cluster # 7760

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Schistosoma mansoni
cluster # 7760 cluster # 7760 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7760#0 length = 736 sequences # 3

consensus_7760#1 length = 526 sequences # 2

consensusID : consensus_7760#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 736
fasta sequence

                              [GTCAAGGTAGTGCAAAAGCTAAATATAAAACTCGATTAAAACAACTTGTTCATTGGTGTGGGAAAAAGTTTGATGGTGTGATTGTGTTTGACGAATGTCATCGAGCTAAAAATNTAACTCCTAGTGGTTCTCAAAAACCTACAAAAACAGGTCTAACTGTGCTTGAATTACAGAACAAACTACCAAATGCTCGGATTGTTTATGCTAGTGCAACAGGTGCCACTGAGCCTCGTAACATGGCTTATATGACGCGTCTAGGATTGTGGGGAGATGGGACACCATTTAAAACCTTTAATTCATTCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGTGGGTATATGCATATCGCTTCTTCTCAGAAGCATCACGTTTATTAGATCTAAGTGACCGTTATCGTAAAACTATGTGGGGACAATTTTGGTCTGCTCATCAACGATTTTTTAAATATCTTTGCATTGCTGCCAAAGTGGAAACATGTGTTGAAATTGCTAAAACTGCTGTTGATGAGGGTAAATGTGTTGTCATTGGTCTTCAGTCTACTGGTGAAGCTAAAACTCTAGAACAAGTTGAAGA]

[-] EMBL CD125715             [GTCAAGGTAGTGCAAAAGCTAAATATAAAACTCGATTAAAACAACTTGTTCATTGGTGTGGGAAAAAGTTTGATGGTGTGATTGTGTTTGACGAATGTCATCGAGCTAAAAATNTAACTCCTAGTGGTTCTCAAAAACCTACAAAAACAGGTCTAACTGTGCTTGAATTACAGAACAAACTACCAAATGCTCGGATTGTTTATGCTAGTGCAACAGGTGCCACTGAGCCTCGTAACATGGCTTATATGACGCGTCTAGGATTGTGGGGAGATGGGACACCATTTAAAACCTTTAATTCATTCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD064922             [              AAAGCTAAATATAAAACTCGATTAAAACAACTTGTTCATTGGTGTGGGAAAAAGTTTGATGGTGTGATTGTGTTTGACGAATGTCATCGAGCTAAAAATTTAACTCCTAGTGGTTCTCAAAAACCTACAAAAACAGGTCTAACTGTGCTTGAATTACAGAACAAACTACCAAATGCTCGGATTGTTTATGCTAGTGCAACAGGTGCCACTGAGCCTCGTAACATGGCTTATATGACGCGTCTAGGATTGTGGGGAGATGGGACACCATTTAAAACCTTTAATTCATTCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGTGGGTATATGCATATCGCTTCTTCTCAGAAGCATCACGTTTATTAGATCTAAGTGACCGTTATCGTAAAACTATGTGGGGACAATTTTGGTCTGCTCATCAACGATTTTTTAAATATCTTTGCATTGCTGCCAAAGTG                                                                                                        ]
[+] EMBL CD112171             [                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACACCATTTAAAACCTTTAATTCATTCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGTGGGTATATGCATATCGCTTCTTCTCAGAAGCATCACGTTTATTAGATCTAAGTGACCGTTATCGTAAAACTATGTGGGGACAATTTTGGTCTGCTCATCAACGATTTTTTAAATATCTTTGCATTGCTGCCAAAGTGGAAACATGTGTTGAAATTGCTAAAACTGCTGTTGATGAGGGTAAATGTGTTGTCATTGGTCTTCAGTCTACTGGTGAAGCTAAAACTCTAGAACAAGTTGAAGA]




>consensus_7760#0
GTCAAGGTAGTGCAAAAGCTAAATATAAAACTCGATTAAAACAACTTGTTCATTGGTGTG
GGAAAAAGTTTGATGGTGTGATTGTGTTTGACGAATGTCATCGAGCTAAAAATNTAACTC
CTAGTGGTTCTCAAAAACCTACAAAAACAGGTCTAACTGTGCTTGAATTACAGAACAAAC
TACCAAATGCTCGGATTGTTTATGCTAGTGCAACAGGTGCCACTGAGCCTCGTAACATGG
CTTATATGACGCGTCTAGGATTGTGGGGAGATGGGACACCATTTAAAACCTTTAATTCAT
TCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGA
AACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTA
ATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATC
AGTCAACTGACCTGTGGGTATATGCATATCGCTTCTTCTCAGAAGCATCACGTTTATTAG
ATCTAAGTGACCGTTATCGTAAAACTATGTGGGGACAATTTTGGTCTGCTCATCAACGAT
TTTTTAAATATCTTTGCATTGCTGCCAAAGTGGAAACATGTGTTGAAATTGCTAAAACTG
CTGTTGATGAGGGTAAATGTGTTGTCATTGGTCTTCAGTCTACTGGTGAAGCTAAAACTC
TAGAACAAGTTGAAGA

consensusID : consensus_7760#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 526
fasta sequence

                              [TTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGGTTAGTGTTCCTTCATTTTTCTCTTTTATCTCAACACGATCAGTATACTCCGATGGTTAATACGTAGTTTGTTTAACAAATAATTATTAATATTCTCTGACATATGGCATGCATTAATCACTATAGGTGTTATGTTCAGTATATTTTTTAGAAGCACGTGGAACTAACCACTTTAAGCAGAAACCACGAAAGTGAGACACTTTTGTTTATCCGTCAAGTATATCTCTAAACATCGTAGTAGCTCACGAATTAGAGTACAAATTTTCTCTAAATGATCTAACTCAAAGTTCAATTTAAGTCGATACCTTCAATTGACCGAGTTAATTGTAGTAAGCGGCATTCAT]

[+] EMBL CD157423             [TTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGGTTAGTGTTCCTTCATTTTTCTCTTTTATCTCAACACGATCAGTATACTCCGATGGTTAATACGTAGTTTGTTTAACAAATAATTATTAATATTCTCTGACATATGGCATGCATTAATCACTATAGGTGTTATGTTCAGTATATTT                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL CD157413             [                                                                                   TTTCATGGTG GAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTGTCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACCTGGTTAGTGTTCCTTCATTTTTCTCTTTTATCTCAACACGATCAGTATACTCCGATGGTTAATACGTAGTTTGTTTAACAAATAATTATTAATATTCTCTGACATATGGCATGCATTAATCACTATAGGTGTTATGTTCAGTATATTTTTTAGAAGCACGTGGAACTAACCACTTTAAGCAGAAACCACGAAAGTGAGACACTTTTGTTTATCCGTCAAGTATATCTCTAAACATCGTAGTAGCTCACGAATTAGAGTACAAATTTTCTCTAAATGATCTAACTCAAAGTTCAATTTAAGTCGATACCTTCAATTGACCGAGTTAATTGTAGTAAGCGGCATTCAT]




>consensus_7760#1
TTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGAAACTACGTGGGA
TGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTAATGAAGTACTAA
TAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATCAGTCAACTGACC
TGGTTAGTGTTCCTTCATTTTTCTCTTTTATCTCAACACGATCAGTATACTCCGATGGTT
AATACGTAGTTTGTTTAACAAATAATTATTAATATTCTCTGACATATGGCATGCATTAAT
CACTATAGGTGTTATGTTCAGTATATTTTTTAGAAGCACGTGGAACTAACCACTTTAAGC
AGAAACCACGAAAGTGAGACACTTTTGTTTATCCGTCAAGTATATCTCTAAACATCGTAG
TAGCTCACGAATTAGAGTACAAATTTTCTCTAAATGATCTAACTCAAAGTTCAATTTAAG
TCGATACCTTCAATTGACCGAGTTAATTGTAGTAAGCGGCATTCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7760#0      GTCAAGGTAGTGCAAAAGCTAAATATAAAACTCGATTAAAACAACTTGTTCATTGGTGTG 60
consensus_7760#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7760#0      GGAAAAAGTTTGATGGTGTGATTGTGTTTGACGAATGTCATCGAGCTAAAAATNTAACTC 120
consensus_7760#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7760#0      CTAGTGGTTCTCAAAAACCTACAAAAACAGGTCTAACTGTGCTTGAATTACAGAACAAAC 180
consensus_7760#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7760#0      TACCAAATGCTCGGATTGTTTATGCTAGTGCAACAGGTGCCACTGAGCCTCGTAACATGG 240
consensus_7760#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7760#0      CTTATATGACGCGTCTAGGATTGTGGGGAGATGGGACACCATTTAAAACCTTTAATTCAT 300
consensus_7760#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7760#0      TCATCCAAACACTTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGA 360
consensus_7760#1      ------------TTGAGCGACGTGGTGTAGGTGCTATGGAGTTGGTTGCTATGGACATGA 48
                                  ************************************************

consensus_7760#0      AACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTA 420
consensus_7760#1      AACTACGTGGGATGTATATTGCACGGCAGCTCAGTTTTCATGGTGTGAATTTCAGCATTA 108
                      ************************************************************

consensus_7760#0      ATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATC 480
consensus_7760#1      ATGAAGTACTAATAGAAAACGTCAAATTAGGGCATGAAAGTTTTATCCAAGTCTATAATC 168
                      ************************************************************

consensus_7760#0      AGTCAACTGACCTG-TGGGTATATGCATATCGCTTCTTCTCAGAAGCATCACGTTTATTA 539
consensus_7760#1      AGTCAACTGACCTGGTTAGTGTTCCTTCATT-TTTCTCTTTTATCTCAACACGATCAGTA 227
                      ************** *  ** *      **   ****  *      ** **** * * **

consensus_7760#0      GATCTAAGTGACCGTTATCGTAAAACTATGTGGGGACAATT-TTGGTCTGCTCATCAACG 598
consensus_7760#1      TACTCCGATGGTTAATA-CGTAGTTTGTTTAACAAATAATTATTAATATTCTC-TGACAT 285
                       *      **     ** ****      *      * **** **  * * *** * *   

consensus_7760#0      ATTTTTTAAATATCTTTGCATTGCTGCCAAAGTGGAAACATGTGTTGAAATTGC-TAAAA 657
consensus_7760#1      ATGGCATGCATTAATCACTATAGGTGTTATGTTCAGTATATTTTTTAGAAGCACGTGGAA 345
                      **    *  **   *    ** * **  *   *    * ** * **  **   * *  **

consensus_7760#0      CTGCTGTTGATGAGGGTAAAT-GTGTTGTCATTGGTCTTCAGTCTACTGGTGAAGCTAAA 716
consensus_7760#1      CTAACCACTTTAAGCAGAAACCACGAAAGTGAGACACTTTTGTTTATCCGTCAAG-TATA 404
                      **        * **   ***    *           ***  ** **   ** *** ** *

consensus_7760#0      ACTCTAGAACAAGTTGAAGA---------------------------------------- 736
consensus_7760#1      TCTCTAAACATCGTAGTAGCTCACGAATTAGAGTACAAATTTTCTCTAAATGATCTAACT 464
                       ***** *    ** * **                                         

consensus_7760#0      ------------------------------------------------------------
consensus_7760#1      CAAAGTTCAATTTAAGTCGATACCTTCAATTGACCGAGTTAATTGTAGTAAGCGGCATTC 524
                                                                                  

consensus_7760#0      --
consensus_7760#1      AT 526