cluster # 7711

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Schistosoma mansoni
cluster # 7711 cluster # 7711 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7711#0 length = 532 sequences # 4

consensus_7711#1 length = 352 sequences # 1

consensusID : consensus_7711#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 532
fasta sequence

                              [GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAGTTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATTGTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAGTTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAAA]

[+] EMBL CD094030             [GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAGTTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGGTTGTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAGTTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTNGAAGATATATTAGAAAA]
[+] EMBL CD094037             [GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAGTTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATCTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATTGTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAGTTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAA ]
[+] EMBL CD094087             [GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAGTTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAGCTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATTGTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAGTTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAA ]
[-] EMBL CD094024             [ gGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGGATAGGACTTTTCACAGGTGAAGTTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATTGTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAGTTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAAt]




>consensus_7711#0
GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAG
TTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCAT
AACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACG
GTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAA
TTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTT
CCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAG
TTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATT
GTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAG
TTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAAA

consensusID : consensus_7711#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 352
fasta sequence

                              [TACCGGACGCATACACAGGTGAAGTTGCATACACGTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTANAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCT]

[+] EMBL CD064393             [TACCGGACGCATACACAGGTGAAGTTGCATACACGTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTANAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCT]




>consensus_7711#1
TACCGGACGCATACACAGGTGAAGTTGCATACACGTTAAATTTTTCACATGGATTTGATT
CTGATGATAAACTTTGAGCATAACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAA
TTTCAGTGTCAATAAATAACGGTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTA
ATGAATGAAATAAACGACGAATTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAAT
CTCTTTGCTTTTTTAAAACTTCCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTT
CATCTAATTCACGACGTANAGTTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7711#0      GAGGGTTTCGGCTAACTGAATCAATTGGTCCACTTGGACTAGGACTTTTCACAGGTGAAG 60
consensus_7711#1      ------------------------------------TACCGGACGCATACACAGGTGAAG 24
                                                           **  *     * ***********

consensus_7711#0      TTTGCATACACGTTTTAAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCAT 120
consensus_7711#1      TT-GCATACACGTT--AAATTTTTCACATGGATTTGATTCTGATGATAAACTTTGAGCAT 81
                      ** ***********  ********************************************

consensus_7711#0      AACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACG 180
consensus_7711#1      AACAACAACCGGTACTTTGTTCACTACTAATATTATTAATTTCAGTGTCAATAAATAACG 141
                      ************************************************************

consensus_7711#0      GTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAA 240
consensus_7711#1      GTTTAAATAAATCAGTTGACGCTGATGGCGATATATTTAATGAATGAAATAAACGACGAA 201
                      ************************************************************

consensus_7711#0      TTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTT 300
consensus_7711#1      TTACACCAAGTGAATCACGTAAATGTTCTGTGACAAAATCTCTTTGCTTTTTTAAAACTT 261
                      ************************************************************

consensus_7711#0      CCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTAAAG 360
consensus_7711#1      CCACTTCACCCTCCTTCGAATCTAAAAGTTGTTTAACTTCATCTAATTCACGACGTANAG 321
                      ********************************************************* **

consensus_7711#0      TTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCTGAATGGAGACGATAAAAGAATAGGTGATT 420
consensus_7711#1      TTATACGTTCTAGATCACAACCTGGATTGCT----------------------------- 352
                      *******************************                             

consensus_7711#0      GTGGTAAGTTGGTAAAATTATCATTTATTGAATGCGAGAAAATCCTAGAACTTGTTCGAG 480
consensus_7711#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7711#0      TTCCGCCAAGATCCAGTTGATTGGGAGATGTAGTTGAAGATATATTAGAAAA 532
consensus_7711#1      ----------------------------------------------------