cluster # 7549

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 7549 cluster # 7549 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7549#0 length = 732 sequences # 3

consensus_7549#1 length = 639 sequences # 1
consensus_7549#2 length = 535 sequences # 1

consensusID : consensus_7549#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 732
fasta sequence

                              [GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTANCCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT-GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAANNTA-AAATATAAC]

[+] EMBL CD082077             [GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCNAATCCTTCTAATAAT AAGTCTATGCCGATGAACATTNTGAAGAATNTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAAACATNTACTAGNTGACGATNACTGAGTTTTATATTNGA CACTGNCACGTTTATTCATCTAATGAATNATCTAANNTA AANTATA  ]
[-] EMBL CD075925             [                                                                                                                                                          GTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTANCCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAA ATATAAATAT   ]
[-] EMBL CD075692             [                                                                                                                                                                                     ANCCAGTATTTTCATTATGNTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTCATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATT GACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAAATAA AAATATAAC]




>consensus_7549#0
GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACT
AGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAAT
TACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGC
TANCCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTG
TAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGT
GCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAATGAAATTCTAGGAGGGTTAGAAAAT
GAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTCAGTGGCTGTTTC
ATTCACTCATTGAATTTGATACTGACAACGAAGTTTAATTGTTTGTTTCACAGTTGATTT
GTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTATACGTTCCCTGATATGCAATA
TATGGCTTCTGTCAAATAATTGATAGACTCAAATCCTTCTAATAATAAAGTCTATGCCGA
TGAACATTTTGAAGAATTTCTGAATATGGAAGATTATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTG
ACGATAACTGAGTTTTATATTGACCACTGCCACGTTTATTCATCTAATGAATTATCTAAN
NTAAAATATAAC

consensusID : consensus_7549#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 639
fasta sequence

                              [CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGTAATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAACAATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAACTGACACTATGTTACGTAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGCCTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTCGCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA]

[+] EMBL CD082326             [CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGTAATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAACAATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAACTGACACTATGTTACGTAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGCCTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTCGCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTAAAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA]




>consensus_7549#1
CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGTAATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGT
TATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAACAATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTT
CGACTGAACTGACACTATGTTACGTAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACA
ATTGACGTTGATAGCATTTTCTGCCTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACA
TTACTGTGAGTGCCACATAAATTCGCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTT
GTCTTGAGCATGGTAACTAAAACATGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTGTTA
TAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACA
AAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATT
GTATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGAT
TTCATATTATTAATTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAA
CACCAAATAACTAAAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA

consensusID : consensus_7549#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 535
fasta sequence

                              [TATATCATTTTGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTATCGTGAACGTTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCATATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTTTATTTGGTGCCTGAAAATTGTTTGTTAACACCAAATAACTAGATGAAATTCTAGAAGGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATCAGCTGCTGTTTTATCTACTTATTGAATTTGATACTGATAATGAAAGTTAATATTTTGTTTTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGTAAGCTATCCATACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTGTCAACTAATTGAAAGGCTCTAACCTTTTCAATAATTAAGTCTATGCAGGTGAACAACTTAGCGAATTACTGAATATGGAAGATTATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTGACTAATGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATTATCTAAATATAAATAT]

[-] EMBL CD077025             [TATATCATTTTGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTATCGTGAACGTTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCATATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTTTATTTGGTGCCTGAAAATTGTTTGTTAACACCAAATAACTAGATGAAATTCTAGAAGGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATCAGCTGCTGTTTTATCTACTTATTGAATTTGATACTGATAATGAAAGTTAATATTTTGTTTTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGTAAGCTATCCATACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTGTCAACTAATTGAAAGGCTCTAACCTTTTCAATAATTAAGTCTATGCAGGTGAACAACTTAGCGAATTACTGAATATGGAAGATTATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTGACTAATGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATTATCTAAATATAAATAT]




>consensus_7549#2
TATATCATTTTGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTATCGTGAACGTTGTGATTGAATTT
TTCTCAGATTTCATATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTTTATTTGGTGCCTGAAAAT
TGTTTGTTAACACCAAATAACTAGATGAAATTCTAGAAGGGTTAGAAAATGAAGAGCACT
GTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATCAGCTGCTGTTTTATCTACTTAT
TGAATTTGATACTGATAATGAAAGTTAATATTTTGTTTTAGGACTAATTTGTTGTTTCTC
AGAATTTTATTGAGTAAGCTATCCATACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTGTCA
ACTAATTGAAAGGCTCTAACCTTTTCAATAATTAAGTCTATGCAGGTGAACAACTTAGCG
AATTACTGAATATGGAAGATTATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTT
TTATATTGACTAATGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATTATCTAAATATAAATAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7549#0      GCTCGAGGACTATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTATACATGTCGTTGTTAATACT 60
consensus_7549#2      ------------------------------------------------------------
consensus_7549#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7549#0      AGTTTATGATGTGTCTGTTATAGGGTTAACAAATAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAAT 120
consensus_7549#2      ------------------------------------------------------------
consensus_7549#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7549#0      TACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAATGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGC 180
consensus_7549#2      ------------------------------------------------------------
consensus_7549#1      -----------------------------CGAAGCTTGTTTATAAAATGTCGGTTGAAGT 31
                                                                                  

consensus_7549#0      TANCCAGTTATTTCATTATTG-TATGTTAATAGTGAATTGCCAATAGTA--TGATAAACG 237
consensus_7549#2      -----------TATATCATTT-TGTGTAAATAGTGAATTGCTAACGGTA--TCGTGAACG 46
consensus_7549#1      AATTGATGCGTTAAACTATTTGCGCATGTTATATAACTTGCTAATATAAAGTCGTGAAC- 90
                                 *  *  ***      *      * * **** **    *  *  * *** 

consensus_7549#0      TTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCAT-ATTATTAATTAAGTTGTTG-AATCCGTT-TA 294
consensus_7549#2      TTGTGATTGAATTTTTCTCAGATTTCAT-ATTACTAATTAAAGTCTGATAATACGTT-TA 104
consensus_7549#1      ----AATTCTATCCATTATAAGTATCATCGTTTTCGACTGAA--CTGACACTATGTTACG 144
                           **   **   *   *  * ****  **    * * *    *   * *  ***   

consensus_7549#0      TTTGGTGCATGCAGTTTG-----TTTGTTAACACCAAATAAC-TAAATGAAATTCTAGGA 348
consensus_7549#2      TTTGGTGCCTGAAAATTG-----TTTGTTAACACCAAATAAC-TAGATGAAATTCTAGAA 158
consensus_7549#1      TAAGGTATCTGAGAAAGAAAAGTTATATGAGTAACAATTGACGTTGATAGCATTTTCTGC 204
                      *  ***   **            * * * *  * *** * ** *  **   *** *    

consensus_7549#0      GGGTTAGAAAATGAAGAGCATTGTTTACAACAAGTAAGACACTTATAGGCACATCGTGTC 408
consensus_7549#2      GGGTTAGAAAATGAAGAGCACTGTTTACAGCAAGTAAGACACTTATAGGTACATCCAATC 218
consensus_7549#1      CTGCTTTCCCATCATTTATAGGAATTGTATATAACATTACTGTGAGTGCCACATAAATTC 264
                        * *     ** *     *    **  *   *  *  **  * *  *  ****    **

consensus_7549#0      AGTGGCTGTTTCATTCACTCATTG-AAT-----TTGATACTGACAACGAAGTTTAA--TT 460
consensus_7549#2      AGCTGCTGTTTTATCTACTTATTG-AAT-----TTGATACTGATAATGAAAGTTAA--TA 270
consensus_7549#1      GCCAAATATTCTTCATAAGTAATGCGATGCGTGTTTGTCTTGAGCATGGTAACTAAAACA 324
                            * **      *   * **  **     **  *  ***  * *     ***    

consensus_7549#0      GTTTGTT-TCACAGTTGATTTGTTATTTTTTAGAATTGCATGAAGCTGAGAAGGTCCTTA 519
consensus_7549#2      TTTTGTT-TTAGGACTAATTTGTTGTTTCTCAGAATTTTATTGAGT----AAGCTATCCA 325
consensus_7549#1      TGTCGTTGTTAATACTAGTTTATGATGTGTCTG----TTATAGGGT-------TAACAAA 373
                        * *** * *    *  *** *  * * *  *      **   *              *

consensus_7549#0      TACGTTCCCTGATATGCAATATATGGCTTCTG-TCAAATAATTGA-TAGACTCAAATCCT 577
consensus_7549#2      TACGTTTTCTGTCATACAACTTATGACTTCTG-TCAACTAATTGA-AAGGCTCTAACCTT 383
consensus_7549#1      TAAATTTCTGTTAACACAATCCGAAATTACTGATCAAATCATAAACAAAGTTTTAATGAA 433
                      **  **       *  ***        * *** **** * **  *  *   *  **    

consensus_7549#0      T-CTAATAATAAA-GTCTATGCCG-ATGAACATTTTGAAGAATTTCTGAAT----ATGGA 630
consensus_7549#2      T-TCAATAATTAA-GTCTATGCAG-GTGAACAACTTAGCGAATTACTGAAT----ATGGA 436
consensus_7549#1      TGTTGATGAGTAATATCTGAATAGTGCTTACCAGTTATTTCATTATTGTATGTTAATAGT 493
                      *    ** *  **  ***     *     **   **     ***  ** **    ** * 

consensus_7549#0      AGATT----ATGTGGGGAAACAATTTACTAGTTGACGATAACTGAGTTTTATATTG---A 683
consensus_7549#2      AGATT----ATATGGAGAAACAATTTACAAATTGACGATAACTGTGTTTTATATTG---A 489
consensus_7549#1      GAATTGCCAATAGTATGATAAACGTTGTAATAGGATTTTTCTCAGATTTCATATTATTAA 553
                        ***    **     ** * *  **   *   **   *       *** *****    *

consensus_7549#0      CCAC--TGCCACGTTTATTCATCTAATGAATT--ATCTAANNTAAAATATAAC------- 732
consensus_7549#2      CTAA--TGCCACGTTTATTTATCTAAGGAATT--ATCTAAATATAAATAT---------- 535
consensus_7549#1      TTAAGTTGTTGAATCCGTTTATTTGGTGCATGCAGTTTGTTTGTTAACACCAAATAACTA 613
                        *   **     *   ** ** *   * **    * *       ** *           

consensus_7549#0      --------------------------
consensus_7549#2      --------------------------
consensus_7549#1      AAGGAAATTCTANGANGGTTAGAAAA 639