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consensusID : consensus_8094#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1207 fasta sequence
[AGGCTTTCTGCTGCCGGTGACTCGGATGAGTTAAACTAGCTTCCAATAGTTCTTAGATATAGTTGTTTATTTCAACTACAAAGCACCCTCTAATCATCCATCTTCCTGATCCTGACACAAATCTTGCACAATTTGTGCACGCAGGAACCTAATTTTTTCATCGAACTTTCGATCCACCGTAGTAGACTAGAGTATCTAAAGCACTTTTAAAAAGCATACAGAAACCCATTGCTAA-CGCCCACAGAG-TATACATGATGCTATCCAGTGAACGTGAATCAATTTCGAAGACTACATGATTAAAGGGGTTACGTCAGGATAACCAGTCTACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAGTTCCAACAAGAAAACTAATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCTCATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATACCAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAATCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAACTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGACAAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTACCAAATAAACCGAGAGTTTCACAACATCATCCACA-TTCAAAACCAAACTTATAACACTATACTACGAACTAGTATAAGTATATTGTGTCAAGATTTTATGTTTTTTACAGTCAAACTATTTTTAATTCATAATGTTGGCTTTTTTCAAAAATGTATT]
[-] EMBL CD124815 [AGGCTTTCTGCTGCCGGTGACTCGGATGAGTTAAACTAGCTTCCAATAGTTCTTAGATATAGTTGTTTATTTCAACTACAAAGCACCCTCTAATCATCCATCTTCCTGATCCTGACACAAATCTTGCACAATTTGTGCACGCAGGAACCTAATTTTTTCATCGAACTTTCGATCCACCGTAGTAGACTAGAGTATCTAAAGCACTTTTAAAAAGCATACAGAAACCCATTGCTAAGCGCCCACAGAGTTATACATGATGCTATCCAGTGAACGTGAATCAATTTCGAAGACTACATGATTAA ]
[+] EMBL CD081605 [ c acaacgCAGAG TATACATGATGCTATCCAGTGAACGTGAATCAATTTCGAAGACTACATGATTAAAGGGGTTACGTCAGGATAACCAGTCTACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAGTTCCAACAAGAAAACTAATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCTCATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATACCAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAATCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAACTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGACANAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTACCAAATAAACCGAGAGTTTCAC ACATCATCCACATTTCAAACCAAAACTTAT ACACTATACTACGAACTAGTATAAGTATATTGTGTCAAGATTTTATGTTTTTTACAGTCAAACTATTTTTAATT ATAATGTTGGC TTTTTC AAAATGTA ]
[-] EMBL CD131838 [ ACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAACTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAACTCGAAATTTAGAATCACGACAAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTA ]
[-] EMBL CD075428 [ TATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAACTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGACAAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTACCAAATAAACCGAGAGTTTCACAACATCATCCACA TTCAAAACCAAACTTATAACACTATACTACGAACTAGTATAAGTATATTGTGTCAAGATTTTATGTTTTTTACAGTCAAACTATTTTTAATTCATAATGTTGGCTTTTTTCAAAAATGTATT]
[-] EMBL AI977116 [ ATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTGTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAACTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGACAAAGTTTTCGTAGTACTTTAAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTACCAAATAAACCGAGAGTTTCACAACATCATCCACA TTCAAAACCAAACTTATAACACTATACTACGAACTAGTATAAGTATATTGTGTCAAGATTTTATGTTTTTTACAGTCAAACTATTTTTAATTCATAATGTTGGCTTTTTTCAAAAATGTATT]
consensusID : consensus_8094#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 898 fasta sequence
[CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGTACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAGTTCCAACAAGAAAACTCTAATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCTCATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATACCAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAATCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAATTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGANCAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGNTAAATGCTACCNAATAACCGAGAGTTTCACACATCATCCACATTCAAAACCAACTTTATACACTATACTACGAACTAGTANTAGTATATTGTGTCAAGATTNTATGTTTTACAGTCAACTATTTTAATNCATATGGNTGCTTTTTTCAAAATGG]
[+] EMBL CD081058 [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGTACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAGTTCCAACAAGAAAACTCTAATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCTCATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATACCAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAATCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGTCGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGTTTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATGAGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCTTGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTGTGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAATTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTCGAAATTTAGAATCACGANCAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTAATGGACAGAATTATGAATTATGNTAAATGCTACCNAATAACCGAGAGTTTCACACATCATCCACATTCAAAACCAACTTTATACACTATACTACGAACTAGTANTAGTATATTGTGTCAAGATTNTATGTTTTACAGTCAACTATTTTAATNCATATGGNTGCTTTTTTCAAAATGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_8094#0 AGGCTTTCTGCTGCCGGTGACTCGGATGAGTTAAACTAGCTTCCAATAGTTCTTAGATAT 60
consensus_8094#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8094#0 AGTTGTTTATTTCAACTACAAAGCACCCTCTAATCATCCATCTTCCTGATCCTGACACAA 120
consensus_8094#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8094#0 ATCTTGCACAATTTGTGCACGCAGGAACCTAATTTTTTCATCGAACTTTCGATCCACCGT 180
consensus_8094#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8094#0 AGTAGACTAGAGTATCTAAAGCACTTTTAAAAAGCATACAGAAACCCATTGCTAACGCCC 240
consensus_8094#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8094#0 ACAGAGTATACATGATGCTATCCAGTGAACGTGAATCAATTTCGAAGACTACATGATTAA 300
consensus_8094#1 ------------------------------------------------CTCCA-GGCCAA 11
** ** * **
consensus_8094#0 AGGGGTTACGTCAGGATAACCAGTCTACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAG 360
consensus_8094#1 NAATTTGGCACGAGG----------TACAAAGTGGTGATTCCCTTCACTTTCACATTGAG 61
* * *** ***********************************
consensus_8094#0 TTCCAACAAGAAAACT--AATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCT 418
consensus_8094#1 TTCCAACAAGAAAACTCTAATTAATGCAATTCAATAACCTTACGTTTTAGCTTGTGGTCT 121
**************** ******************************************
consensus_8094#0 CATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATAC 478
consensus_8094#1 CATCGGGTATTGGATGAGACTAAACACAACTGCGTGAACCTAGCTAGTTAGAGTTCATAC 181
************************************************************
consensus_8094#0 CAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAA 538
consensus_8094#1 CAGGAACTCCAACTTAGTGTTTGAAAGTTCTAGTTTAAAACCAACAGTTCTGCTTATTAA 241
************************************************************
consensus_8094#0 TCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGT 598
consensus_8094#1 TCATTTTGGCTCTATCTTATAACTCGTTCTATGTACAAAGTATTTCTTATTAAATATTGT 301
************************************************************
consensus_8094#0 CGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGT 658
consensus_8094#1 CGTGCAGTTTATACTTCAGTGCATTTGTTATTTAATGAATTTTGAGTTCTTTATTACTGT 361
************************************************************
consensus_8094#0 TTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATG 718
consensus_8094#1 TTTACTGCAAAGACCTTAATATATTTCAAATGACCGTCCCAAATGATGTTGCTCTATATG 421
************************************************************
consensus_8094#0 AGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCT 778
consensus_8094#1 AGCTTGCAATCAAAGCGGGAGTTCCTATGGATAACAAAGTTTTTAGAAGAGTATATGGCT 481
************************************************************
consensus_8094#0 TGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTG 838
consensus_8094#1 TGATTGCACTGGGTTGCAGTCCAGATGTCATTTTTTCAATGTTAAAATATCTCACATCTG 541
************************************************************
consensus_8094#0 TGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAA 898
consensus_8094#1 TGCATTTAAACAATTCTACAGAATTAGTCGATCATAATTCAATATCCAATGTTAGTACAA 601
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consensus_8094#0 CTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTC 958
consensus_8094#1 TTACTAGCAGGAGTACTGGACAACATCATCAGGTGAATAGATCGGAATTCGTGGCAAGTC 661
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consensus_8094#0 GAAATTTAGAATCACGACAAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTA 1018
consensus_8094#1 GAAATTTAGAATCACGANCAAGTTTTCGTAGTACTTTTAGTGACTGTGATCAATATCTTA 721
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consensus_8094#0 ATGGACAGAATTATGAATTATGTAAAATGCTACCAAATAAACCGAGAGTTTCACAACATC 1078
consensus_8094#1 ATGGACAGAATTATGAATTATGNTAAATGCTACCNAATAA-CCGAGAGTTTCACA-CATC 779
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consensus_8094#0 ATCCACATTCAAAACCAAACTTATAACACTATACTACGAACTAGTATAAGTATATTGTGT 1138
consensus_8094#1 ATCCACATTCAAAACCAACTTTATA-CACTATACTACGAACTAGTANTAGTATATTGTGT 838
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consensus_8094#1 CAAGATTNTATGTTTT--ACAGTCAA-CTATTTT-AATNCATA-TGGNTGCTTTTTTCAA 893
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consensus_8094#0 AAATGTATT 1207
consensus_8094#1 AATGG---- 898
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||