cluster # 8221

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Schistosoma mansoni
cluster # 8221 cluster # 8221 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8221#0 length = 453 sequences # 5

consensus_8221#1 length = 356 sequences # 1

consensusID : consensus_8221#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 453
fasta sequence

                              [GGCTAATAATTTACA-TTTA-GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATAACAATAATC]

[+] EMBL CD147906             [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTCTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATTACAATAATC]
[+] EMBL CD147894             [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATCGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTGGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATA         ]
[+] EMBL CD147910             [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTCGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTCTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAA           ]
[+] EMBL CD147745             [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATT                                                 ]
[+] EMBL CD147342             [gtCTATTAATTTACACTTTACGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTCCAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTCATGTCGTGGTAGTACATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGNTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATACCAATAAT ]




>consensus_8221#0
GGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTC
TACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGG
ATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTT
TGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTT
ATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTT
TTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTG
TTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAAT
ATGTTCATTACACCAAGAACAATAACAATAATC

consensusID : consensus_8221#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 356
fasta sequence

                              [CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCACCTTCTCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGACAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGTACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCACTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTTTTTTAAGATAAATTGATAAACAAAGTTCAT]

[-] EMBL CD191616             [CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCACCTTCTCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGACAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGTACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCACTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTTTTTTAAGATAAATTGATAAACAAAGTTCAT]




>consensus_8221#1
CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCACCTTCTCCGGTAGTTGGTTCTGA
GTTCAACGGACAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGTACAAGGCAATAAGCACGTTT
ACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCACTATCAGCTAATAATTTACA
TTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATG
AACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAG
TGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTTTTTTAAGATAAATTGATAAACAAAGTTCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8221#0      GGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTC 60
consensus_8221#1      ----------------CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCAC--CTTC 42
                                        *  * *     *** * ** ***  *     * **   ****

consensus_8221#0      TACATCATTTGGATG-AACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTG 119
consensus_8221#1      TCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGA--CAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGT 100
                      * *   * **** *   * **** **     *     **   ***    **  *   *  

consensus_8221#0      GATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATT 179
consensus_8221#1      ACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCA 160
                              ***   *   ***  ****   * * *    **  **  *  *   *     

consensus_8221#0      TTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCT 239
consensus_8221#1      CTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCAT-AAACGTTG---CATAAGTTTTAT 216
                       * *      *  ***   * ** ****  *** ** ***  **    ***   * ** *

consensus_8221#0      TATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTT 299
consensus_8221#1      CATTGCTTCTACATCAT--TTGGATGAACTTCACCG-------AGTTTAGCTGATGCAGT 267
                       **** *  **  *  *  ***      *****  *       *  * * *  *  *  *

consensus_8221#0      TTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTT 359
consensus_8221#1      TTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTT- 326
                      ****   ** *   *   ***  ** * * *      *  ***   *   *** ** ** 

consensus_8221#0      GTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAA 419
consensus_8221#1      --TTTTAAGATAAATTGATA-AACAAAGTTCAT--------------------------- 356
                        ****     * *     *  ***** * * *                           

consensus_8221#0      TATGTTCATTACACCAAGAACAATAACAATAATC 453
consensus_8221#1      ----------------------------------