cluster # 8300

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Schistosoma mansoni
cluster # 8300 cluster # 8300 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8300#0 length = 673 sequences # 5

consensus_8300#1 length = 455 sequences # 1

consensusID : consensus_8300#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 673
fasta sequence

                              [GTGATACTGGTAATAT-CTGAATTTAAATCAACTAATAAACCAGTAATTTGATTTAAAATACGATCAGCTTGTAACATACGTAGACGTAGTGGTAATTGAATAGATGTATTAGTTAAAAAATCTTCAATAATTGTTATTAATGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTCATCACGACGCCATAATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAG-ATATATTAGATATACATAATAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTTAATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGTGGTTTAGTATATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGATGGTTGATTAAGTATTTTACGTAGAAGATCAAGCC-GGGGGGGGGGGTTAATCCANAATCCT-------ACTACCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTAGCAAACATT]

[+] EMBL CD202418             [GTGCTACTGATAATATGCAGAATTTATATCTACTAATACACCAGTATTGTGATTTAAAATACGATCATCTTGTAACATACGTAGACGTAGTGGTAATTGAATAGATGTATTAGTTAAAAAATCTTCAATAATTGTTATTAACGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTTATCACGACGCCATAATGAATCTTTGGAATGAATTAATTCATTATATGCTTCAG ATATATTAGATATACTTAATAAATGTGATTCACGTAAAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTTAATTCAATTAA                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD153201             [   ATACTGGTAATAT CTGAATTTAAATCAACTAATAAACCAGTAATTTGATTTAAAATACGATCAGCTTGTAACATACGTTGACGTAATGGTAATTGAATAGATGTATTAGTTAAAAAATCTTCAATAATTGTTATTAATGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTCATCACGACGCCATAATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAG ATATATTAGATATACATAATAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTTAATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGNGGTTTAGTATATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGATGGTTGATTAAGT                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD153403             [   ATACTGGTAATAT CTGAATTTAAATCAACTAATAAACCAGTAATTTGATTTAAAATACAATCAGCTTGAAACATACGTGGCCGTAGTGGTATTTGAATAAATTTATTAGTTAAAAGCTCTTCAATAATTGTTATTAATGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTCATCACGACGCCATAATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAG ATATATTAGATATACATAATAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCANAACGTGATAAACAATCTTGTAATGGTAATTCAATT                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD134417             [                                                                                                                                                                                     AATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAGAATATATTAGATATACATAATAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGGTTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTTAATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGTGGTTTAGTATATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGATGGTTGATTAAGTATTTTACGTAGAAGATCAAGCC GGGGGGGGGGGTTAATCCANAATCCT       ACTACCCCATAATAAA                                                   ]
[-] EMBL CD153425             [                                                                                                                                                                                                    TGAATTAATTCATTATATGCATCAG ATATATTAGATATACATAATAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTTAATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGTGGTTTAGTATATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGATGGTTGATTAAGTATTTTACGTAGAAGATCACGCCAAATTGCTTTGATTAATGCAGAATCCTGTGAACCACTAGCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTAGCAAACATT]




>consensus_8300#0
GTGATACTGGTAATATCTGAATTTAAATCAACTAATAAACCAGTAATTTGATTTAAAATA
CGATCAGCTTGTAACATACGTAGACGTAGTGGTAATTGAATAGATGTATTAGTTAAAAAA
TCTTCAATAATTGTTATTAATGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTCATCACGACGCCAT
AATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAGATATATTAGATATACATAAT
AAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGCA
TAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATGA
TTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGTT
AATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGTGGTTTAGTA
TATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATCA
ATGGATGGTTGATTAAGTATTTTACGTAGAAGATCAAGCCGGGGGGGGGGGTTAATCCAN
AATCCTACTACCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATA
ATTAGCAAACATT

consensusID : consensus_8300#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 455
fasta sequence

                              [TGGTGTTCCAAAACAGATCTCCCACACGGTGACAAACCTGTATGTGATCCACTAATGTATGTTGATGAACGATTGTTGTTTAATAACTGTGGGTAGTATATGGGTGAACACTGTAAGTGAGCGCTCAATGACTCTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGGTGGGTGAGTAAGTATTTTACGTAGAAGATCACGCCCAAATTGCTTTGATTAATGCAGAATCCTGTGAACCACTAGCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTAGCAAACATTTCAGTGACACTTAATAATGGTCCATGAGTTAACTGTCCTAACGCTTCGTCAATATCATCATTTATAGTTGCTGATAGAAGTGAGATATGACTACTGCCACGTGTTATTGATGAGGGTGATGATGATGGCGGGGATCCTGGTGTCTGTTTGTCTTGATG]

[-] EMBL AW062232             [TGGTGTTCCAAAACAGATCTCCCACACGGTGACAAACCTGTATGTGATCCACTAATGTATGTTGATGAACGATTGTTGTTTAATAACTGTGGGTAGTATATGGGTGAACACTGTAAGTGAGCGCTCAATGACTCTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGGTGGGTGAGTAAGTATTTTACGTAGAAGATCACGCCCAAATTGCTTTGATTAATGCAGAATCCTGTGAACCACTAGCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTAGCAAACATTTCAGTGACACTTAATAATGGTCCATGAGTTAACTGTCCTAACGCTTCGTCAATATCATCATTTATAGTTGCTGATAGAAGTGAGATATGACTACTGCCACGTGTTATTGATGAGGGTGATGATGATGGCGGGGATCCTGGTGTCTGTTTGTCTTGATG]




>consensus_8300#1
TGGTGTTCCAAAACAGATCTCCCACACGGTGACAAACCTGTATGTGATCCACTAATGTAT
GTTGATGAACGATTGTTGTTTAATAACTGTGGGTAGTATATGGGTGAACACTGTAAGTGA
GCGCTCAATGACTCTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGGTGGGTGAGTAAGTATTTTAC
GTAGAAGATCACGCCCAAATTGCTTTGATTAATGCAGAATCCTGTGAACCACTAGCCCAT
AATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTAGCAAACATTTCA
GTGACACTTAATAATGGTCCATGAGTTAACTGTCCTAACGCTTCGTCAATATCATCATTT
ATAGTTGCTGATAGAAGTGAGATATGACTACTGCCACGTGTTATTGATGAGGGTGATGAT
GATGGCGGGGATCCTGGTGTCTGTTTGTCTTGATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8300#0      GTGATACTGGTAATATCTGAATTTAAATCAACTAATAAACCAGTAATTTGATTTAAAATA 60
consensus_8300#1      ----------------------------------------TGGTGTTCCAAAACAGATCT 20
                                                                **  *   *   * *   

consensus_8300#0      CGATCAGCTTGTAACATACGTAGACGTAGTGGTAATTGAATAGATGT-ATTAGTTAAAAA 119
consensus_8300#1      C--CCACACGGTGACAAACCTGTATGTGAT--CCACT-AATGTATGTTGATGAACGATTG 75
                      *   **    ** *** ** *  * **  *    * * ***  ****   *     *   

consensus_8300#0      ATCTTCAATAATTGTTATTAATGCAATAAATAAACGTTCTTGTAATTCATCACGACGCCA 179
consensus_8300#1      TTGTTTAATAACTGTGGGTAGTATA-TGGGTGAACACT---GTAAGTGAGCGCTCAATGA 131
                       * ** ***** ***   ** *  * *   * ***  *   **** * * * *      *

consensus_8300#0      TAATGAATCTTTTGAATGAATTAATTCATTATATGCATCAGATATATTAGATATACATAA 239
consensus_8300#1      CTCTGAGTAGTAGTAGTAGTATCAATGGGTGGGTGAGTAAG-TATTTTACGTAGA-AGAT 189
                         *** *  *   * *    * * *   *   **  * ** *** ***  ** * * * 

consensus_8300#0      TAAATGTGAATCACGTAGAATAGTTGGTACCCATGTAGGATTTAATGAATGTTGAATAGC 299
consensus_8300#1      CACGCCCAAATTGCTTTGATTA----------ATGCAGAATCCTGTGAAC---------- 229
                       *      ***  * * ** **          *** ** **    ****           

consensus_8300#0      ATAATATTCCAAAGTGGAAATGATATCAGTTAAAGGGAAATAAATAGAACATCTTAAATG 359
consensus_8300#1      -CACTAGCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCATAATTA 288
                        * **  *** * *  ***  ** *   ** * *  **  **** ** ** * *** * 

consensus_8300#0      ATTTGTACTTGGATTATCCAAAAAACGACTACCAAAACGTGATAAACAATCTTGTAATGT 419
consensus_8300#1      GCAAACATTTCAGTGA--CACTTAATAATGGTCCATGAGTTAACTGTCCTAACGCTTCGT 346
                            * **   * *  **   **  *    * *   ** *       *   *    **

consensus_8300#0      TAATTCAATTAATTGTAATGTAGATGAACGATTTGTTGTTTTAATATCTTGTGGTTTAGT 479
consensus_8300#1      CAATATCATCATTTATA--GTTGCTGATAGAAGTGAGATATGACTACTGCCACGTGTTAT 404
                       ***   ** * ** **  ** * ***  **  **   * * * **       ** *  *

consensus_8300#0      ATATGGAGTAAACATTGAAGGTGAACGCTTCAATGGACTTTGAGTAGTAGTAGTAGTATC 539
consensus_8300#1      TGATGAGGGTGATGATGATGGCGGGGATCCTGGTGT-CTGTTTGTCTTGATG-------- 455
                        ***  *   *   *** ** *          **  ** *  **  *  *         

consensus_8300#0      AATGGATGGTTGATTAAGTATTTTACGTAGAAGATCAAGCCGGGGGGGGGGGTTAATCCA 599
consensus_8300#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8300#0      NAATCCTACTACCCCATAATAAAAACAATTTTGATTCATGTAAACCAAATCGATCAGCAT 659
consensus_8300#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8300#0      AATTAGCAAACATT 673
consensus_8300#1      --------------