cluster # 8308

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Schistosoma mansoni
cluster # 8308 cluster # 8308 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8308#0 length = 638 sequences # 1

consensus_8308#1 length = 499 sequences # 2
consensus_8308#2 length = 279 sequences # 3

consensusID : consensus_8308#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 638
fasta sequence

                              [GAGGAGCTTTCAAGCTTCATAAGCCTTCTCTCCTCGAGGTGTCATCTGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTCTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCGGTTATTGAATTGAATGTATCTGGGCGTATTCGTGATGGAAAATTCGATGCTATGATTCGTGAAGCATTACATGTAAAATATGGTCATTTAAATAATGCTGTTGGTTTGGGTGGTGTTATAGTTCAAGAACAAGGCANATCATTATATCATGTACTT]

[+] EMBL CD082774             [GAGGAGCTTTCAAGCTTCATAAGCCTTCTCTCCTCGAGGTGTCATCTGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTCTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCGGTTATTGAATTGAATGTATCTGGGCGTATTCGTGATGGAAAATTCGATGCTATGATTCGTGAAGCATTACATGTAAAATATGGTCATTTAAATAATGCTGTTGGTTTGGGTGGTGTTATAGTTCAAGAACAAGGCANATCATTATATCATGTACTT]




>consensus_8308#0
GAGGAGCTTTCAAGCTTCATAAGCCTTCTCTCCTCGAGGTGTCATCTGCGATTGAAGGTC
ATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAA
GTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTG
GGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATG
TATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCT
TTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTCTGAAAATGGTGTTGTAA
AAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAG
CTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGAC
CGGTTATTGAATTGAATGTATCTGGGCGTATTCGTGATGGAAAATTCGATGCTATGATTC
GTGAAGCATTACATGTAAAATATGGTCATTTAAATAATGCTGTTGGTTTGGGTGGTGTTA
TAGTTCAAGAACAAGGCANATCATTATATCATGTACTT

consensusID : consensus_8308#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 499
fasta sequence

                              [GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAAATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTNTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCCCTTATTGAA]

[+] EMBL CD181044             [GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAAATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTNTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCCCTTATTGAA]
[+] EMBL CD181094             [GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAAATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTCTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCGGTTATTGAA]




>consensus_8308#1
GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTG
TTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGG
CCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTG
GTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGG
ATAAAATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTAGCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGG
ACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCTGAGATGGTCATAAATATTTCGTNTGAAAATGG
TGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGATCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACT
AACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCTTTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAA
ACCTGGACCCCTTATTGAA

consensusID : consensus_8308#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 279
fasta sequence

                              [GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTG]

[+] EMBL CD092852             [GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCT ]
[-] EMBL CD162701             [                                   CGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCCTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTG]
[-] EMBL CD162702             [                                   CGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGGATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTG]




>consensus_8308#2
GGTAGTATCTAAATATCTAAGGCTATGTTCCTCAGCGATTGAAGGTCATTTAAAGAATTG
TTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAAGTTCACCATATGG
CCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCTGAAGGATTGAGTG
GTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCTGTCCCAAAAAAGG
ATAAACATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8308#1      -GGTAGTATCTAAATATC-TAAGGCTATGTTCCTCA-----------GCGATTGAAGGTC 47
consensus_8308#2      -GGTAGTATCTAAATATC-TAAGGCTATGTTCCTCA-----------GCGATTGAAGGTC 47
consensus_8308#0      GAGGAGCTTTCAAGCTTCATAAGCCTTCTCTCCTCGAGGTGTCATCTGCGATTGAAGGTC 60
                        * **  *  **   ** **** **    *****            *************

consensus_8308#1      ATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAA 107
consensus_8308#2      ATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAA 107
consensus_8308#0      ATTTAAAGAATTGTTTCAAAACTGTCAAGTGCTCGATTACTGATTGTCCTGATTTGACAA 120
                      ************************************************************

consensus_8308#1      GTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCT 167
consensus_8308#2      GTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGGTGTCTAAGTTTTCGAATTATTCCCATAATTCT 167
consensus_8308#0      GTTCACCATATGGCCTTACCTTAAGAGG-------------------------------- 148
                      ****************************                                

consensus_8308#1      GAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCT 227
consensus_8308#2      GAAGGATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCT 227
consensus_8308#0      -----ATTGAGTGGTGAAGGAGTAATTTGTGATGTTGGGAGCTTTGATTACCTTTTGCCT 203
                           *******************************************************

consensus_8308#1      GTCCCAAAAAAGGATAAAATGTATTTCGAAGCGCTGGG-GTAGCTGCTGGTGCTG----- 281
consensus_8308#2      GTCCCAAAAAAGGATAAA---CATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTG----- 279
consensus_8308#0      GTCCCAAAAAAGGATAAA---CATTATGACCTTTTAGATGTATTTCGAAGCGCTGGGGTA 260
                      ******************    ***  **     * *  ***  *    * ****     

consensus_8308#1      -------------TAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCT 328
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      GCTGCTGGTGCTGTAATTGGGGCTGGTGCTGGACCATTCTTTCTCACTGGATCGAACTCT 320
                                                                                  

consensus_8308#1      GAGATGGTCATAAATATTTCGTNTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGA 388
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      GAGATGGTCATAAATATTTCGTCTGAAAATGGTGTTGTAAAAAATGGTTCTTTATTTGGA 380
                                                                                  

consensus_8308#1      TCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCT 448
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      TCATACGATAAAGAAAATAATAAACCTTTACTAACAAAAGCTGATAATACCAAATTTGCT 440
                                                                                  

consensus_8308#1      TTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCCCTTATTGAA--------- 499
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      TTGTTAGGTCAAATGTTCATGTGTGAAGGTAAACCTGGACCGGTTATTGAATTGAATGTA 500
                                                                                  

consensus_8308#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      TCTGGGCGTATTCGTGATGGAAAATTCGATGCTATGATTCGTGAAGCATTACATGTAAAA 560
                                                                                  

consensus_8308#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8308#0      TATGGTCATTTAAATAATGCTGTTGGTTTGGGTGGTGTTATAGTTCAAGAACAAGGCANA 620
                                                                                  

consensus_8308#1      ------------------
consensus_8308#2      ------------------
consensus_8308#0      TCATTATATCATGTACTT 638