cluster # 7863

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Schistosoma mansoni
cluster # 7863 cluster # 7863 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7863#0 length = 706 sequences # 3

consensus_7863#1 length = 679 sequences # 2

consensusID : consensus_7863#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 706
fasta sequence

                              [CCTCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGGAACTACCAGCGCAGGACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTC-TTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAA--ATATATATATATATATCTATTTTGTAGTGTTTTTGTGTCAAACATTTTTTTATTATTAAAAAAAGGCTGTATTCGAATT]

[+] EMBL CD082643             [CCTCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGGAACTACCAGCGCAGGACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAA  ATATATATATATATATCTATTTTGGAGTGTTTTTGTGTCAAACATTNTTTTA                           ]
[-] EMBL CD200121             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTC TTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATATCTATTTTGTAGTGTTTTTGTGTCAAACATTTTTTTATTATTAAAAAAAGGCTGTATTCGAATT]
[-] EMBL CD200132             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTC TTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAA  ATATATATATATATATCTATTTTGTAGTGTTTTTGTGTCAAACATTTTTTTATTATTAAAAAAAGGCTGTATTCGAATT]




>consensus_7863#0
CCTCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTG
TTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCA
TGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGGAACTACCAGCGCAGGACTGA
AGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTG
ACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTC
ATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAA
TCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGT
GTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAA
ACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTAT
TTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAGT
GTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGTAGTGTTTT
TGTGTCAAACATTTTTTTATTATTAAAAAAAGGCTGTATTCGAATT

consensusID : consensus_7863#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 679
fasta sequence

                              [TTATGTTCACACATTCTTGACGCTGTGTATAAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGAAACTACCAGCGCAGGACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGGAAGGGTTTTTGTGTCAAACATTT]

[+] EMBL BF936726             [TTATGTTCACACATTCTTGACGCTGTGTATAAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGAAACTACCAGCGCAGGACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATAAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGGAAGGGTTTTTGTGTCAAACATTT]
[+] EMBL AI975405             [TTATGTTCACACATTCTTGACGCTGTGTATAAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTGTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGAAACTACCAGCGCAGGACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCTGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTCGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTAATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATTCTGTGTACGCATAAAGCAATGAT                                                                                                                                                                                                                                            ]




>consensus_7863#1
TTATGTTCACACATTCTTGACGCTGTGTATAAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAAA
CCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTTG
TCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGAAACTACCAGCGCAGGA
CTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGCT
GCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTTC
GCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATTA
ATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATATT
CTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCTA
CTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTTA
TTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATATA
AAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGGAAGG
GTTTTTGTGTCAAACATTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7863#0      ----CCTCGNAGGC-CANAATTCGGCACGAGGAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAA 55
consensus_7863#1      TTATGTTCACACATTCTTGACGCTGTGT-ATAAGCACAAACACTCATGGCCATTCAGAAA 59
                            **  *    *   *  * *    *  ****************************

consensus_7863#0      ACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTT 115
consensus_7863#1      ACCTGTTGATAGAAGCCAGGTTCCCGATTATTATGAAATTATCACCGATCCTATCGATTT 119
                      ************************************************************

consensus_7863#0      GTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGGAACTACCAGCGCAGG 175
consensus_7863#1      GTCCATGATGCGTGATTGGCTCTCCAAAGGACGGTATAACACGGAAACTACCAGCGCAGG 179
                      ******************************************** ***************

consensus_7863#0      ACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGC 235
consensus_7863#1      ACTGAAGAAACTAGTACATGATTTGGGTACTATGTTTTATAACGCCGAATTATATAATGC 239
                      ************************************************************

consensus_7863#0      TGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTT 295
consensus_7863#1      TGCTGACTCAGACATTTGGTTAGCTGGAGAGCAGTTAGAAAACTTTGTGAAGAGTCAGTT 299
                      ************************************************************

consensus_7863#0      CGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATT 355
consensus_7863#1      CGCTCATATAAATACAGATGTTATCTATTCTAGACCAGCACTTGGTGATGCATAAATATT 359
                      ************************************************************

consensus_7863#0      AATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATAT 415
consensus_7863#1      AATAATCGTATTTGGTTAATTACGATTAATACTTTTGTGGAAATACCTGTTTCTGAATAT 419
                      ************************************************************

consensus_7863#0      TCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCT 475
consensus_7863#1      TCTGTGTACGCATAAAGCAATGATCTAAGTCAAGTTTGATATGTGTTTCTACTATCTTCT 479
                      ************************************************************

consensus_7863#0      ACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTT 535
consensus_7863#1      ACTAAACTAATTTACAATAATTCAATTTAAACAACACATAAAATCTTTTTATTCATTTTT 539
                      ************************************************************

consensus_7863#0      ATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTTTACTTTGTCAGTGGATATA 595
consensus_7863#1      ATTATTTTGACTATCTGCATATTCTCTATTGTCTTTTTTTT-ACTTTGTCAGTGGATATA 598
                      ***************************************** ******************

consensus_7863#0      TAA-GTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGTA- 653
consensus_7863#1      TAAAGTGTATGCATTTAAAATTTAGAAAGAGAAATATATATATATATATCTATTTTGGAA 658
                      *** ***************************************************** * 

consensus_7863#0      GTGTTTTTGTGTCAAACATTTTTTTATTATTAAAAAAAGGCTGTATTCGAATT 706
consensus_7863#1      GGGTTTTTGTGTCAAACATTT-------------------------------- 679
                      * *******************