These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8077#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 858 fasta sequence [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCGATCAT] [+] EMBL CD077244 [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAG ] [+] EMBL CD073434 [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATC ] [+] EMBL CD073378 [ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTATTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATCTAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAACACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCAACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTA ] [-] EMBL CD078921 [ ACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTNTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCGATCAT] [-] EMBL CD078983 [ ATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCTATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTTTTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAAGACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTACTTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATTAGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTATGTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAGTGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGATTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAAGGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGTTGTTGAAGATTCG ] consensusID : consensus_8077#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 256 fasta sequence [TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATTCGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCCATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAATTCATTAGTTGATTCCATTTTCAATGCTTCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATTTTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT] [+] EMBL CD162649 [TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATTCGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCCATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAATTCATTAGTTGATTCCATTTTCAATGCTTCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATTTTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8077#0 ATTACTTTATTTCATTTAACATCAATGAACATCAGTATTTGATTATGAAAGTTAAATGTA 60 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 TTAGATATTGTTTCCATGACTATCTTATATCAAATCGGGGAACATGTGTATGATTGCATC 120 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 TAACGATTTGTATTTAATCAATTGTTCTGTTAATTGTGTCATCTGATGATGAGAATTAAC 180 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 ACAAGGGTAATCTATTCCATTGGGTATCTCCACATTCAAAAACTTACATAATGGTTCCCA 240 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 ACCATCACCAAGACGAAGTACTAGAAGACGATCTGATGGTACAGTTTCTTGTACCAATCT 300 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 ATTATATTCATCATAACATTCAAGGAGTACTTGATCATCATCAAAATTAAGATCATCTTT 360 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 TTGAAATGCAAACTTTAATGAGTCTTCAGTTAATTTATAGAAATCTGAATTAAGTCCTAA 420 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 GACTTTATCACCTTCTTCAATTTTTAATTTCCATGGATCATTTGATTTGGGTAATACTAC 480 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 TTTACGTAAACTATGTAACCAATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACTTTAGCATT 540 consensus_8077#1 ------TAAACTATGTAACCGATCATATTTATCACGTATTGTTAATAGAACCTTCGCATT 54 ************** ****************************** ** ***** consensus_8077#0 AGGATATATATTCATTAAATCTTTATAGAAACCACATGTTGGTAAATCCGTAGTTGCTAT 600 consensus_8077#1 CGGATATATATTCATTAATTCTTTATAAAATCCACATGCTGGTACATCGGTTACTGCTCC 114 ***************** ******** ** ******* ***** *** ** **** consensus_8077#0 GTAACCATCCAATAACTCCTTTAATTTATCATATATTGCTATGGTTTTTGTTGTTAGTAG 660 consensus_8077#1 ATAATTATTTAAGATCTCTTTCAGTCCATCCCGAATTATTAAT-------TCATTAGT-- 165 *** ** ** * *** ** * * *** *** ** * ***** consensus_8077#0 TGGTGGTGTTGTTATCATATGACTATCATGAATGAGGTTTTGCCATTTAATGATGTCTGA 720 consensus_8077#1 ---TGATTCCATTTTCA-ATGCT--TCATCAAATAGTTTTTGCCATTTATCTATATCATT 219 ** * ** *** *** **** ** ** ************ ** ** consensus_8077#0 TTGTTTATTAAATATAATTTCAAACATATGATAACATGGTTTATGATAAATAATTTCTAA 780 consensus_8077#1 TTGTTGTTTAATTATAATTTCAGTCATATGATAACAT----------------------- 256 ***** **** ********** ************* consensus_8077#0 GGCATTCTTTAAACTTTTTGTTCCAGTTCTCGGTAGACCAGCTGAGATAACTTGGATTGT 840 consensus_8077#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8077#0 TGTTGAAGATTCGATCAT 858 consensus_8077#1 ------------------ |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||