cluster # 8267

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Schistosoma mansoni
cluster # 8267 cluster # 8267 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8267#0 length = 714 sequences # 4

consensus_8267#1 length = 507 sequences # 1
consensus_8267#2 length = 456 sequences # 1

consensusID : consensus_8267#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 714
fasta sequence

                              [CCCTCCGAGGCCAAAATTCGGCACGAGGCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTTGAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAAGGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGTACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTTTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCTATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACA-TGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGG-AACGTTGTCTAGAAACTTTT-GGTTTGTAAAACAATTTTATTCA-AATGA-TATTG]

[+] EMBL CD080681             [CCCTCCGAGGCCAAAATTCGGCACGAGGCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTTGAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAAGGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGTACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTTTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCTATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACA TGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGG AACGTTGTCTAGAAACTTTT GGTTTGTAAAACAATTTTATTCANNATGA TAT  ]
[+] EMBL CD082741             [   TCCGA GCCAATATTCGGCACGAGGCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTTGAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAAGGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGTACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTTTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCTATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTNTACANTGT AGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGGAAACG TGTCTAGAAACTTTTGGGTTTGT AAACAATTTTATTCA AATGANTATg ]
[-] EMBL CD074605             [                                              TTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTTGAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAAGGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGTACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTTTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCTATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACA TGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGG AACGTTGTCTAGAAACTTGT GGTTTGTAAAACAATTAAATTCA AATGA TAATG]
[-] EMBL CD076332             [                                                                                            CGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTNTGAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAAGGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGTACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTTTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCTATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACA TGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGG AACGTTGTCTAGAAACTTTT GGTTTGTAAAACAATTTTATTCA AATGA TAATG]




>consensus_8267#0
CCCTCCGAGGCCAAAATTCGGCACGAGGCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGT
TTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTT
GAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAA
GGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGT
ACTTTGTCATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGTT
TCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACCT
ATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCTTGATGGTGTAGAAAGTCAACGG
AAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGATTTATCATACAATAAAG
CGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTC
ACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTC
GGTTTATTCATTTTACATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTG
GAACGTTGTCTAGAAACTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGATATTG

consensusID : consensus_8267#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 507
fasta sequence

                              [TTTAAGCGGACTTTACTGATTCGTTATTTCATACTAGGAATTCTAAAATATTTTATTCTGAGTTATGGAAAGAAAACTATCTTCAGGAAACGATACCGTAACAATGTTCACTTATTGTATCGGGGTGTCTTTAAGACTGAAGCGTTTGACTTTCAGCTACAAAGCCCCAGGTTTGAACCCCTCTCCACCTACTTTGATCTGGGCAACTGGGGACTCACACTTAAAGTATGGATCATTATAAAGTGCATTTTGGATTAGTTAGTTTTATCGGAGTGTATTAAAAAGATTTGACTTATAAATAGTTGTTAGGAAAAAAATTCTTATGGAGTGCTCTTTGCCGTATTTATTTATCGCAGCGTTTTTTCGTCTAGTATCAATTGGTATTTAGATGTATTTCATATTTATTGCCTACAAAAGCTAACTGTATTTGGTTTGACCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTATACCTACCTT]

[+] EMBL CD167132             [TTTAAGCGGACTTTACTGATTCGTTATTTCATACTAGGAATTCTAAAATATTTTATTCTGAGTTATGGAAAGAAAACTATCTTCAGGAAACGATACCGTAACAATGTTCACTTATTGTATCGGGGTGTCTTTAAGACTGAAGCGTTTGACTTTCAGCTACAAAGCCCCAGGTTTGAACCCCTCTCCACCTACTTTGATCTGGGCAACTGGGGACTCACACTTAAAGTATGGATCATTATAAAGTGCATTTTGGATTAGTTAGTTTTATCGGAGTGTATTAAAAAGATTTGACTTATAAATAGTTGTTAGGAAAAAAATTCTTATGGAGTGCTCTTTGCCGTATTTATTTATCGCAGCGTTTTTTCGTCTAGTATCAATTGGTATTTAGATGTATTTCATATTTATTGCCTACAAAAGCTAACTGTATTTGGTTTGACCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTATACCTACCTT]




>consensus_8267#1
TTTAAGCGGACTTTACTGATTCGTTATTTCATACTAGGAATTCTAAAATATTTTATTCTG
AGTTATGGAAAGAAAACTATCTTCAGGAAACGATACCGTAACAATGTTCACTTATTGTAT
CGGGGTGTCTTTAAGACTGAAGCGTTTGACTTTCAGCTACAAAGCCCCAGGTTTGAACCC
CTCTCCACCTACTTTGATCTGGGCAACTGGGGACTCACACTTAAAGTATGGATCATTATA
AAGTGCATTTTGGATTAGTTAGTTTTATCGGAGTGTATTAAAAAGATTTGACTTATAAAT
AGTTGTTAGGAAAAAAATTCTTATGGAGTGCTCTTTGCCGTATTTATTTATCGCAGCGTT
TTTTCGTCTAGTATCAATTGGTATTTAGATGTATTTCATATTTATTGCCTACAAAAGCTA
ACTGTATTTGGTTTGACCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGTTTTAAAAAAGC
TTAAATTTTAACTCCTATACCTACCTT

consensusID : consensus_8267#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 456
fasta sequence

                              [TGAAACACCTATCCAATATGTGCATTCATCCTATCTTGTAAATGTACGTTTCTCCTGTTGGGGTGTAGTTAATTTAATGTATGGTCTTATAACATTCAATCTAGTTGTCACACTGGTTCATTAATCCTCTTTGACTATCACAACAGATAATCATTACTCTATAGACATAATGTCCTTACTCTCTATATCACTACAATTATTTTGAAGTGTCATCACCTATTTTATAACCTATATTACATTTATCATTATTTTACTCTAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGGAACGTTGTCTAGAAACTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGATAA]

[-] EMBL AI975758             [TGAAACACCTATCCAATATGTGCATTCATCCTATCTTGTAAATGTACGTTTCTCCTGTTGGGGTGTAGTTAATTTAATGTATGGTCTTATAACATTCAATCTAGTTGTCACACTGGTTCATTAATCCTCTTTGACTATCACAACAGATAATCATTACTCTATAGACATAATGTCCTTACTCTCTATATCACTACAATTATTTTGAAGTGTCATCACCTATTTTATAACCTATATTACATTTATCATTATTTTACTCTAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGGAACGTTGTCTAGAAACTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGATAA]




>consensus_8267#2
TGAAACACCTATCCAATATGTGCATTCATCCTATCTTGTAAATGTACGTTTCTCCTGTTG
GGGTGTAGTTAATTTAATGTATGGTCTTATAACATTCAATCTAGTTGTCACACTGGTTCA
TTAATCCTCTTTGACTATCACAACAGATAATCATTACTCTATAGACATAATGTCCTTACT
CTCTATATCACTACAATTATTTTGAAGTGTCATCACCTATTTTATAACCTATATTACATT
TATCATTATTTTACTCTAGTCTTTATTGTACTTCAATGCCGTTCACTGATGCAATGGAAC
TTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCCATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTAC
ATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCTAAATTCATTGGAACGTTGTCTAGAAA
CTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGATAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8267#0      CCCTCCGAGGCCAAAATTCGGCACGAGGCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAATAAGT 60
consensus_8267#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8267#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8267#0      TTTAAAAAAGCTTAAATTTTAACTCCTACTAACGTGTCTGTGTGTTGTTAAAATGTGTTT 120
consensus_8267#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8267#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8267#0      GAGATGCTTGTGGTGACTTATCTCATTCCATGGTTTTCAGATAATCTTTTGTATCCAAAA 180
consensus_8267#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8267#1      -----------------------------------------------------------T 1
                                                                                  

consensus_8267#0      GGACCAGGATTAGGTGCAGCTCAGATTTTAAACAGTATAAAATCAACTATACATTTTGGT 240
consensus_8267#2      ----------------------------------------------TGAAACACCTATCC 14
consensus_8267#1      TTAAGCGGACTTTACTGATTCGTTATTTCATACTAGGAATTCTAAAATATTTTATTCTGA 61
                                                                      *      *    

consensus_8267#0      ACTTTGT-CATCGATCGATTTATGGGAATCGAATGCCTATTTACTGTTCATGCCATTAGT 299
consensus_8267#2      AATATGTGCATTCATCCTATCTTGTAAAT---GTACGTTTCTCCTGTTGGGGT--GTAGT 69
consensus_8267#1      GTTATGGAAAGAAAACTATCTTCAGGAAACG-ATACCGTAACAATGTTCACTT--ATTGT 118
                        * **   *   * *          **     * *        ****        * **

consensus_8267#0      TTCTGATAGTCGTCCAGAATTCCGTGAAAACGTACTTCGAGATTGTATGCTACATTTACC 359
consensus_8267#2      T----AATTTAATGTATGGTCTTATAACATTCAATCT--AGTTGTCACACTG-GTTCATT 122
consensus_8267#1      ATCGGGGTGTCTTTAAGA---CTGAAGCGTTTGACTTTCAGCTACAAAGCCCCAGGTTTG 175
                               *  *  *                 *  *  ** *   *  *          

consensus_8267#0      TATCCCTTTAAAAATGCCATCTACAGTGACAGTTGGTCT-TGATGGTGTAGAAAGTCAAC 418
consensus_8267#2      AATCCTCTTTGA--------CTATCACAACAGATAATCA-TTACTCTATAGA-------C 166
consensus_8267#1      AACCCCTCTCCACCTACT-TTGATCTGGGCAACTGGGGACTCACACTTAAAGTATGGATC 234
                       * **   *  *          *      **  *      * *   *  *         *

consensus_8267#0      GGAAGACTGACGAACTTTTGGAAAGACTGGATAATGAGACTGAGAT-TTATCA--TACAA 475
consensus_8267#2      ATAATGTC--CTTACTCTCTATATCACT--ACAATTATTTTGAAGTGTCATCACCTATTT 222
consensus_8267#1      ATTATAAAG-TGCATTTTGGATTAGTTAGTTTTATCGGAGTGTATTAAAAAGATTTGACT 293
                         *         * * *               **     **   *   *  *  *    

consensus_8267#0      TAAAGCGTCCTTTCAAGCCATTATTGTATACGGACTCAAGTCTTTATTGTACTT---CAA 532
consensus_8267#2      TATAACCTATATTACATTTATCATTATTTT---ACTCTAGTCTTTATTGTACTT---CAA 276
consensus_8267#1      TATAAATAGTTGTTAGGAAAAAAATTCTTATGGAGT--GCTCTTTGCCGTATTTATTTAT 351
                      ** *        *      *  * *   *    * *    *****   *** **    * 

consensus_8267#0      TGC--CGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCC 590
consensus_8267#2      TGC--CGTTCACTGATGCAATGGAACTTGGTAGCCCAGGTGATGGACTTATTATACGCCC 334
consensus_8267#1      CGCAGCGTTTTTTCGTCTAGTATCAATTGGTA-TTTAGATGTATTTCATATTTATTGCCT 410
                       **  ****   *  *  * *   * ******    ** **     * ****    *** 

consensus_8267#0      ATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCT 650
consensus_8267#2      ATCTAAACTCGGTTTATTCATTTTACATGTAAGTGGAAATTATCCTCCAACGTATAGTCT 394
consensus_8267#1      ACAAAAGCTAACTGTATTTGGTTTG-----ACCCAGTTTTCTGTTTCTAATTTAATGAAT 465
                      *   ** **   * ****   ***      *    *   *     ** **  **  *  *

consensus_8267#0      AAATTCATTGGAACGTTGTCTAGAAACTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGAT 710
consensus_8267#2      AAATTCATTGGAACGTTGTCTAGAAACTTTTGGTTTGTAAAACAATTTTATTCAAATGAT 454
consensus_8267#1      AAGTT--TTAAAAAA--GCTTAAA---TTTTAACTCCTATACCTACCTT----------- 507
                      ** **  **  **    *  ** *   ****   *  ** * * *  **           

consensus_8267#0      ATTG 714
consensus_8267#2      AA-- 456
consensus_8267#1      ----