cluster # 7947

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Schistosoma mansoni
cluster # 7947 cluster # 7947 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7947#0 length = 1039 sequences # 4

consensus_7947#1 length = 649 sequences # 1
consensus_7947#2 length = 168 sequences # 1

consensusID : consensus_7947#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1039
fasta sequence

                              [GNGCCANAATTCGGCACGAGGCGCCAGTCTGTTGATGGTTCTCAATATTCCATTTTACTGATTCTTACTGATGGGATCATATCAGATTTGCCTCAAACAAAGGCTGCTATAGTAAATGCGTCCAGTTTACCTCTAAGCATCATTATTGTTGGCGTCGGTCCTGCGAATTTTGATGAAATGGAAGAACTTGATGGTGATGAAGTAAGACTAAGTTCTCGTGGAAAAACTGCTATTCGTGATATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAAAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGG-AATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATTCTATTTCGTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCCTCTGATTTTATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTCTTAAAAAATAACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTTCTCGATATGTTTTTTCAAAATATAATAAAT]

[+] EMBL CD080848             [GNGCCANAATTCGGCACGAGGCGCCAGTCTGTTGATGGTTCTCAATATTCCATTTTACTGATTCTTACTGATGGGATCATATCAGATTTGCCTCAAACAAAGGCTGCTATAGTAAATGCGTCCAGTTTACCTCTAAGCATCATTATTGTTGGCGTCGGTCCTGCGAATTTTGATGAAATGGAAGAACTTGATGGTGATGAAGTAAGACTAAGTTCTCGTGGAAAAACTGCTATTCGTGATATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAAAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGATTTACAAGTTTAAT AACATTa                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD074457             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATATGCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGG AATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATTCTATTTCGTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCCTCTGATTTTATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTCTTAAAAAATAACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTTCTCGATATGTTTTTTCAAAATATAATAAAT]
[-] EMBL CD074276             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGG AATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATTCTATTTCGTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCCTCTGATTTTATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTCTTAAAAAATAACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTTCTCGATATGTTTTTTCAAAATATAATAAAT]
[-] EMBL AI976624             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCNTAATTTTTAATANAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAACGGAAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATTCTATTTCGTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCCTCTGATTTTATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTCTTAAAAAATAACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTT                              ]




>consensus_7947#0
GNGCCANAATTCGGCACGAGGCGCCAGTCTGTTGATGGTTCTCAATATTCCATTTTACTG
ATTCTTACTGATGGGATCATATCAGATTTGCCTCAAACAAAGGCTGCTATAGTAAATGCG
TCCAGTTTACCTCTAAGCATCATTATTGTTGGCGTCGGTCCTGCGAATTTTGATGAAATG
GAAGAACTTGATGGTGATGAAGTAAGACTAAGTTCTCGTGGAAAAACTGCTATTCGTGAT
ATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAA
AGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGA
ATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGAT
TCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCA
TCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAAT
ATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACA
ATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAAT
ATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGTGAT
TTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGC
GGAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATTCTATTTC
GTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCCTCTGATTTT
ATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTCTTAAAAAAT
AACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTTCTCGATATGTT
TTTTCAAAATATAATAAAT

consensusID : consensus_7947#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 649
fasta sequence

                              [ACGGGCCAANATTCGGCACGAGGGGTTCTCGTGGNAAAAACTGCTATTCGTGATATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAAAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGGGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGGAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATT]

[+] EMBL CD080360             [ACGGGCCAANATTCGGCACGAGGGGTTCTCGTGGNAAAAACTGCTATTCGTGATATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAAAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGAATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTATCCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGGGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGGAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATT]




>consensus_7947#1
ACGGGCCAANATTCGGCACGAGGGGTTCTCGTGGNAAAAACTGCTATTCGTGATATTGTT
CAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAAAAGACGT
TTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCGAATGCAA
GGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGATTCAGAA
TTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAATTGTCTCACGCTCCATCTTAT
CCTACTGATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCAATCTAATATAAAT
GTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTTAACTACAATGGAT
GTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACATTCATAATATCTTA
AATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTATATGGGTGATTTAC
AAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATATCTGCAAGCGGAA
TTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAATT

consensusID : consensus_7947#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 168
fasta sequence

                              [GGATAAATGTTTGTCTCACGGGCTCCATCTTATCCTACTGGATATGCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAACTTTGATTAATATATAACATCTTTACATCAGAGGAGCTTTAATACTCTACTTCAAGACTAA]

[+] EMBL AA566159             [GGATAAATGTTTGTCTCACGGGCTCCATCTTATCCTACTGGATATGCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAACTTTGATTAATATATAACATCTTTACATCAGAGGAGCTTTAATACTCTACTTCAAGACTAA]




>consensus_7947#2
GGATAAATGTTTGTCTCACGGGCTCCATCTTATCCTACTGGATATGCCTAATCCACCTTA
TCCTAATTTTAATAAAACCAATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAACTTTGATTAATAT
ATAACATCTTTACATCAGAGGAGCTTTAATACTCTACTTCAAGACTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7947#0      GNGCCANAATTCGGCACGAGGCGCCAGTCTGTTGATGGTTCTCAATATTCCATTTTACTG 60
consensus_7947#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      ATTCTTACTGATGGGATCATATCAGATTTGCCTCAAACAAAGGCTGCTATAGTAAATGCG 120
consensus_7947#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TCCAGTTTACCTCTAAGCATCATTATTGTTGGCGTCGGTCCTGCGAATTTTGATGAAATG 180
consensus_7947#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      GAAGAACTTGATGGTGATGAAGTAAGACTAAGTTCTCGTGGAAAAA-CTGCTATTCGTGA 239
consensus_7947#1      ------ACGGGCCAANATTCGGCACGAG-GGGTTCTCGTGGNAAAAACTGCTATTCGTGA 53
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAA 299
consensus_7947#1      TATTGTTCAGTTCGTTCCTTTTCGCAATTTCCACCAGTTGAATAATGTTCAAGAGAGTAA 113
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      AAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCG 359
consensus_7947#1      AAGACGTTTAACTAAAGCTGTTCTCTCTGAAATCCCAGATCAACTGGTATCTTATATGCG 173
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      AATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGA 419
consensus_7947#1      AATGCAAGGAATTAAACCGTTGAATACACAAAATAATGATTATAAGATAGGAACACATGA 233
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAAT---TGTCTCACG- 475
consensus_7947#1      TTCAGAATTCAGGGATTCAAGTTGTAAAATGTATCATTCAGATAAAT---TGTCTCACG- 289
consensus_7947#2      ---------------------------------------GGATAAATGTTTGTCTCACGG 21
                                                              *******   ********* 

consensus_7947#0      -CTCCATCTTATCCTACTG-ATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCA 533
consensus_7947#1      -CTCCATCTTATCCTACTG-ATATTCCTAATCCACCTTATCCTAATTTTTAATAAAACCA 347
consensus_7947#2      GCTCCATCTTATCCTACTGGATATGCCTAATCCACCTTATCCTAATTTT-AATAAAACCA 80
                       ****************** **** ************************ **********

consensus_7947#0      ATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTT 593
consensus_7947#1      ATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAAGCATTTTATTTGAATATATAAAGCATGGCTTTT 407
consensus_7947#2      ATCTAATATAAATGTGTGAAACATAAA---CTTTGATT-AATATATAA--CAT---CTTT 131
                      ***************************    ***  ** *********  ***    ***

consensus_7947#0      AACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACAT 653
consensus_7947#1      AACTACAATGGATGTTCTTTGTATAGTTGAACTCCTATCTTTCATACTATCTTAAAACAT 467
consensus_7947#2      ACATCAGAGGAGCTTTAATACTCTACTTCAAGACTAA----------------------- 168
                      *  *   * *    **  *  * ** ** **  *  *                       

consensus_7947#0      TCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTAT 713
consensus_7947#1      TCATAATATCTTAAATTTTTTTCCGGCTGGTGATAATCGTGATGACAATGTTTTCATTAT 527
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      ATG--TGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATA 771
consensus_7947#1      ATGGGTGATTTACAAGTTTAATAAACATTTACGTATTTATGTTAATCATAATGTTTAATA 587
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TCTGCAAGCGGAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAA 831
consensus_7947#1      TCTGCAAGCGGAATTCATATGTATTCCAATAATTAACTTATCCATATAAATATTACCTAA 647
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TTCTATTTCGTTTTATGCATTGAATTCTGATGTCGTCCGTGCAATAATTTCATAATGTCC 891
consensus_7947#1      TT---------------------------------------------------------- 649
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TCTGATTTTATTTTTCTTTTTGGTTTATATGTCGTTCTTGAAGTCGTTTATTTCTCCTTC 951
consensus_7947#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7947#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7947#0      TTAAAAAATAACAATAATAATTTTCTAAATTTGGTTTATGATTAGTTAAAACCACTTTCT 1011
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consensus_7947#0      CGATATGTTTTTTCAAAATATAATAAAT 1039
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