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consensusID : consensus_7848#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1462 fasta sequence
[CCCTCGAGCCAANAATTCGGCACGAGGACGTTTTGGATTTCTTTTAATGTCTGTTTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAAAAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTTGGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAATCAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAATTAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTTTCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTACCTAATTTGTCTTCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAANACAAGGAGAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCTCTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACGGAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTCACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATCAGAAAAAGTANACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGGTACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGGTGTTTGGTCTATTCCATCCAAAAATGAAATTGGTCCTAATGGTCTACCGTCAGCTATATTTCCATCAGATCATATGAATTTAATTGCAGATTTCAGTTTACGTTTATGCAAGTAGTATATAGTCTTCTTATTTGATCTACCATTTTTTTGAGGTAAACATTAATTTCATCATATTTACTGCTTGAATTGGTTTTGTCGTTGATTTAAATTTAGTTTAATTTAGCTACAAGTCAACTGATTAACTTTGAATGTTAATTTGCATGAAATAAAAAGTCAATTGCTTATTAACGCTTTAATGAAATTCTATTTTCATGATCTTTATTAAATAAACTGTGTAAATATTTTTTGACGATCTACTTCTTTAAAGTGTAATTTCTAAGTTTCATTTTTCTCACGTTTATATTTGACTTCAACACCAGTTACTTACAATCTTATCTATTTTACTTTATATACTTTAGCAAATTAAATTAATTATGTTGTAACTTTATCATAGCTAAAAGACAATTACACTGAC]
[+] EMBL CD082489 [CCCTCGAGCCAANAATTCGGCACGAGGACGTTTTGGATTTCTTTTAATGTCTGTTTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAAAAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTTGGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAATCAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAATTAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTTTCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTACCTAATTTGTCTTCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAANACAAGGAGAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCT ]
[+] EMBL CD079130 [ GTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTTTCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTACCTAATTTGTCTTCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAAAACAAGGAGAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCTCTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACGGAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTCACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATCAGAAAAAGTANACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGGTACTGTG ]
[-] EMBL CD076086 [ TCAGANAAAGTAAACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGGTACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGGTGTTTGGTCTATTCCATCCAAAAATGAAATTGGTCCTAATGGTCTACCGTCAGCTATATTTCCATCAGATCATATGAATTTAATTGCAGATTTCAGTTTACGTTTATGCAAGTAGTATATAGTCTTCTTATTTGATCTACCATTTTTTTGAGGTAAACATTAATTTCATCATATTTACTGCTTGAATTGGTTTTGTCGTTGATTTAAATTTAGTTTAATTTAGCTACAAGTCAACTGATTAACTTTGAATGTTAATTTGCATGAAATAAAAAGTCAATTGCTTATTAACGCTTTAATGAAATTCTATTTTCATGATCTTTATTAAATAAACTGTGTAAATATTTTTTGACGATCTACTTCTTTAAAGTGTAATTTCTAAGTTTCATTTTTCTCACGTTTATATTTGACTTCAACACCAGTTACTTACAATCTTATCTATTTTACTTTATATACTTTAGCAAATTAAATTAATTATGTTGTAACTTTATCATAGCTAAAAGACAATTACACTGAC]
consensusID : consensus_7848#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 989 fasta sequence
[CTATCTTGTTTAATAGTTCCGACTGACCTTCCACGTACAGGATTTCTTTTCAATGTCTGTTTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAAAAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTTGGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAATCAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAATTAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTTTCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGTAACCACTTTATTTTTTATGTTTTCAACAAATAGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTACCTAATTTGTCTCCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAAAACAAGGAGAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCTCTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACGGAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTCACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATCAGAAAAAGTAAACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGGTACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGG]
[+] EMBL CD091394 [CTATCTTGTTTAATAGTTCCGACTGACCTTCCACGTACAGGATTTCTTTTCAATGTCTGTTTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAAAAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTTGGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAATCAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAATTAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTTTCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGTAACCACTTTATTTTTTATGTTTTCAACAAATAGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACC ]
[-] EMBL CD091347 [ GGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACTCGCTGTTATTTATCGGTAACCACTTTATTTTTTATGTTTTCAACAAATAGGAATGATAATTATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTTTTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTACCTAATTTGTCTCCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAAAACAAGGAGAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCTCTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACGGAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTCACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATCAGAAAAAGTAAACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGGTACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_7848#0 CCCTCGAGCC-AANAATTCGGCACGAGG----ACGTTTTGGATTTCTTTT-AATGTCTGT 54
consensus_7848#1 CTATCTTGTTTAATAGTTCCGACTGACCTTCCACGTACAGGATTTCTTTTCAATGTCTGT 60
* ** * ** * *** * ** **** *********** *********
consensus_7848#0 TTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAA 114
consensus_7848#1 TTGTGAATCAAATGAAAAGTCCTACTCAAGGAGTTACATCGACCTAGAAAACTCTGATAA 120
************************************************************
consensus_7848#0 AAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTT 174
consensus_7848#1 AAATGACTTAAAAATACGTATTATGCAGTGGAACATGCTTGCTCAGGGCTTTATTCCGTT 180
************************************************************
consensus_7848#0 GGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAAT 234
consensus_7848#1 GGATGAATTCATATACTGTCCTTGTAAAATGTTATCGTTTGAACGTAGATGTAAATTAAT 240
************************************************************
consensus_7848#0 CAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAAT 294
consensus_7848#1 CAGTGAGGAAATCCTGCGTTATGATCCAGACGTTGTTTGCTTACAAGAAGCAGACATAAT 300
************************************************************
consensus_7848#0 TAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTT 354
consensus_7848#1 TAAAGACATAGTAAAATGTCTCAATGAGAGAAGTGGGAGAGATAATTATTCGTTTTGTTT 360
************************************************************
consensus_7848#0 TCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACT 414
consensus_7848#1 TCTACCAAAGATGTCCTCTCCTTGTTTGATGGTTAAAAATAATCACGGGCCTGATGGACT 420
************************************************************
consensus_7848#0 CGCTGTTATTTATCGG-----------------------------------AATGATAAT 439
consensus_7848#1 CGCTGTTATTTATCGGTAACCACTTTATTTTTTATGTTTTCAACAAATAGGAATGATAAT 480
**************** *********
consensus_7848#0 TATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTT 499
consensus_7848#1 TATGAACTGATAAAATCTGAAAAGATTCCTCTCAATGAAGACAGTTCACGTTACGCTCTT 540
************************************************************
consensus_7848#0 TTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTAC 559
consensus_7848#1 TTTTGTCACTTCATACCCAAAGTTGTTGGGCACTTAAGCAAGAGCTGCTCTGATATCTAC 600
************************************************************
consensus_7848#0 CTAATTTGTCTTCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAANACAAGGA 619
consensus_7848#1 CTAATTTGTCTCCACCTAAAAGCTAAGGTACATTGTTCTGAGATACGAAGAAAACAAGGA 660
*********** **************************************** *******
consensus_7848#0 GAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCT 679
consensus_7848#1 GAAGAACTTGTTAAATATTTAAATTCATTTATCAAGCGTATTTCTTCCACTTCTGCACCT 720
************************************************************
consensus_7848#0 CTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACG 739
consensus_7848#1 CTAAATAGCACTGTGTTTCCTCCTATTTTTATTTGTGGTGATTTCAATGCTGAACCTACG 780
************************************************************
consensus_7848#0 GAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTC 799
consensus_7848#1 GAACCAGTAATTAACATTTTACAAAATTTCTCTCTGAATTCTAACACACTGTACAAACTC 840
************************************************************
consensus_7848#0 ACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATC 859
consensus_7848#1 ACAAGTGCTTATTACACAGCAGGTGGTTGTAAAGAGCCTGAATTTACAACATGGAAAATC 900
************************************************************
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consensus_7848#1 AGAAAAAGTAAACGAATTGTAGAACTTACCGAAGACTGTCACACGATTGATTATATTTGG 960
********** *************************************************
consensus_7848#0 TACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGGTGTTTGGTCTATTCCATCCAAAAATGAAATT 979
consensus_7848#1 TACTGTGATCGATTATGCACTTTGTTAGG------------------------------- 989
*****************************
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consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
consensus_7848#0 TTCAGTTTACGTTTATGCAAGTAGTATATAGTCTTCTTATTTGATCTACCATTTTTTTGA 1099
consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
consensus_7848#0 ACTTTAGCAAATTAAATTAATTATGTTGTAACTTTATCATAGCTAAAAGACAATTACACT 1459
consensus_7848#1 ------------------------------------------------------------
consensus_7848#0 GAC 1462
consensus_7848#1 ---
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||