These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7442#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 845 fasta sequence [ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGATGATGACTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACATCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAGTTGTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACAGTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTCAGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGTTGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGATTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA] [+] EMBL CD112812 [ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGATGATGACTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACATCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAGTTGTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACAGTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGG ] [+] EMBL CD151640 [ TTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGCAGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATTTAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGCTTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATAGACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTCAGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGTTGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGATTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA] [-] EMBL CD118036 [ CAAGGACTTCAATGTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGACTATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATCCTACCCCTAGGTTGTTTAGATCA ] consensusID : consensus_7442#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 673 fasta sequence [ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTACTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACATTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACAGTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGTAGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACGTTG] [-] EMBL CD152388 [ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTACTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACATTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTTTTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACAGTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGTAGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGA ] [-] EMBL CD150659 [ GTATTAAATTNTGCTGCGTGTTAATAATTGCCTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATTTAAATTTCCGAGCAATTTTAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGTTTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTTAACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTATACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTCAGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCTACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTATTCATCACAACGTTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7442#0 ---------------ATATCCTATGGTTTAACGTATTCGCCATCAAACATAGAT-GATGA 44 consensus_7442#1 ACTAACACATCCACCATATCCTATTATCCAACGTATTTGCTATCAAACATAGATAGATTA 60 ********* * ******** ** ************* *** * consensus_7442#0 CTGAATATTTGCGAGTGTTTCACTAACCATGTCACATTTGAATAGAGTGGATATTTAACA 104 consensus_7442#1 CTGAATATTCGAGAGCGTCTCAGTAACCATGTGACATTTGAATGTTGTTGATATTTAACA 120 ********* * *** ** *** ********* ********** ** *********** consensus_7442#0 TCATCCTTTCTCGAAATTCATTTAATGGATTCTCGTTGATTCCTTAAAG-----TTGTTT 159 consensus_7442#1 TTGTCATTTCTAGAAATTCATTGAATGGATTCTCGTTGATTTCTTTAAGCAACTTTGTTT 180 * ** ***** ********** ****************** *** *** ****** consensus_7442#0 T-GATGTGAACTGTTCAGAACTCCATACTTCTCTAGATGACTGACGCTCATTCTTCAACA 218 consensus_7442#1 TTGATGTGAACTGTTCAGAACTCTATATTTCTCTAGGCGACGGACTGACATTCTTCTACA 240 * ********************* *** ******** *** *** ******** *** consensus_7442#0 GTTAGGCTATGATAATGCCAGATCACTTGATTGATATTCATAAGCTTTGTCGATTCATGC 278 consensus_7442#1 GTTGGGCTATTATAATGCCAGATCACTTGATTGATCATTATAAACTTCATCGATTCATGT 300 *** ****** ************************ * **** *** ********** consensus_7442#0 AGTATTAAAATTTGCTGCGTGTTAACAATTGTTTACTCAGTCAAATCAGACTGTTGCATT 338 consensus_7442#1 AGTATTAAATTTTGCTGCGTGTTAATAATTGCTTGCCTAGTCTATTCAGACTGTCGCATT 360 ********* *************** ***** ** * **** * ********* ***** consensus_7442#0 TAATTTTTTGGGCAATTTCGAATAATTTTCCGTATCATTGCTCATCAGATTCACTTCCGC 398 consensus_7442#1 TAAATTTCCGAGCAATTTCAAATAATTTTCAACATCGTTGCTAATTGGATTCACTTCAGT 420 *** *** * ******** ********** *** ***** ** ********** * consensus_7442#0 TTTCTGAATTTGACAATAACGTTTTTTCAAACAGTTTATATCATCAGTCGATTGAAGATA 458 consensus_7442#1 TTTCTAGATTTGACAATAACATTTTTT--AACGGTTTAGGTCATTAGTCGATTGAAGCTA 478 ***** ************* ****** *** ***** **** ************ ** consensus_7442#0 GACCACCATGGGGAACCTGGAAGCACTGGAAGAACATTACGTCCTATCGTCGGACTCCTC 518 consensus_7442#1 TACCATCAAGCAAAACCTGGGAGCACTGGACGGCCGTTTCATCTTATTCTGGGACTTCTC 538 **** ** * ******* ********* * * ** * ** *** * ***** *** consensus_7442#0 AGCAGTGCGCAACCACGTCTTTTGTTTAATGAAATTTAGCCTTGCATTTAGGTGAATTCT 578 consensus_7442#1 AGCAGTGTGCATCCACGTTTTTCGTTTAATGATATTTAGACTTGCATTTAGGTGAATTCT 598 ******* *** ****** *** ********* ****** ******************** consensus_7442#0 ACTTTTCTAAGCTGTTAGCCAAGGACTTCAATCTATTTAAATTCAGTCTTTAATTCGTTA 638 consensus_7442#1 ACTTTCCTAAGCTGTTAGCCAAGGAATTTGATCTATTTATCTTCAGTCTTTAATTCGTTA 658 ***** ******************* ** ********* ******************* consensus_7442#0 TTCATCACAACCTTGTGATGGTTTGTCATGTATATTTCAGCAAACTCTTTCCGATTAGAC 698 consensus_7442#1 TTCATCACAACGTTG--------------------------------------------- 673 *********** *** consensus_7442#0 TATACGTAATTTTCACTAAAGTAATTCATACTACATTTAGCTTGTTTAGATCAAGTATGT 758 consensus_7442#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7442#0 TGAGTGGAGTTTTAATTCAGTTTGTGTTATTCGTTTCAAACTTCTCTTTCATGAATACGA 818 consensus_7442#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7442#0 TTGCAGTTGGTCAGTCTTTTATTGACA 845 consensus_7442#1 --------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||