cluster # 8326

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Schistosoma mansoni
cluster # 8326 cluster # 8326 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8326#0 length = 531 sequences # 4

consensus_8326#1 length = 274 sequences # 2

consensusID : consensus_8326#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 531
fasta sequence

                              [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC]

[+] EMBL CD164845             [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAGTGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATCACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC]
[+] EMBL CD164813             [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTAGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC]
[+] EMBL CD164826             [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTACTTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATCAACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC]
[+] EMBL CD145555             [                                                                                                               TTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTGATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGTAGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTCCATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGAT                                                                                                                    ]




>consensus_8326#0
CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG
TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT
GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA
TGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTG
ATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGT
AGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTC
CATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTAC
TTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATC
AACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC

consensusID : consensus_8326#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 274
fasta sequence

                              [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACCG]

[+] EMBL CD164758             [CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACC ]
[-] EMBL CD164873             [ AAAGTGACCATTGGCGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACTGAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAATGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACCAACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACCG]




>consensus_8326#1
CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG
TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT
GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA
TGTTTGTTGTTGTTGTTGGTCGGATAATAATAAACTTGTGAAATTCGAAGCAGGACAACC
AACAGGAAGTAGATGATATGAGGTTCCTGCACCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8326#0      CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG 60
consensus_8326#1      CAAAGTGACCATTGGTGTAGTAGACATAAAATGACCACCAGCACTAACAATCATTTGATG 60
                      ************************************************************

consensus_8326#0      TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT 120
consensus_8326#1      TTGTGGTTGTGGTTGTTGTAAAATTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAACAGATTGTTGACT 120
                      ************************************************************

consensus_8326#0      GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA 180
consensus_8326#1      GAACTGTTGTTGGAATTGTTGTTGTTGCTGCTGGTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGAAGAAA 180
                      ************************************************************

consensus_8326#0      TGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTAGTACTTGTTGCTGTAAGACTTGTTGTTG 240
consensus_8326#1      TGTTTGTTGTTGTTGTTGGT-CGGATAATAATAAACTTGT------GAAATTCGAAGCAG 233
                      ****************** * * * *  *     ******       * * * *  *  *

consensus_8326#0      ATGTTGTAATTGTAAATCCGTTGTACAATTTGTAAATGTTATACCAGTTGTATTATTTGT 300
consensus_8326#1      GACAACCAACAGGAAGT-----AGATGATATGAGGTTCCTGCACCG-------------- 274
                             **  * ** *       *  ** **    *  *  ***               

consensus_8326#0      AGTAATACCAGTTACATTCATAATTTGTTGTATGGAGGTAGTTTGTTGTAATGATTGTTC 360
consensus_8326#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8326#0      CATTGAATTATTAATATTATTGGATGATTTTTTACGTTTAGGTTTTGCTTTAGATTTTAC 420
consensus_8326#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8326#0      TTTACCATCAGCGGATACACCATTTGAAGCTTGAGAAACTGTTGTAACATTACCACTATC 480
consensus_8326#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8326#0      AACTTGACTTGAAACAATTCCATTCACTAAAGTTCCATCACCAGAATTTAC 531
consensus_8326#1      ---------------------------------------------------