGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTCGAA
CGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTACGCG
AATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAAGTC
ATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGGTAA
AAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGACGTC
ATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTATTA
TTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATATTG
CAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTGGG

consensusID : consensus_7409#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 340
fasta sequence

                              [TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG]

[-] EMBL CD064381             [TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG]




>consensus_7409#1
TATGTATATCTATGTTCATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATT
ATATGATTTACTGTTCCTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACG
GCCACATTTGGCTTGGTTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCT
GTCTGTCTGATATATAAACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGC
TATTGGTGTTCTGGACTCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAG
ATTACTCATACTAATCGACGTCATTGTCACAGTGTGAATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7409#0      TCCATATTTGTCGTACAATTTCCCCAACTTACAAATTTGAATGAAGCAAGAATAAATAAT 60
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTAGCAGAATAACATTCTATTTTGAAACTTCTCGTTAGCTGCTTACAACCTAAACATAAT 120
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      ATTGTTATATACTAGGAAAAAGTAAGTACTGATAACTTACGGGACCTCTTATTACACTAT 180
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TATTCTATTTATATTCCTATGGTATAACTATTCGGTAACTGGATTATCTAAGTCTATATT 240
consensus_7409#1      --------------------------------------------TATGTATATCTATGTT 16
                                                                  *** **  ***** **

consensus_7409#0      CATCTTATTATTAGCTTCATTTTGACCTATTGATTATTATTAT---ATGATTTATTGTTC 297
consensus_7409#1      CATCTTATTGTAAGCTTCATTTTGACCCATTGATTATTATTATTATATGATTTACTGTTC 76
                      ********* * *************** ***************   ******** *****

consensus_7409#0      CTAAATTATACTCGGTTTATTGAGTACTGTCTCCCACGCTTCCAGCCACGTTTGGCTTGA 357
consensus_7409#1      CTAAGTTATATTCAGTTTATTGATTATTGTCTCCCACGCTTACGGCCACATTTGGCTTGG 136
                      **** ***** ** ********* ** ************** * ***** ********* 

consensus_7409#0      TTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTATGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATA 417
consensus_7409#1      TTTTGTACAAATATTATTTTCTATTTTATGGTGTGATGTGGCCTGTCTGTCTGATATATA 196
                      ******************************** ***************************

consensus_7409#0      AACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATTCGTATTGCCGAGGCTGATATTGGTGTTTTGGAC 477
consensus_7409#1      AACAAAGTATGCTTGAAATAAACGATCCATGTTGCCGAGGTTGCTATTGGTGTTCTGGAC 256
                      ************************** * * ********* ** ********** *****

consensus_7409#0      TCAAGTGGACGGGTTGGGCGGATAAGGACCAATAAGGACGCTAGGTTACTCATACTAGTC 537
consensus_7409#1      TCAAGTGGACGGGCTAGGCGGATTAAGGACCATAAGGACGCTAGATTACTCATACTAATC 316
                      ************* * ******* * *  * ************* ************ **

consensus_7409#0      GAACGTCATTGTCACAGTGTGAAGGTCGTAGAAGTCGTATTCTATTGGTGGATAATTTAC 597
consensus_7409#1      GA-CGTCATTGTCACAGTGTGAATG----------------------------------- 340
                      ** ******************** *                                   

consensus_7409#0      GCGAATTACGTCCTTGTTAAATTCGTAAGGTCATAACGAATCAGCGACGACCTTGGTCAA 657
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTCATAACAATTGGCTATAGCCTAGGTCAAATCATAACAAATTGGCGACGGGGATTTCGG 717
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TAAAAAAAAATATACAAGAATTGGGACGTGATTCTGGAAAAAAATACAGCAGTCGGTGAC 777
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GTCATTTTGGAATTAAATAATCCATAATATTTGCCGGTGTTTTTTTTGGATTTATTATTA 837
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TTATTCTCATTTTAAAAAAATAAAAAAATGTCAATTTCTCCAGAACAGCTACAGTTAATA 897
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      TTGCAGCAGCAGCAGCAACAGGTGTTAGCTTGTCAACAACAACTCCTGGAAGCACTTTTG 957
consensus_7409#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7409#0      GG 959
consensus_7409#1      --