cluster # 7437

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Schistosoma mansoni
cluster # 7437 cluster # 7437 Sequences # 5 consensus # 4

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7437#0 length = 695 sequences # 1
consensus_7437#1 length = 620 sequences # 1

consensus_7437#2 length = 526 sequences # 2
consensus_7437#3 length = 361 sequences # 1

consensusID : consensus_7437#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 695
fasta sequence

                              [TCCGAGCCAANAATGCGGCACGAGGGCTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAACGAGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTTGCTGGATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGATCCAAATATTTTAGATGCCTATATAAATCAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCAATGAAACTGCTAAGTTNTACGAAAAATCTGGTTTGGCTCTACACAATGTAATCCTAAAATTGTTGGNCAATGGAAAAAATATTCAGAATTTAAAC]

[+] EMBL CD081325             [TCCGAGCCAANAATGCGGCACGAGGGCTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAACGAGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTTGCTGGATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGATCCAAATATTTTAGATGCCTATATAAATCAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCAATGAAACTGCTAAGTTNTACGAAAAATCTGGTTTGGCTCTACACAATGTAATCCTAAAATTGTTGGNCAATGGAAAAAATATTCAGAATTTAAAC]




>consensus_7437#0
TCCGAGCCAANAATGCGGCACGAGGGCTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCA
GTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCAT
GTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGG
CTACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTG
ACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACT
CAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAACG
AGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTTGCTGGAT
TGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTG
ATATGGATCCAAATATTTTAGATGCCTATATAAATCAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAA
TCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCA
ATGAAACTGCTAAGTTNTACGAAAAATCTGGTTTGGCTCTACACAATGTAATCCTAAAAT
TGTTGGNCAATGGAAAAAATATTCAGAATTTAAAC

consensusID : consensus_7437#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 620
fasta sequence

                              [GTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTTGCTTCTAACGAGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTTGCTGGATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCAATGAAACTGCTAAGTTTTACGAAAAATCTGGTTTGGCTTTAACACAATGTAATCCTAAAATTGTTGGCAAATGGAAAAAATATTCACTTACGTTTGATTTCCT]

[+] EMBL CD080927             [GTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTTGCTTCTAACGAGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTTGCTGGATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCAATGAAACTGCTAAGTTTTACGAAAAATCTGGTTTGGCTTTAACACAATGTAATCCTAAAATTGTTGGCAAATGGAAAAAATATTCACTTACGTTTGATTTCCT]




>consensus_7437#1
GTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAA
CTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAAT
CGATATTTACACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAA
ATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGA
ATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTTGCT
TCTAACGAGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGTT
GCTGGATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCG
AACAGTGATATGGAGTCTTTAGCAGAAGCTCAAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAA
TTAAAACATAAACCACATTTAATCGCTGGTTTAGCCAATGAAACTGCTAAGTTTTACGAA
AAATCTGGTTTGGCTTTAACACAATGTAATCCTAAAATTGTTGGCAAATGGAAAAAATAT
TCACTTACGTTTGATTTCCT

consensusID : consensus_7437#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 526
fasta sequence

                              [CGTTTGTGTGGAAGTGATACCCAGTTCTTAAATATATTTCTATTTAAAGTGTCGGGTTTTCTGCGAAATAATCACTTCCTACGCCTTGATTTTAATTGGTATTCATGGTGGTTTAAGAACATCTAAAATGACAGATTGGTTTCATAGGAATCACTTAAAGGCTACTGCTAAGTATAATTTCGACGTTGGTGCAGTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGAGCAGTGACGCTGCAAAATGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATGAAACGCCGTACAGTAAGGGGGGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAAC]

[-] EMBL CD097898             [CGTTTGTGTGGAAGTGATACCCAGTTCTTAAATATATTTCTATTTAAAGTGTCGGGTTTTCTGCGAAATAATCACTTCCTACGCCTTGATTTTAATTGGTATTCATGGTGGTTTAAGAACATCTAAAATGACAGATTGGTTTCATAGGAATCACTTAAAGGCTACTGCTAAGTATAATTTCGACGTTGGTGCAGTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGAGCAGTGACGCTGCAAAATGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATGAAACGCCGTACAGTAAGGGGG                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AI975590             [ GTTTGTGTGGAAGTGATACCCAGTTCTTAAATATATTTCTATTTAAAGTGTCGGGTTTTCTGCGAAATAATCACTTCCTACGCCTTGATTTTAATTGGTATTCATGGTGGTTTAAGAACATCTAAAATGACAGATTGGTTTCATAGGAATCACTTAAAGGCTACTGCTAAGTATAATTTCGACGTTGGTGCAGTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCAGTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAAC]




>consensus_7437#2
CGTTTGTGTGGAAGTGATACCCAGTTCTTAAATATATTTCTATTTAAAGTGTCGGGTTTT
CTGCGAAATAATCACTTCCTACGCCTTGATTTTAATTGGTATTCATGGTGGTTTAAGAAC
ATCTAAAATGACAGATTGGTTTCATAGGAATCACTTAAAGGCTACTGCTAAGTATAATTT
CGACGTTGGTGCAGTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGAGCAGTGACGCTGCAAA
ATGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCATGTGAAGCAGTCAT
AACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGGCTACTGATAATGA
AACGCCGTACAGTAAGGGGGGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGACAGTATAAAGCC
AAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCAATACTTTTCAA
TGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAAC

consensusID : consensus_7437#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 361
fasta sequence

                              [GATGTTCAGAAGAGAAGTAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGNTGCTGGATGTTATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGATCCAAATATTTNGATGCCTATATAATCAGTCTTAGCAGAGCTCAAGAATCACTGTGCCAGAGCAATTGAATTAAACATAAACCACATTTACTCGCTGGTNTGCAATGAAACTGCTAAGTTTACGAAAATCTGGTTTGGTTACACAATGTAATCCTAAAATGTGGAAATNGAANATATCAGAATTAACAGGGTNGTACGATCCATGATTGTTATATGGAGATTATGGAAACGGAGGAGTCAGTG]

[+] EMBL SM713                [GATGTTCAGAAGAGAAGTAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGNTGCTGGATGTTATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGATCCAAATATTTNGATGCCTATATAATCAGTCTTAGCAGAGCTCAAGAATCACTGTGCCAGAGCAATTGAATTAAACATAAACCACATTTACTCGCTGGTNTGCAATGAAACTGCTAAGTTTACGAAAATCTGGTTTGGTTACACAATGTAATCCTAAAATGTGGAAATNGAANATATCAGAATTAACAGGGTNGTACGATCCATGATTGTTATATGGAGATTATGGAAACGGAGGAGTCAGTG]




>consensus_7437#3
GATGTTCAGAAGAGAAGTAGGATGTTCATTTATCACTTAAAACAGNTGCTGGATGTTATT
TATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAACAGTGATATGGATC
CAAATATTTNGATGCCTATATAATCAGTCTTAGCAGAGCTCAAGAATCACTGTGCCAGAG
CAATTGAATTAAACATAAACCACATTTACTCGCTGGTNTGCAATGAAACTGCTAAGTTTA
CGAAAATCTGGTTTGGTTACACAATGTAATCCTAAAATGTGGAAATNGAANATATCAGAA
TTAACAGGGTNGTACGATCCATGATTGTTATATGGAGATTATGGAAACGGAGGAGTCAGT
G

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7437#1      --------------------------GTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCA 34
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      TCCGAGCCAANAATGCGGCACGAGGGCTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGTGCA 60
consensus_7437#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7437#1      GTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCAT 94
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      GTGACGCTGCAAAACGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCAGATCCATCAGTACCAT 120
consensus_7437#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7437#1      GTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACA----------------------- 131
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      GTGAAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCATCTTGG 180
consensus_7437#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7437#1      ---CTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTG 188
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      CTACTGATAATAAAACGCCGTACAGTAAATTAAGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTG 240
consensus_7437#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7437#1      ACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACT 248
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      ACAGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACT 300
consensus_7437#2      -----CGTTTGTGTGGAAGTGATACCCAGTTCTTAAATATATTTCTATTTAAAGTGTCGG 55
                                                                                  

consensus_7437#1      CAATACTTTTCAATGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAGTTGCTTCTAACG 307
consensus_7437#3      ------------------------------------------------------------
consensus_7437#0      CAATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAACG 360
consensus_7437#2      GTTTTCTGCGAAATAATCACTTCCTACGCCTTGATTTTAATTGGTATTCATGGTGGTTTA 115
                                                                                  

consensus_7437#1      AGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAA-CAGTTGCTGG- 365
consensus_7437#3      --GATGTT-CAGAAGA-GAAGT--AGGATGTTCATTTATCACTTAAAA-CAGNTGCTGG- 52
consensus_7437#0      AGAATGTTTCAGAAGATGAAGCTAAGGATGTTCATTTATCACTTAAAA-CAGTTGCTGG- 418
consensus_7437#2      AGAACATCTAAAATGACAGATT---GGTTTCATAGGAATCACTTAAAGGCTACTGCTAAG 172
                         *  *   * * **   *     ** *    *   **********  *   ****   

consensus_7437#1      -ATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAA-- 422
consensus_7437#3      -AT-GTT--ATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAA-- 106
consensus_7437#0      -ATTGTTTAATTTATTACGGACAAAATATATGCATGAGTTTACAGAATTTGTTCCGAA-- 475
consensus_7437#2      TATAATTTCGACGTTGGTGCAGTTGCTAAAGATTTAAGCTGCAAGACTCTGAGCAGTGAC 232
                       **  **       *   * *     ** *    * ** *   *** * **  * *    

consensus_7437#1      -CAGTGATATGGA-----GTCTTT-AG--------------CAG----------AAGCTC 451
consensus_7437#3      -CAGTGATATGGATCCAAATATTT-NGATGCCTATATAA-TCAGTCTT-AGCA-GAGCTC 161
consensus_7437#0      -CAGTGATATGGATCCAAATATTTTAGATGCCTATATAAATCAGTCTTTAGCAGAAGCTC 534
consensus_7437#2      GCTGCAAAATGTCGTGTTGAACTTCTCAAGCTGATATCA--GATCCATCAGTACCATGTG 290
                       * *  * ***           **                  *            *  * 

consensus_7437#1      AAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTA-AAACATAAACCACATTTAATCGCTGGT 510
consensus_7437#3      AAGAA-TCACTGT-GCCAGAGCAATTGAATTA-AA-CATAAACCACATTTACTCGCTGGT 217
consensus_7437#0      AAGAAATCACTGTTGCCAGAGCAATTGAATTA-AAACATAAACCACATTTAATCGCTGGT 593
consensus_7437#2      AAGCAGTCATAACCTCCTTAAATCGATATTTACAGTTATTAATGGGATTCA-TCTTGGCT 349
                      *** * ***      **  *       * *** *   ** **    *** * **   * *

consensus_7437#1      TTAGCCAATGAAAC--TGCTAAGTTTTACGAAAAATCTGGTTTGGCTTTAACACAATGTA 568
consensus_7437#3      NTG--CAATGAAAC--TGCTAAGTTT-ACGAAAA-TCTGGTTTGGTT---ACACAATGTA 268
consensus_7437#0      TTAGCCAATGAAAC--TGCTAAGTTNTACGAAAAATCTGGTTTGGCTCT-ACACAATGTA 650
consensus_7437#2      ACTGATAATGAAACGCCGTACAGTAAGGGGGGAGGTCTCGTTTGTGTGAAATGGTGTGAC 409
                            ********   *   ***     *  *  *** *****  *   *     **  

consensus_7437#1      ATCCTAAAATT-GTTGGCAAATGGAAAAAAT---ATTCAC-TTAC-GTTTGATTTCCT-- 620
consensus_7437#3      ATCCTAAAAT--GTGG--AAATNGAANATAT---CAGAAT-TAACAGGGTNGTACGATCC 320
consensus_7437#0      ATCCTAAAATT-GTTGGNCAATGGAAAAAATATTCAGAAT-TTAAAC------------- 695
consensus_7437#2      AGTATAAAGCCAAAGGGTGAACCAATTGTTCGCTCAGATTCTATCTTTGAATTATACTCA 469
                      *   ****       *   **   *                *                  

consensus_7437#1      ---------------------------------------------------------
consensus_7437#3      ATGATTGTTATATGGAGATTATGGAA-ACGGAGGAGTCAGTG--------------- 361
consensus_7437#0      ---------------------------------------------------------
consensus_7437#2      ATACTTTTCAATGTTGCTTTATGGTATACTAAACATGCAGCAAAAGTTGCTTCTAAC 526