cluster # 7620

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Schistosoma mansoni
cluster # 7620 cluster # 7620 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7620#0 length = 683 sequences # 3

consensus_7620#1 length = 398 sequences # 2

consensusID : consensus_7620#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 683
fasta sequence

                              [GAGCCATATTCGGCACGAGGCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTTGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATCAAACCTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTATGGAGTGCAGTAAGCGAGTGGTGCGTTGTTATGGGTTGTGCAGAATTAACATTTATCATTGCTTTGGAACTCTATGATTTTGAAAAATCGGTTGTCAATTTAGAAGGAATTCCATATCTAAATGTGTAATCGGTTAAAAAACCAAAGTTATGAAGAATTTATTTTTGGATTATTTTGAGAGATCTGTTGATGAAAGTTTTATGAAGATCCAGAATTTCTGGTTAAAGATATTGTACATAACTGACCATTTAAAACCTCTTAGCTGAAATATGTAAAGCTCTTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAGGAA-TTCATACATTCATTTTG-GTTTTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGTATCAACTATGAACTTGTAGTTATCAAAATGTTTTGATGACAATAACTTGTACAGTATTGGGGGATTATTTAAGTATCAAATAAAATAAAT]

[+] EMBL CD081624             [GAGCCATATTCGGCACGAGGCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTTGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATCAAACCTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTATGGAGTGCAGTAAGCGAGTGGTGCGTTGTTATGGGTTGTGCAGAATTAACATTTATCATTGCTTTGGAACTCTATGATTTTGAAAAATCGGTTGTCAATTTAGAAGGAATTCCATATCTAAATGTGTAATCGGTTAAAAAACCAAAGTTATGAAGAATTTATTTTTGGATTATTTTGAGAGATCTGTTGATGAAAGTTTTATGAAGATCCAGAATTTCTGGTTAAAGATATTGTACATAACTGACCATTTAAAACCTCTTAGCTGAAATATGTAAAGCTCTTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAGGAA TTCATACATTCATTTTG GTTTTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGTATCAACTATGAACTTGTAGTTATCAAAATGTTTTGATGACAATAACTTGTACAGTATTGGGGGATTATTTAAGTATCAAATAAAATAAA ]
[-] EMBL CD075446             [                                                                            GAAGACTATTGTTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATCAAACCTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTATGGAGTGCAGTAAGCGAGTGGTGCGTTGTTATGGGTTGTGCAGAATTAACATTTATCATTGCTTTGGAACTCTATGATTTTGAAAAATCGGTTGTCAATTTAGAAGGAATTCCATATCTAAATGTGTAATCGGTTAAAAAACCAAAGTTATGAAGAATTTATTTTTGGATTATTTTGAGAGATCTGTTGATGAAAGTTTTATGAAGATCCAGAATTTCTGGTTAAAGATATTGTACATAACTGACCATTTAAAACCTCTTAGCTGAAATATGTAAAGCTCTTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAGGAA TTCATACATTCATTTTG GTTTTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGTATCAACTATGAACTTGTAGTTATCAAAATGTTTTGATGACAATAACTTGTACAGTATTGGGGGATTATTTAAGTATCAAATAAAATAAAT]
[-] EMBL SMAA40606            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGCNCTTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAGGAACGTCATACATTCATTTTGNGTTTTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGTATCAACTATG ACTTGTAGTNA CAAAATG TTTGATGTCAATAACT                                           ]




>consensus_7620#0
GAGCCATATTCGGCACGAGGCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTAAACAAATGG
ATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTTGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCA
TTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATC
AAACCTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTATGGAGTGCAGTAAGCGAGTGGTGCGTT
GTTATGGGTTGTGCAGAATTAACATTTATCATTGCTTTGGAACTCTATGATTTTGAAAAA
TCGGTTGTCAATTTAGAAGGAATTCCATATCTAAATGTGTAATCGGTTAAAAAACCAAAG
TTATGAAGAATTTATTTTTGGATTATTTTGAGAGATCTGTTGATGAAAGTTTTATGAAGA
TCCAGAATTTCTGGTTAAAGATATTGTACATAACTGACCATTTAAAACCTCTTAGCTGAA
ATATGTAAAGCTCTTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAGGAATTCATACATTCATTTTGGTT
TTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGTATCAACT
ATGAACTTGTAGTTATCAAAATGTTTTGATGACAATAACTTGTACAGTATTGGGGGATTA
TTTAAGTATCAAATAAAATAAAT

consensusID : consensus_7620#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 398
fasta sequence

                              [GATTTGGTGTTGGAAAGCTGGCCTTCAAATAACAAAAATAAGAAGATCAATAATTCTTCATTTTATACTTGTAATTGTTTTCATTTTTATGACGATAGCTGGGATGAGCATAGTGGGACTTTCTTTTGTTAACACAAAAGAGAACAACGCTGAACATTATCATTTGACTTTAGTGAATTTCATTTGTCACGTTATTGCAATTCCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTCAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTAGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATCAAACTTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTAT]

[+] EMBL CD190810             [GATTTGGTGTTGGAAAGCTGGCCTTCAAATAACAAAAATAAGAAGATCAATAATTCTTCATTTTATACTTGTAATTGTTTTCATTTTTATGACGATAGCTGGGATGAGCATAGTGGGACTTTCTTTTGTTAACACAAAAGAGAACAACGCTGAACATTATCATTTGACTTTAGTGAATTTCATTTGTCACGTTATTGCAATTCCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTCAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTAGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTACATCAAACTTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTAT]
[-] EMBL CD128364             [                                                                                                                                                                                ATTTCATTTGTCACGTTATTGCAATTCCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTCAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTTGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATG                                                                            ]




>consensus_7620#1
GATTTGGTGTTGGAAAGCTGGCCTTCAAATAACAAAAATAAGAAGATCAATAATTCTTCA
TTTTATACTTGTAATTGTTTTCATTTTTATGACGATAGCTGGGATGAGCATAGTGGGACT
TTCTTTTGTTAACACAAAAGAGAACAACGCTGAACATTATCATTTGACTTTAGTGAATTT
CATTTGTCACGTTATTGCAATTCCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTCAAACAA
ATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTAGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGC
TTCATTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGAAAGATTTCTTCTA
CATCAAACTTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7620#0      GAGCCATATTCGGCACGAGGCTTGTGGAGCAGTTGTAATCGCCTGTCTTTAAACAAATGG 60
consensus_7620#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7620#0      ATGTTATTTTGTTTCGGAAGACTATTTGTTGTTATTCAAATGGTACTGGGATCTGCTTCA 120
consensus_7620#1      ----------------------------------------------------------GA 2
                                                                                 *

consensus_7620#0      TTTGTACATTTCAACATGATTGGACTTAAAGTTTTGAAAGCGA-AAGATTTCTTCTACAT 179
consensus_7620#1      TTTG-GTGTTGGAA---AGCTGGCCTTCAAATAACAAAAATAAGAAGATCAATAATTCTT 58
                      ****    **  **      *** *** ** *    ***   * *****   *  * * *

consensus_7620#0      CAAACCTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTATGGAGTGCAGTAAGCGAGTGGTGCGT 239
consensus_7620#1      C--ATTTTATACTTGTAATTGTTTTCA-TTTTTATGA----CGATAGCTGGGATGAGCAT 111
                      *  *  ****   *    ** * ** * **  ****     *  **   * *  * ** *

consensus_7620#0      TGTTATGGGTTGTGCAGAATTAACATTTATCATTGCTTTG--GAACTCTATGATTTTGAA 297
consensus_7620#1      AGT--GGGACTTTCTTTTGTTAACACAAAAGAGAACAACGCTGAACATTATCATTTGACT 169
                       **   **  * *      ******   *  *   *   *  ****  *** ****    

consensus_7620#0      AAATCGGTTGTCAATTTAGAAGGAATTCCATATCTAAATGTGTAATCGGTTAAAAAACCA 357
consensus_7620#1      TTAGTGAATTTCATTTGTCACGTTATTGCAATTCCT--TGTGGAGCAGTTGTAATCGCCT 227
                        *  *  * *** **   * *  *** **  **    **** *   * *  **   ** 

consensus_7620#0      AAGTTATGAAGAATTTATTTTTGGATTATTTTGAGAGATCTGTTGATGAAAGTTTTATGA 417
consensus_7620#1      GTCTTTCAAACAAATGGATGTTATTTTGTTTCGGAAGA-CTATTAGTTGTTATTCAAATG 286
                         **   ** ** *   * **   ** *** *  *** ** **  *     **  *   

consensus_7620#0      AGATCCAGAATTTCTGGTTAAAGATATTGTA-CATAACTGACCATTTAAAACCTCTTAGC 476
consensus_7620#1      GTACTGGGATCTGCTTCATTTGTACATTTCAACATGATTGG--ACTTAAAGTTTTGAAAG 344
                        *    **  * **   *    * ***  * *** * **   * *****   *   *  

consensus_7620#0      TGAAATATGTAAAGCTC-TTAAAAGCTAGAAATTGTGTTAAG--GAATTCATACATTCAT 533
consensus_7620#1      CGAAAGATTTCTTCTACATCAAACTTTATGAATCGGGTTATATTGAATTCGTAT------ 398
                       **** ** *      * * ***   **  *** * ****    ****** **       

consensus_7620#0      TTTGGTTTTATCAATACTATTTATCAAATGTTTTCTATGGAAATGTTAATTGTATATTGT 593
consensus_7620#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7620#0      ATCAACTATGAACTTGTAGTTATCAAAATGTTTTGATGACAATAACTTGTACAGTATTGG 653
consensus_7620#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7620#0      GGGATTATTTAAGTATCAAATAAAATAAAT 683
consensus_7620#1      ------------------------------