cluster # 7985

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Schistosoma mansoni
cluster # 7985 cluster # 7985 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7985#0 length = 457 sequences # 5

consensus_7985#1 length = 445 sequences # 1

consensusID : consensus_7985#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 457
fasta sequence

                              [GGAAATTTCGGGCCACCGTTACGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACTAGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCACAAATTTCTCCGGACGGTCCTTTAAGATGTGTCACGACCT]

[-] EMBL CD123748             [GGAAATTTCGGGCCACCGTTACGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACTAGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTCCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCAacgcag                                               ]
[+] EMBL CD141725             [   atcTTCGGGCCACCGTTACGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACTAGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCTAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTCGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCACAAATTTCTCCGGACGTCCCTTTAAGATGTGTCCCGACCT]
[+] EMBL CD141831             [                     CGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACTAGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCAC                                                                ]
[-] EMBL CD141710             [                      GATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACTAGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGTTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCACAAATTTCTCCGGACGGTCCTTTAAGATGTGTCACGA   ]
[-] EMBL CD132033             [                                                                                                                                       CATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCTTTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCACAAATTTCTCCGGACGGTCCTTTAAGATGTGTCACG    ]




>consensus_7985#0
GGAAATTTCGGGCCACCGTTACGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAG
CCAGGGTTTTCTATTTGTAGTCGCTGAATGGTAAGGTTTCGTTCCATTTCATCAAGAACT
AGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCT
TTGATCAGACACATAACCATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCT
TTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTG
ATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGA
ATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCACAA
ATTTCTCCGGACGGTCCTTTAAGATGTGTCACGACCT

consensusID : consensus_7985#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 445
fasta sequence

                              [AGTTTGTAGGTCCAAAACTTTCTCATTTTCCCTAAATATAAATCCTTATTACGCAACCTCTTATTCCAAAACTTGTTCGACCTTTACGAATGACGTCTGTTATGAGGATGGGTTGAGTGATTTTCCCCACACCATAAAATTAAGTATTGCAGTGTATAGTTCAAATAGTGATTTAGAATAATAACGGTACTAAGTAATTACGGTTAAGTTAGGGTTTACTTTTTTTGAATCTAAAATTTTGGATAGCGGTATAGAAACTTACGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGT]

[+] EMBL CD197957             [AGTTTGTAGGTCCAAAACTTTCTCATTTTCCCTAAATATAAATCCTTATTACGCAACCTCTTATTCCAAAACTTGTTCGACCTTTACGAATGACGTCTGTTATGAGGATGGGTTGAGTGATTTTCCCCACACCATAAAATTAAGTATTGCAGTGTATAGTTCAAATAGTGATTTAGAATAATAACGGTACTAAGTAATTACGGTTAAGTTAGGGTTTACTTTTTTTGAATCTAAAATTTTGGATAGCGGTATAGAAACTTACGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTGCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAGTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATGGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGT]




>consensus_7985#1
AGTTTGTAGGTCCAAAACTTTCTCATTTTCCCTAAATATAAATCCTTATTACGCAACCTC
TTATTCCAAAACTTGTTCGACCTTTACGAATGACGTCTGTTATGAGGATGGGTTGAGTGA
TTTTCCCCACACCATAAAATTAAGTATTGCAGTGTATAGTTCAAATAGTGATTTAGAATA
ATAACGGTACTAAGTAATTACGGTTAAGTTAGGGTTTACTTTTTTTGAATCTAAAATTTT
GGATAGCGGTATAGAAACTTACGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTTG
CTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAAG
TGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAATG
GAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7985#0      -----------------------------------------------------GGAAATT 7
consensus_7985#1      AGTTTGTAGGTCCAAAACTTTCTCATTTTCCCTAAATATAAATCCTTATTACGCAACCTC 60
                                                                             *  * 

consensus_7985#0      TCGGGCCACCGTTACGATAGTTTCCAGATATGTCGGCTGAGCTAAAGTCTAAGCCAG-GG 66
consensus_7985#1      TTATTCCAAAACTTGTTCGACCTTTACGAATGACGTCTGTTATGAGGATGGGTTGAGTGA 120
                      *    ***    *         *  *   *** ** ***   * * *        ** * 

consensus_7985#0      TTTTCTATTTGTAGTCG--CTGAATG--GTAAGGTTTCGTTCCATT--TCATCAAGAACT 120
consensus_7985#1      TTTTCCCCACACCATAAAATTAAGTATTGCAGTGTATAGTTCAAATAGTGATTTAGAA-T 179
                      *****         *     * * *   * *  ** * **** * *  * **  **** *

consensus_7985#0      AGTGGGTCCGCCTTCCATTTATCGGTCATTAAAGAATGCCAACAGGTACCTGGACTAGCT 180
consensus_7985#1      AATAACGGTACTAAGTAATTACGGTTAAGTTAGGGTTTACTTTTTTTGAATCTAAAATTT 239
                      * *       *     * ***  * * * * * *  *  *      *   *  *  *  *

consensus_7985#0      TTGATCA-GACACATAACC--ATGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTT 237
consensus_7985#1      TGGATAGCGGTATAGAAACTTACGCGCTTCTTTTCATGGAGGCTCCAGGTGGATTCACTT 299
                      * ***   *  * * ** *  * *************************************

consensus_7985#0      GCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAA 297
consensus_7985#1      GCTTTTATAAGGCTAAATAAGTTACCTGATAACCATGGCTGCTGACCAACGAAACCACAA 359
                      ************************************************************

consensus_7985#0      GTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAAT 357
consensus_7985#1      GTGATTGTACTATTGGTAATTTTACATACAATTTGCTTCACGTCTACGATTTGTCGGAAT 419
                      ************************************************************

consensus_7985#0      GGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGTTGTTTGCCACCAGCTCCCCCACTCAAATGAGGCA 417
consensus_7985#1      GGAATTTCGACAAAAACTTCTTGAGT---------------------------------- 445
                      **************************                                  

consensus_7985#0      CAAATTTCTCCGGACGGTCCTTTAAGATGTGTCACGACCT 457
consensus_7985#1      ----------------------------------------