cluster # 8172

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Schistosoma mansoni
cluster # 8172 cluster # 8172 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8172#0 length = 749 sequences # 5

consensus_8172#1 length = 206 sequences # 1

consensusID : consensus_8172#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 749
fasta sequence

                              [TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT-CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGA-TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA-GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTA-TGGAGGTAGTG-TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGGTAT]

[+] EMBL BF936515             [TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGATTATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTATTGGAGGTAGTGTTTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATAT                           ]
[+] EMBL BF936765             [                  TTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTACAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAATCTTCTCTGTTTAAT ACATTACTTAGAGGGGATATTATGA TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAAGTAGGGGTATC TTAATTCCTTGTTTTATGTA TGGAAGTAGTG TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGG   ]
[+] EMBL BF936666             [                                                                                                                                                            TGTTTTGCCCTTATTTATTTCATTAATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCGTCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTTGTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAAGTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAAGGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGATATTATGA TATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTA GGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTATGTA TGGAGGTAGTG TTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTATATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGAGTAT]
[-] EMBL SMRAP162             [                                                                                                                                                                                                       GTCTCTTCTGTTGAGTTTTTTGGTAGNATGATTCCAGAAGGTAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATT CAGGATGTTGAGATAATAAGTTACATTAATCGTCCC TTGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL AA999453             [                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTACAGTATGTTGAGATGATAAGTTACATCATTCGTCCCTTTGTTACGATTATTCGTCCATTCGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGTGAGAGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCATTTTATGTTTATCTCTTTATGGTTTTCCTGTTTATTTATGAGATACTTGTAGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATA                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]




>consensus_8172#0
TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTA
CAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTA
TGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATT
AATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGG
TAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATTCAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCG
TCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGT
GAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTT
GTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAA
GTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAA
GGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGA
TATTATGATATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTAGGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTAT
GTATGGAGGTAGTGTTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTAT
ATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGGTAT

consensusID : consensus_8172#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 206
fasta sequence

                              [TCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATTGATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGGTANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCGTCCCTTTG]

[+] EMBL AA559561             [TCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATTGATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGGTANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCGTCCCTTTG]




>consensus_8172#1
TCGGTGTCCATATATTTATGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTG
GCCTTTATTTATTTCATTGATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGG
TANTATGATNCCGGAAGGTANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAAT
NATAANTTACATCATCCGTCCCTTTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8172#0      TAAGTTAGTTGAATGGATTTCATTGCGTTTAGTCAAGGTTATGATATCAGAATGGTGGTA 60
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      CAGGTTTGTAATGATAAGTGTGTTTTGTGGTTTAGTGATGACTCGGTGTCCATATATTTA 120
consensus_8172#1      ------------------------------------------TCGGTGTCCATATATTTA 18
                                                                ******************

consensus_8172#0      TGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTTGCCCTTATTTATTTCATT 180
consensus_8172#1      TGGTTGGATAGGGTTTTTTGCATTTTTAGTTTGTTGTGTTTGGCCTTTATTTATTTCATT 78
                      ***************************************** *** **************

consensus_8172#0      AATAGTTACACGCTTAAATGTCTCTGCTGTTGAGTTTTTTGGTAGTATGATTCCAGAAGG 240
consensus_8172#1      GATAGTTACACGTTTAAATGTCTCTGTTGTTGAGTTTTTNGGTANTATGATNCCGGAAGG 138
                       *********** ************* ************ **** ****** ** *****

consensus_8172#0      TAGTCCGATATGGATTCTTCCGTTTATTCAGTATGTTGAGATAATAAGTTACATTATTCG 300
consensus_8172#1      TANTCCGATATGGANCCTNCCGTTTATNCAGTATGTTNAAATNATAANTTACATCATCCG 198
                      ** ***********  ** ******** ********* * ** **** ****** ** **

consensus_8172#0      TCCCTTTGTTACGGTTATTCGTCCCTTTGTGAAAGTTTCAGTAGGTATTCGTTTAGGTGT 360
consensus_8172#1      TCCCTTTG---------------------------------------------------- 206
                      ********                                                    

consensus_8172#0      GAGGGTAGGTTGATTATGTATAGGTAGTTCTTTTTATATTTATTTTTTTATGGTTTTCTT 420
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      GTTTATTTATGAGATACTTGTGGTATTTATTCATTGGTTTATCGTTAGAGAGATATTAAA 480
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      GTTTAGTGTAGATCATTAGTAAATAAGCAGATTCTGTATATAGTAAAGAGGGGTGGTAAA 540
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      GGTTTACGTGTCGCTATTGTTGGTGAGTCTTCTCTGTTTAATAACATTACTTAGAGGGGA 600
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      TATTATGATATTTTGGTTGTTTTTTGAGCTAGGTAGGTTATCTTTAATTCCTTGTTTTAT 660
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      GTATGGAGGTAGTGTTTCTGTATTTGATGGCTTACTAAGTTACATTTATGCTATTAGTAT 720
consensus_8172#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8172#0      ATCATCATCTTTGATGTTGGTTGGGGTAT 749
consensus_8172#1      -----------------------------