cluster # 8240

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Schistosoma mansoni
cluster # 8240 cluster # 8240 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8240#0 length = 753 sequences # 5

consensus_8240#1 length = 256 sequences # 1

consensusID : consensus_8240#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 753
fasta sequence

                              [TGCGGTGCGGCGGTTTACGTTCTTGCCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTATCGCA-CTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCTCATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCCATGGA---AGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGT-GGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGACTTACCACCGAATTGGTTCATGGATTAGATGTATTTATACCTAGACGATCTGTTTATATAAATTCGTGGCGCACTACGCTATTTATTAACACATGCTATTTTTGTCTAATGAACAAGTCAATGAAATACGAAATGAACATTCGATTGATTTGTATA]

[+] EMBL BF936819             [TGCGGTGCGGCGGTTTACGTTCTTGCCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTATCGCA CTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCTCATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCCATGGA   AGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGT GGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGACTTACCACCGAATTGGTTCATGGATTAGATGTATTTATACCTAGACGATCTGTTTATATAAATTCGTGGCGCACTACGCTATTTATTAACA                                                                 ]
[-] EMBL CD113346             [           GGTTTACGTTCTTGTCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTATCGCA CTGTCGAGTTATCAAAAGGCATGCTTCACAAAATGTAATTCAGAACATCATGATCTCATCAAAACTGTATCCAATGAAGTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCTATGGAAGCAGATGCTGTAAAAATTGATCAATCAGTAATACCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BF936048             [                  GTTCTTGCCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTATCGCA CTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCTCATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCCATGGA   AGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTT                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL BF936611             [                             acCGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTATCGCACCTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCTCATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCCATGGA   AGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGTGGGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGACTTACCACCG ATTGGTTCATGGATTAGATGTATTTATACCTAGACGATCTGTTTATAT TATTCGTGGCGCACTACGCTATTTATTAACACATGCTATTTTTGTCTAATGAACAAGTCAATGAAATACGAAATGAACATTCGATTGATTTGTATA]
[+] EMBL CD083721             [                                                                                                                                                ttATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGAGTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCACTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCACCAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGACAACAATGGCCATGGA   AGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGTTTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGT GGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGA                                                                                                                                                            ]




>consensus_8240#0
TGCGGTGCGGCGGTTTACGTTCTTGCCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTAT
CGCACTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCT
CATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGA
GTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCA
CTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCAC
CAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGAC
AACAATGGCCATGGAAGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGT
TTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGG
GGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCC
ACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGACTT
ACCACCGAATTGGTTCATGGATTAGATGTATTTATACCTAGACGATCTGTTTATATAAAT
TCGTGGCGCACTACGCTATTTATTAACACATGCTATTTTTGTCTAATGAACAAGTCAATG
AAATACGAAATGAACATTCGATTGATTTGTATA

consensusID : consensus_8240#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 256
fasta sequence

                              [AGCCATTCAAGGTCACCATATTGACTGTCTCATGCATGTTAGGTTTATAGTTTTTTTCTTCTTTGTATTAATTGGACTTCGTAAAACTCAAAAATTTCATATTATTTGTTTTCAGTTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCAGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAATATGAATATTTAAATTCACTAGACTTACCACCGATTGGT]

[-] EMBL CD134949             [AGCCATTCAAGGTCACCATATTGACTGTCTCATGCATGTTAGGTTTATAGTTTTTTTCTTCTTTGTATTAATTGGACTTCGTAAAACTCAAAAATTTCATATTATTTGTTTTCAGTTCTGTGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCAGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCCACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAATATGAATATTTAAATTCACTAGACTTACCACCGATTGGT]




>consensus_8240#1
AGCCATTCAAGGTCACCATATTGACTGTCTCATGCATGTTAGGTTTATAGTTTTTTTCTT
CTTTGTATTAATTGGACTTCGTAAAACTCAAAAATTTCATATTATTTGTTTTCAGTTCTG
TGGGGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCAGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGC
TCCACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAATATGAATATTTAAATTCACTAGA
CTTACCACCGATTGGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8240#0      TGCGGTGCGGCGGTTTACGTTCTTGCCAGCACGTAGATGTTGTCCTGGTTTTAGTTCTAT 60
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      CGCACTGTCAACTTATCAAAAGGCATGGTTCACAAAATGTAATTCAAAACATCCTAATCT 120
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      CATCAAAACTGTATCCAATGAATTAATACTCAAGCAGGATTTTGTTACGGAGAATCAGGA 180
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      GTCAAGTTTGATAAACGAACTTGATTCTGTACTTTGCAAACGAAAGTACCAAACAAAGCA 240
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      CTGGGATTATGCTATTAAAAATTTCCGTGAATTGGAACGTAAAAGTTGGCATACAACCAC 300
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      CAATCAGCTTGTTGTCGATCGATTGAAAGCAACTACTGTAGGCAGTGGTTTAACAGCGAC 360
consensus_8240#1      -------------------------------------------AGCCATTCAA-GGTCAC 16
                                                                 **   ** **  *  **

consensus_8240#0      AACAATGGCCATGGAAGATGCTGCAAAAATTGATCAATCAGTACTTCCATTAATTCACGT 420
consensus_8240#1      CATATTGACTGTCTCA--TGCATGTTAGGTTTATAGTTTTTTTCTTCTTTGTATTAA--- 71
                       * * ** *  *   *  ***     *  ** **   *   * ****  *  *** *   

consensus_8240#0      TTTGGATTTAGCTGAAAATGGTGAGATAATGGCACATGTGGATAGCGTAAAATTCTGTGG 480
consensus_8240#1      -TTGGACTTCGT--AAAACTCAAAAAT-----TTCATATTATTTGTTTTCAGTTCTGTGG 123
                       ***** ** *   ****     * **       *** *   * *  *  * ********

consensus_8240#0      GGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCTGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCC 540
consensus_8240#1      GGAGTCAATTGCTGTGCTAAGTTTATTATCAGATTCAATTTTACGTTTAGCTGTTGCTCC 183
                      ****************************** *****************************

consensus_8240#0      ACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAGTATGAATATTTAAATTCACTAGACTT 600
consensus_8240#1      ACAAAGTGAAGTAGTGGGCGTTCCTCAAGATCAATATGAATATTTAAATTCACTAGACTT 243
                      ********************************* **************************

consensus_8240#0      ACCACCGAATTGGTTCATGGATTAGATGTATTTATACCTAGACGATCTGTTTATATAAAT 660
consensus_8240#1      ACCACCGA-TTGGT---------------------------------------------- 256
                      ******** *****                                              

consensus_8240#0      TCGTGGCGCACTACGCTATTTATTAACACATGCTATTTTTGTCTAATGAACAAGTCAATG 720
consensus_8240#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8240#0      AAATACGAAATGAACATTCGATTGATTTGTATA 753
consensus_8240#1      ---------------------------------