cluster # 7733

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Schistosoma mansoni
cluster # 7733 cluster # 7733 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7733#0 length = 705 sequences # 3

consensus_7733#1 length = 474 sequences # 1
consensus_7733#2 length = 343 sequences # 1

consensusID : consensus_7733#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 705
fasta sequence

                              [CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTTGACACGTGAATAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAACTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTACAGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAACGGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGATTAAAAACAGATTAAAAACCCTTATTGATTTTTAATTAAATTTCTATGTTTGTAACCGATTGCTGTTTTTTAGCACACCAAGTCAATTTATAAGTTGACTTAGCCAATTGTTACATCAAATTACATATAATACAAATCC]

[+] EMBL CD078473             [CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTTGACACGTGAATAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAACTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTACAGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAACGGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGATTAAAAACAGATTAAAAACCCTTATTGATTTTTAATTAAATTT                                                                                                ]
[+] EMBL AI975339             [                                                                                            AAATTCTTGACACGTGAATAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGT   TTGTTCATAACTTAGTTGGCACTGTTTGGTGTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAACTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTACAGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAACGGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGATTAAAAACAGATTAAAAACCCTTATTGATTTTTAATTAAATTTCTATGTTTGTAACCGATTGCTGTTTTTTAGCACACCAAGTCAATTTATAAGTTGACTTAGCCAATTGTTACATCAAATTACATATAATACAAATCC]
[+] EMBL AA566198             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTACAGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAACGGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGAT                                                                                                                                          ]




>consensus_7733#0
CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGT
CAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTTGACACGTGAATAGATTTGCA
GATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTA
CAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTG
AACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCT
TCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGT
GTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAACTTGTTTGCTACTGAGCAAT
ATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACA
GTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTACAGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAAC
GGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGATTAAAAACAGATTAAAAACCCTTATTGATTTTTA
ATTAAATTTCTATGTTTGTAACCGATTGCTGTTTTTTAGCACACCAAGTCAATTTATAAG
TTGACTTAGCCAATTGTTACATCAAATTACATATAATACAAATCC

consensusID : consensus_7733#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 474
fasta sequence

                              [CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAAGTAACAACCATTTGCAAGTCTTTTAACCTTTCTAGCTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTG]

[+] EMBL CD153242             [CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGCAAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCACACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAAGTAACAACCATTTGCAAGTCTTTTAACCTTTCTAGCTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTTGTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTG]




>consensus_7733#1
CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGACTGTAAGAGATTTGCAGATCT
AAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCC
AACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGATACCATGGACCAGTGAACTG
TGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGC
AAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCA
CACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAAGTAACAACCATTTGCAAGTCTTTTA
ACCTTTCTAGCTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTT
GTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTG

consensusID : consensus_7733#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 343
fasta sequence

                              [CGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTTGACACGTGAATGTAACTACTGAATTATGATTCTCACCGTTTATGTTATCCCTAATCTTTAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGGTCTGTAAATTTCATATTATGATTTTCTACTTAGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGT]

[-] EMBL CD179052             [CGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTTGACACGTGAATGTAACTACTGAATTATGATTCTCACCGTTTATGTTATCCCTAATCTTTAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCAGTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATATTATCGGTCTGTAAATTTCATATTATGATTTTCTACTTAGATACCATGGACCAGTGAACTGTGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGT]




>consensus_7733#2
CGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCG
TACAAATTCTTGACACGTGAATGTAACTACTGAATTATGATTCTCACCGTTTATGTTATC
CCTAATCTTTAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCA
GTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATAT
TATCGGTCTGTAAATTTCATATTATGATTTTCTACTTAGATACCATGGACCAGTGAACTG
TGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7733#0      --------------------CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGAC 40
consensus_7733#1      --------------------CTTATCGTCAAAAGTGAGGTGATTTTAAACGGGTGAGGAC 40
consensus_7733#2      CGGGTGAGGACTGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCG 60
                                             * *      *    *** *******            

consensus_7733#0      TGTAAGTTCTCCACCACTGTCAACATGGTTATTTTAACTCATCTTTTCGTACAAATTCTT 100
consensus_7733#1      TGTAAG------------------------------------------------------ 46
consensus_7733#2      TACAAATTCTTGACACGTGAATGTAACTACTGAATTATGATTCTCACCGTTTATGTTATC 120
                      *  **                                                       

consensus_7733#0      GACA-CGTGAATAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCA 159
consensus_7733#1      ------------AGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCA 94
consensus_7733#2      CCTAATCTTTAGAGATTTGCAGATCTAAGGGTTCTGTCCAATTATAACAAATGAACTTCA 180
                                  ************************************************

consensus_7733#0      GTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATAT 219
consensus_7733#1      GTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATAT 154
consensus_7733#2      GTTTTCAATTCCTTGACACTACAGCCAACCCTTCTGTAAATACTATCTATGGAACTATAT 240
                      ************************************************************

consensus_7733#0      TATCG----------------------------------ATACCATGGACCAGTGAACTG 245
consensus_7733#1      TATCG----------------------------------ATACCATGGACCAGTGAACTG 180
consensus_7733#2      TATCGGTCTGTAAATTTCATATTATGATTTTCTACTTAGATACCATGGACCAGTGAACTG 300
                      *****                                  *********************

consensus_7733#0      TGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGC 305
consensus_7733#1      TGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGTGTGTAATTGCCTTCCGC 240
consensus_7733#2      TGGTTAATTTCACTAATTGGATTTCATTTTCTCACAACCATGT----------------- 343
                      *******************************************                 

consensus_7733#0      AAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCA 365
consensus_7733#1      AAATATACAAATTTGTTGCTGTGTATTTTGCTTATTTCCCTTGGCACTGTTTGGTGTTCA 300
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      CACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAA------------------------- 400
consensus_7733#1      CACTGGATTAATGAATTCGCTGCTAATAACTGGAAGTAACAACCATTTGCAAGTCTTTTA 360
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      ----------CTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTT 450
consensus_7733#1      ACCTTTCTAGCTTGTTTGCTACTGAGCAATATTTTGATAGTTATGGATATTTCATTTCTT 420
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      GTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTGTTTTAC 510
consensus_7733#1      GTATTTGGAACGTTCCTGTTATTTTAAACAGTCTACTAATTGTTCTACTCCTTG------ 474
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      AGATCAACAGTTTAATAATTCAATCTAAACGGTTTCAAATTGCTAACGAAAAGCGATTAA 570
consensus_7733#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      AAACAGATTAAAAACCCTTATTGATTTTTAATTAAATTTCTATGTTTGTAACCGATTGCT 630
consensus_7733#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      GTTTTTTAGCACACCAAGTCAATTTATAAGTTGACTTAGCCAATTGTTACATCAAATTAC 690
consensus_7733#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7733#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7733#0      ATATAATACAAATCC 705
consensus_7733#1      ---------------
consensus_7733#2      ---------------