cluster # 7888

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Schistosoma mansoni
cluster # 7888 cluster # 7888 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7888#0 length = 623 sequences # 4

consensus_7888#1 length = 606 sequences # 1

consensusID : consensus_7888#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 623
fasta sequence

                              [CAGGCCAAAAATTTGGCACGAGGCGGCACGAGGCGGGTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACC-TTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACGCACAAATAAAAAGTGTAAAGTCTT]

[+] EMBL CD079521             [CAGGCCAAAAATTTGGCACGAGGCGGCACGAGGCGGGTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACC TTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACGCACAAATAAAAAGTGTAAAGTCT ]
[-] EMBL CD073787             [                        GGCACGAGGCGGGTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACC TTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACGCACAAATAAAAAGTGTAAAGTCTT]
[+] EMBL CD157210             [                                                          TTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACCTTTTTTTTGTAAGCG                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD076255             [                                                                                                                                       TTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACCTTTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACGCACAAATAAAAAGTGTAAAGTCTT]




>consensus_7888#0
CAGGCCAAAAATTTGGCACGAGGCGGCACGAGGCGGGTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTT
TCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAA
GATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTG
TGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGA
TAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATA
ATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTT
TCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTC
TACATTTAACCTTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATGC
TGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACA
AATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACGC
ACAAATAAAAAGTGTAAAGTCTT

consensusID : consensus_7888#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 606
fasta sequence

                              [GCCAAGTTAGGGCACGAACTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATGCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCATCGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACCTTTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCACAAGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAACATGAACCAACTTTTCTCACAATTAAAAAGTGTAAAGCCTT]

[+] EMBL CD082659             [GCCAAGTTAGGGCACGAACTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATGCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCATCGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACCTTTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCACAAGATGCTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAACATGAACCAACTTTTCTCACAATTAAAAAGTGTAAAGCCTT]




>consensus_7888#1
GCCAAGTTAGGGCACGAACTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTTTCAGTTTGCTTGAGTCTT
TAGTTCTGATGCTTAATGCCATTTGTATCCTACACGAGAAAAGATTTCTGTCTAGAATTG
GCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTGTGAAGTATCAGTTTTTAA
CATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGATAGGTGTTAATATCGCAT
CGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATAATGATATCCGAATGCTGC
ACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTTTCATACTAAGTTACATCG
ATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTCTACATTTAACCTTTTTTT
TGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCACAAGATGCTGTTCACTGGATTTGGT
ATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACACAAATACATTTTCATGTAT
GTTTATTCGTGTACATTTAATTTAACATGAACCAACTTTTCTCACAATTAAAAAGTGTAA
AGCCTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7888#0      CAGGCCAAAAATTTGGCACGAGGCGGCACGAGGCGGGTGTTTACATGGCTCTCGGTCTTT 60
consensus_7888#1      --------------GCCAAGTTAGGGCACGAAC----TGTTTACATGGCTCTCGGTCTTT 42
                                    * ** *    *******      ***********************

consensus_7888#0      TCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATTCCATTTGTATCCTACACGAGAAAA 120
consensus_7888#1      TCAGTTTGCTTGAGTCTTTAGTTCTGATGCTTAATGCCATTTGTATCCTACACGAGAAAA 102
                      *********************************** ************************

consensus_7888#0      GATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTG 180
consensus_7888#1      GATTTCTGTCTAGAATTGGCTGTGGCCGGACAGATAATGAATACAGTCCCCCTACAACTG 162
                      ************************************************************

consensus_7888#0      TGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGA 240
consensus_7888#1      TGAAGTATCAGTTTTTAACATTTATCCACTCTATCCGGACTGTAATGAGAGTACCACTGA 222
                      ************************************************************

consensus_7888#0      TAGGTGTTAATATCGCGATGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATA 300
consensus_7888#1      TAGGTGTTAATATCGCATCGATTGTTTTCAAGTTGGTCTTCGGATGATTCCTGTCCAATA 282
                      ****************   *****************************************

consensus_7888#0      ATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTT 360
consensus_7888#1      ATGATATCCGAATGCTGCACTTGGTTTTTAAAGTCGAACCCCTTTTATCTAACTCTATTT 342
                      ************************************************************

consensus_7888#0      TCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTC 420
consensus_7888#1      TCATACTAAGTTACATCGATATTGAGATCTTGCTTCTAATATCCACCGAGTACTGTTTTC 402
                      ************************************************************

consensus_7888#0      TACATTTAACCTTTTTTT-GTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCAGAGGATG 479
consensus_7888#1      TACATTTAACCTTTTTTTTGTAAGCGGCGAATTAATGATGACTTCAGTTTTCACAAGATG 462
                      ****************** ********************************** * ****

consensus_7888#0      CTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACAC 539
consensus_7888#1      CTGTTCACTGGATTTGGTATTATACATTTCTCTGTCAGCAGAACCTATATTTTAAGACAC 522
                      ************************************************************

consensus_7888#0      AAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAAGATGAACCAACTTTACG 599
consensus_7888#1      AAATACATTTTCATGTATGTTTATTCGTGTACATTTAATTTAACATGAACCAACTTTTCT 582
                      ******************************************* ************* * 

consensus_7888#0      CACAAATAAAAAGTGTAAAGTCTT 623
consensus_7888#1      CACAATTAAAAAGTGTAAAGCCTT 606
                      ***** ************** ***