cluster # 8189

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 8189 cluster # 8189 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8189#0 length = 1175 sequences # 5

consensus_8189#1 length = 416 sequences # 1

consensusID : consensus_8189#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1175
fasta sequence

                              [CTACGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCAAATGCACTAACAGGTTTCATGATTCAACATTATCGTTTCTACATAACAATGCTAACCTGTATAGCCTTTCTTATTCCTTCAGTGATTACTTTATTTCTCATACCTGAAACCAGTGTAAAGACAATACAAGTTGAACAGATAGATATTGAAAAATCATCCGATGAATTATGCATTACAACTCCAATAATTCATGATGAAACTAGTAAGCATCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAGCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATGTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCTTTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACAGGTTTAAGAGACGTATGCTGCACATTTGTGTCTATATTATGTGTCAGTATGATGGTCAAGTTTCATAAACATCAACCAACTAATCATGTCGAAGTAGCATCAATATCAAATAGAATGAATACAACATTATTTAGTCGTTTAAAATCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTTTTTCTATTCATCAAATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATATTCTGGTTTATTGCGCTACAATT-CCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTCGAACTGTGATATCGAAATGGACAGAAGTCTCTAAACAAGGTATGGTAATGTCTGTTATTGCAGTAATGGAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTTCGACAGTTAGCACTTTCAAAGGATCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAA-TTTTGGAAGCTTTAATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACATTATCATTGGAATCGTAACCAGTTAATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGACAGGAATCCAGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTCATTTATTTATTTATTTACTTATAATAAATCATTTATATTTTCAAAAAAAATTAAAAAAAANCAG]

[+] EMBL CD079516             [CTACGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCAAATGCACTAACAGGTTTCATGATTCAACATTATCGTTTCTACATAACAATGCTAACCTGTATAGCCTTTCTTATTCCTTCAGTGATTACTTTATTTCTCATACCTGAAACCAGTGTAAAGACAATACAAGTTGAACAGATAGATATTGAAAAATCATCCGATGAATTATGCATTACAACTCCAATAATTCATGATGAAACTAGTAAGCATCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAGCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATGTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCTTTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACAGGTTTAAGAGACGTATGCTGCACATTTGTGTCTATATTATGTGTCAGTATGATGGTCAAGTTTCATAAACATCAACCAACTAATCATGTCGAAGTAGCATCAATATCAAATAGAATGAATACAACATTATTTAGTCGTTTAAAATCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTTTTTCTATTCATCANATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD114651             [                                               CATGATTCAACATTATCGTTTCTACATAACAATGCTAACCTGTATAGCCTTTCTTATTCCTTCAGTGATTACTTTATTTCTCATACCTGAAACCAGTGTAAAGACAATACAAGTTGAACAGATAGATATTGAAAAATCATCCGATGAATTATGCATTACAACTCCAATAATTCATGATGAAACTAGTAAGCATCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAGCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATGTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD073783             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACATTTGTGTCTATATTATGTGTCAGTATGATGGTCAAGTTTCATAAACATCAACCAACTAATCATGTCGAAGTAGCATCAATATCAAATAGAATGAATACAACATTATTTAGTCGTTTAAAATCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTTTTTCTATTCATCAAATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATATTCTGGTTTATTGCGCTACAATT CCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTCGAACTGTGATATCGAAATGGACAGAAGTCTCTAAACAAGGTATGGTAATGTCTGTTATTGCAGTAATGGAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTTCGACAGTTAGCACTTTCAAAGGATCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAA TTTTGGAAGCTTTAATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACATTATCATTGGAATCGTAACCAGTTAATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGACAGGAATCCAGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTGATTTATTTATTTATTTAAATATAATAAATCATTTATATTTTCAAAAAAAATTAAAAAAAANCAG]
[-] EMBL CD077014             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGAATACAACATTATTTAGTCGTTTAAAATCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTTTTTCTATTCATCAAATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATATTCTGGTTTATTGCGCTACAATT CCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTCGAACTGTGATATCGAAATGGACAGAAGTCTCTAAACAAGGTATGGTAATGTCTGTTATTGCAGTAATGGAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTTCGACAGTTAGCACTTTCAAAGGATCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAA TTTTGGAAGCTTTAATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACATTATCATTGGAATCGTAACCAGTTAATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGACAGGAATCCAGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTCATTTATTTATTTATTTACTTATAATAAATCATT                               ]
[-] EMBL AI740429             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATNGCGCTCCAATTCCCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTCGAACTGTGATATCGAAATGGNCAGGAGTCTNTAAACAAGGTNTGGTAATGTCTGTTATTGCAGTAATGGAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTTCGACAGTTAGCACTTTCAAAGGANCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAATTTTTGGAAGCTTTAATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACCTTATCATTGGAATCGTAACCAGTTAATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGACAGGAATCCAGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTCATTTATTTATTTATTTACTTATAATAAATCATT                               ]




>consensus_8189#0
CTACGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCAAATGCACTAACAGGTTTCATGATTCAACAT
TATCGTTTCTACATAACAATGCTAACCTGTATAGCCTTTCTTATTCCTTCAGTGATTACT
TTATTTCTCATACCTGAAACCAGTGTAAAGACAATACAAGTTGAACAGATAGATATTGAA
AAATCATCCGATGAATTATGCATTACAACTCCAATAATTCATGATGAAACTAGTAAGCAT
CAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAG
CTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATG
TTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCT
TTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACAGGTTTAAGAGACGTATGCTGCACA
TTTGTGTCTATATTATGTGTCAGTATGATGGTCAAGTTTCATAAACATCAACCAACTAAT
CATGTCGAAGTAGCATCAATATCAAATAGAATGAATACAACATTATTTAGTCGTTTAAAA
TCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTTTTTCTATT
CATCAAATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATATTCTGGTT
TATTGCGCTACAATTCCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTCGAACTGTG
ATATCGAAATGGACAGAAGTCTCTAAACAAGGTATGGTAATGTCTGTTATTGCAGTAATG
GAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTTCGACAGTT
AGCACTTTCAAAGGATCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAATTTTGGAAGCTTTA
ATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACATTATCATTGGAATCGTAACCAGTT
AATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGACAGGAATCC
AGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTCATTTATTTATTTATTTACTTATAATAAAT
CATTTATATTTTCAAAAAAAATTAAAAAAAANCAG

consensusID : consensus_8189#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 416
fasta sequence

                              [TCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAGCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATGTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCTTTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACGTAAGTTTACGTGTACTGGAGTGTATTTCAGTTTTTAAACCAGTTTTTTGTAACTTTAGGAAACTGATTTTCTAAGCATTGTAATTCATAAATCATATGTCTATAGCATATTGGTAATTTCAGCGATACTACCTTGATCAGTCAAAACGATTTGTCATTTTCACTCTGTTGTCCTATCCTCACATGTGCCTAAAGCTCTT]

[+] EMBL CD159163             [TCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAGCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATGTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCTTTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACGTAAGTTTACGTGTACTGGAGTGTATTTCAGTTTTTAAACCAGTTTTTTGTAACTTTAGGAAACTGATTTTCTAAGCATTGTAATTCATAAATCATATGTCTATAGCATATTGGTAATTTCAGCGATACTACCTTGATCAGTCAAAACGATTTGTCATTTTCACTCTGTTGTCCTATCCTCACATGTGCCTAAAGCTCTT]




>consensus_8189#1
TCAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAA
GCTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCAT
GTTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCC
TTTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACGTAAGTTTACGTGTACTGGAGTGT
ATTTCAGTTTTTAAACCAGTTTTTTGTAACTTTAGGAAACTGATTTTCTAAGCATTGTAA
TTCATAAATCATATGTCTATAGCATATTGGTAATTTCAGCGATACTACCTTGATCAGTCA
AAACGATTTGTCATTTTCACTCTGTTGTCCTATCCTCACATGTGCCTAAAGCTCTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8189#0      CTACGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCAAATGCACTAACAGGTTTCATGATTCAACAT 60
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      TATCGTTTCTACATAACAATGCTAACCTGTATAGCCTTTCTTATTCCTTCAGTGATTACT 120
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      TTATTTCTCATACCTGAAACCAGTGTAAAGACAATACAAGTTGAACAGATAGATATTGAA 180
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      AAATCATCCGATGAATTATGCATTACAACTCCAATAATTCATGATGAAACTAGTAAGCAT 240
consensus_8189#1      -----------------------------------------------------------T 1
                                                                                 *

consensus_8189#0      CAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAG 300
consensus_8189#1      CAAGAACCCTCTAGTAATTATTCAGTTCACGTGCAATCTGAAAATAGCTGTATGAATAAG 61
                      ************************************************************

consensus_8189#0      CTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATG 360
consensus_8189#1      CTAAAAATTATATCAAAACTACCTCGTACTCATATAGTAATAATTGTCATTATTTTCATG 121
                      ************************************************************

consensus_8189#0      TTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCT 420
consensus_8189#1      TTTTCCATCTCTGGTATTACGGATATACAATATTTATATCTTTACTTAATGAGTAGTCCT 181
                      ************************************************************

consensus_8189#0      TTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCAC--AGGTTTAAGAGACGTATGCTGCA 478
consensus_8189#1      TTTCTGTGGGATGCACAAGCAGTTGGTTTGTTCACGTAAGTTTACGTGTACTGGAGTGTA 241
                      ***********************************  * ***** * *   *    ** *

consensus_8189#0      CATTTGTGTCTATATTA----TGTGTCAGTATGATGGTCAAGTTTCATAAACATC--AAC 532
consensus_8189#1      TTTCAGTTTTTAAACCAGTTTTTTGTAACTTTAGGAAACTGATTTTCTAAGCATTGTAAT 301
                        *  ** * ** *  *    * *** * * *      *   ***  *** ***   ** 

consensus_8189#0      CAACTAATCATGTCGAAGTAGCATCAATATCAAATAGAATGAATACAACATTATTTAGTC 592
consensus_8189#1      TCATAAATCATATGTCTATAGCAT-ATTGGTAATTTCAGCGA-TACTACCTTGATCAGTC 359
                        *  ****** *     ****** * *   ** *  *  ** *** ** **  * ****

consensus_8189#0      GTTTAAAATCTGTGGATCAAATTCTTCTCATTATGTTGGTATTTTTTGGATTTATAATTT 652
consensus_8189#1      -----AAAACGATTTGTCATTTTCACTCTGTTGTCCTATCCTCACATGTGCCTAAAGCTC 414
                           *** *  *   ***  ***      ** *  *    *    **    ** *  * 

consensus_8189#0      TTTCTATTCATCAAATCATTATGGGCATAGCTTCTACATTCACTGTTCCAACAGCAAATA 712
consensus_8189#1      TT---------------------------------------------------------- 416
                      **                                                          

consensus_8189#0      TTCTGGTTTATTGCGCTACAATTCCAAGATTTGTCAAAGGTTTTCAAATATCCATACTTC 772
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      GAACTGTGATATCGAAATGGACAGAAGTCTCTAAACAAGGTATGGTAATGTCTGTTATTG 832
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      CAGTAATGGAACGCCTTGGGGTATTAATTAGTCTTGTAGCTCTCCCAGTTATATACGCTT 892
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      CGACAGTTAGCACTTTCAAAGGATCGGTATTTTTTGTTTGCTCCTCTTTTACAATTTTGG 952
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      AAGCTTTAATAGTCTTAATTTTACCTATATATGCTCCAAACACATTATCATTGGAATCGT 1012
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      AACCAGTTAATTATTGTTAATATCATCTATTATTTTATTGAAGAGGAAAAAGAAGGGGAC 1072
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      AGGAATCCAGATTTTATTCAAAAAATATATCATCAACTCATTTATTTATTTATTTACTTA 1132
consensus_8189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8189#0      TAATAAATCATTTATATTTTCAAAAAAAATTAAAAAAAANCAG 1175
consensus_8189#1      -------------------------------------------