cluster # 8388

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Schistosoma mansoni
cluster # 8388 cluster # 8388 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8388#0 length = 1060 sequences # 3

consensus_8388#1 length = 1011 sequences # 3

consensusID : consensus_8388#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1060
fasta sequence

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[+] EMBL CD079323             [GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTAAAGTCTTCACTTATAAAAATGAGTGTTCCTCCTATTCGGTTTAAGTGCACAATGAGCAATACGATTCTTGATGTCCTGAGAAACCGAGGGTGGATTGAGGTTCTCAGGGAAGAAGAATGCGATTTCTTTTGGTGTGATCCCATGACGATGAAGGAATTATTCGATCATGGATTAATGGGTAATATAATAAAGATTTGTCACTTTCGGAATCACTTTGAGCTTACACGTAAAAATTTGATGGTCAAAAATTTGAAACGTCTAAAGCGTAAATGGGAGAAGGAATACAGTAAACAAGAAGGGCAAATATTGGACTTTTTTCCAACAACTTTTGAACTTCCAATGGAATACCATATGTTTATTGAAGAATTTCGTAGATGTCCTGGTTCTATATGGATAATGAAACCTGTTGCTAAATCACAAGGCAAAGGAATATTTCTTTTTCGTAAATTAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACTGTTGGCGATACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGNTACATCTTTCAATCCACTAAAAGTTTGNGTTTACAGAGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD079322             [GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTAAAGTCTTCACTTATAAAAATGAGTGTTCCTCCTATTCGGTTTAAGTGCACAATGAGCAATACGATTCTTGATGTCCTGAGAAACCGAGGGTGGATTGAGGTTCTCAGGGAAGAAGAATGCGATTTCTTTTGGTGTGATCCCATGACGATGAAGGAATTATTCGATCATGGATTAATGGGTAATATAATAAAGATTTGTCACTTTCGGAATCACTTTGAGCTTACACGTAAAAATTTGATGGTCAAAAATTTGAAACGTCTAAAGCGTAAATGGGAGAAGGAATACAGTAAACAAGAAGGGCAAATATTGGACTTTTTTCCAACAACTTTTGAACTTCCAATGGAATACCATATGTTTATTGAAGAATTTCGTAGATGTCCTGGTTCTATATGGATAATGAAACCTGTTGCTAAATCACAAGGCAAAGGAATATTTCTTTTTCGTAAATTAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACTGTTGGCGATACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGTTTGCGTTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD082982             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gCTTTTTCGTAAATTAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACTGTTGGCGATACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGTTTGGGTTTACAGAGATGGATTTGCCCGCTTTTCTAACACGAGATTTTCGCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACATTTGACAAATATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATTATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAGTGAGCGTTTTATAGTCATGTAAAGTAACTTCAAAGACTAAATCCACGTCATAGTATTATGATTTATAAAACCTGGAAGCATTGGACGGCCGTTTCGTTGTGGTATGGGACTCTTTCGTAGTGCCCATCCACGATCCGTGGATTGGTCAAAGTTAAACATTAACGCCGTTAGATCCCCGCTTAGTGGTTTAGAGGTTAAGGGT]




>consensus_8388#0
GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTAAAGTCTTCACTTATAAAAATGAGTGTTCCTCCTA
TTCGGTTTAAGTGCACAATGAGCAATACGATTCTTGATGTCCTGAGAAACCGAGGGTGGA
TTGAGGTTCTCAGGGAAGAAGAATGCGATTTCTTTTGGTGTGATCCCATGACGATGAAGG
AATTATTCGATCATGGATTAATGGGTAATATAATAAAGATTTGTCACTTTCGGAATCACT
TTGAGCTTACACGTAAAAATTTGATGGTCAAAAATTTGAAACGTCTAAAGCGTAAATGGG
AGAAGGAATACAGTAAACAAGAAGGGCAAATATTGGACTTTTTTCCAACAACTTTTGAAC
TTCCAATGGAATACCATATGTTTATTGAAGAATTTCGTAGATGTCCTGGTTCTATATGGA
TAATGAAACCTGTTGCTAAATCACAAGGCAAAGGAATATTTCTTTTTCGTAAATTAAAGG
ATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACTGTTGGCGATACTC
CGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTAT
TGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAA
AAGTTTGNGTTTACAGAGATGGATTTGCCCGCTTTTCTAACACGAGATTTTCGCTAGATT
CTATTGATGACCAATATATACATTTGACAAATATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATT
ATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTA
AATATGGATATCAAAAAGTGAGCGTTTTATAGTCATGTAAAGTAACTTCAAAGACTAAAT
CCACGTCATAGTATTATGATTTATAAAACCTGGAAGCATTGGACGGCCGTTTCGTTGTGG
TATGGGACTCTTTCGTAGTGCCCATCCACGATCCGTGGATTGGTCAAAGTTAAACATTAA
CGCCGTTAGATCCCCGCTTAGTGGTTTAGAGGTTAAGGGT

consensusID : consensus_8388#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1011
fasta sequence

                              [AGGAACTTTTCTTTTTCGTAAATTGAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACGTGTTGGCGATCACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGCTTGGGTTTACAGAGATGGATTGGCCCGCTTTTCTAACACGAGATTCTCGCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACATTTGACAAATATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATTATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAGTTGCTGAATTATTTCATCAAGTCGATGTGATATTTATTGGTAGTTTATTAAGTGTACAAAAGATTATTATCAATGATAAACGTTGTTTTGAATTATATGGATATGATATATTAATTGATAATAATTTAAAACCATGGTTATTAGAAATTAATGCTAGTCCTTCATTGACAGCTTCTTCTAAAGAAGATTATATATTAAAAACTAATCTTTTGGATGATATGCTAGACGTTGTAGACTTGGAGGGTCGTTTGACAGGTTTTGAGAAACGTGTTGGCGATTTTGATCTAATCTGGGATGATGGTCCTATTCCTCCTACGTCTGATACTACAGAAGGTTGGTTGATCGATGCATTGAACATCATAAACCTGTCTAATTCAGAAAGATCATCGGAGTCATTACATGTGTTCGGACCTAATGGACTACCTAGACTTAATTCATTTCTTGGATGTACTTCAACTCAAACAGCCAGATATAAGTTGAACTCTAAATGTTAGTTTCTGAACAATAATACAAAGGTACTAGGAAGTAATATAGATATTTACCATTTATTACATTGTTTCACTGTATAAAACTTTTATTTGATATCAGAAATAAATAAACT]

[+] EMBL CD068469             [AGGAACTTTTCTTTTTCGTAAATTGAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACGTGTTGGCGATCACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGCTTGGGTTTACAGAGATGGATTGGCCCGCTTTTCTAACACGAGATTCTCGCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACATTTGACAAATATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATTATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAGTTGCTGAATTATTTCATCAAGTCGATGTGATATTCAACGGATGGTTAATAATTGgattct                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD073599             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAGTTGCTGAATTATTTCATCAAGTCGATGTGATATTTATTGGTAGTTTATTAAGTGTACAAAAGATTATTATCAATGATAAACGTTGTTTTGAATTATATGGATATGATATATTAATTGATAATAATTTAAAACCATGGTTATTAGAAATTAATGCTAGTCCTTCATTGACAGCTTCTTCTAAAGAAGATTATATATTAAAAACTAATCTTTTGGATGATATGCTAGACGTTGTAGACTTGGAGGGTCGTTTGACAGGTTTTGAGAAACGTGTTGGCGATTTTGATCTAATCTGGGATGATGGTCCTATTCCTCCTACGTCTGATACTACAGAAGGTTGGTTGATCGATGCATTGAACATCATAAACCTGTCTAATTCAGAAAGATCATCGGAGTCATTACATGTGTTCGGACCTAATGGACTACCTAGACTTAATTCATTTCTTGGATGTACTTCAACTCAAACAGCCAGATATAAGTTGAACTCTAAATGTTAGTTTCTGAACAATAATACAAAGGTACTAGGAAGTAATATAGATATTTACCATTTATTACATTGTTTCACTGTATAAAACTTTTATTTGATATCAGAAATAAATAAACT]
[-] EMBL CD076565             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cccgGTTGCTGAATTATTTCATCAAGTCGATGTGATATTTATTGGTAGTTTATTAAGTGTACAAAAGATTATTATCAATGATAAACGTTGTTTTGAATTATATGGATATGATATATTAATTGATAATAATTTAAAACCATGGTTATTAGAAATTAATGCTAGTCCTTCATTGACAGCTTCTTCTAAAGAAGATTATATATTAAAAACTAATCTTTTGGATGATATGCTAGACGTTGTAGACTTGGAGGGTCGTTTGACAGGTTTTGAGAAACGTGTTGGCGATTTTGATCTAATCTGGGATGATGGTCCTATTCCTCCTACGTCTGATACTACAGAAGGTTGGTTGATCGATGCATTGAACATCATAAACCTGTCTAATTCAGAAAGATCATCGGAGTCATTACATGTGTTCGGACCTAATGGACTACCTAGACTTAATTCATTTCTTGGATGTACTTCAACTCAAACAGCCAGATATAAGTTGAACTCTAAATGTTAGTTTCTGAACAATAATACAAAGGTACTAGGAAGTAATATAGATATTTACCATTTATTACATTGTTTCACTGTATAAAACTTTTATTTGATATCAGAAATAAATAAACT]




>consensus_8388#1
AGGAACTTTTCTTTTTCGTAAATTGAAAGGATATTGAAGCATGGAAGCGTACTGGAATGA
AATGTGAACAACAAACGTGTTGGCGATCACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATACGT
TGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGTGT
ATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGCTTGGGTTTACAGAGATGGATTGGC
CCGCTTTTCTAACACGAGATTCTCGCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACATTTGAC
AAATATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATTATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTC
TATTGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAGTTGCTGAATT
ATTTCATCAAGTCGATGTGATATTTATTGGTAGTTTATTAAGTGTACAAAAGATTATTAT
CAATGATAAACGTTGTTTTGAATTATATGGATATGATATATTAATTGATAATAATTTAAA
ACCATGGTTATTAGAAATTAATGCTAGTCCTTCATTGACAGCTTCTTCTAAAGAAGATTA
TATATTAAAAACTAATCTTTTGGATGATATGCTAGACGTTGTAGACTTGGAGGGTCGTTT
GACAGGTTTTGAGAAACGTGTTGGCGATTTTGATCTAATCTGGGATGATGGTCCTATTCC
TCCTACGTCTGATACTACAGAAGGTTGGTTGATCGATGCATTGAACATCATAAACCTGTC
TAATTCAGAAAGATCATCGGAGTCATTACATGTGTTCGGACCTAATGGACTACCTAGACT
TAATTCATTTCTTGGATGTACTTCAACTCAAACAGCCAGATATAAGTTGAACTCTAAATG
TTAGTTTCTGAACAATAATACAAAGGTACTAGGAAGTAATATAGATATTTACCATTTATT
ACATTGTTTCACTGTATAAAACTTTTATTTGATATCAGAAATAAATAAACT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8388#0      GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTAAAGTCT--TCACTTATAAAAATGAGTGTTCCTCC 58
consensus_8388#1      ----------------AGGAACTTTTCTTTTTCGTAAATTGAAAGGATATTGAAGCATGG 44
                                      * **  * *    * *  * * **  **  **       * *  

consensus_8388#0      TATTCGGTTTAAGTGCACAATGAGCAATACGATTCTTGATG-TCCTGAGAAACCGAGGGT 117
consensus_8388#1      AAGCGTACTGGAATGAAATGTGAACAACAAACGTGTTGGCGATCACTCCGAACCGAGAAC 104
                       *      *  * ** *   *** *** *    * ***  * **      *******   

consensus_8388#0      GGATTGAGGTTCTCAGGGAAGAAGAATGCGATTTCTTTTGGTGTGATCCCATGACGATGA 177
consensus_8388#1      TGCCTGAAAC---------------ATACGTTGTCTCACGATATGTGACTA-ATCCAT-- 146
                       *  ***                  ** ** * ***   * * **   * *   * **  

consensus_8388#0      AGGAATTATTCGATCATGGATTAATGGGTAATATA-ATAAAGATTTGTCAC--TTTCGGA 234
consensus_8388#1      ATTTATTGTGTGGTCGTAAATT--TGATTTACGTGTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAA 204
                      *   *** *  * ** *  ***  **  * *  *  ***     **** **   **   *

consensus_8388#0      ATCACTTTGAGCTTACACGTA-AAAATTTGATGGTCAAAAATTTGAAACGTCTAAAGCGT 293
consensus_8388#1      TCCACTAAAAGCTTGGGTTTACAGAGATGGATTGGCCCGCTTTTCTAACACGAGATTCTC 264
                        ****   *****     ** * *  * *** * *     ***  ***     *  *  

consensus_8388#0      AAATGGGAGAAGGAATA--CAGTAAACAAGAAGGGCAAATATTGGACTTTT-----TTCC 346
consensus_8388#1      GCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACATTTGACAAATATTGCTGTACAAAAAACTGC 324
                          *     *   **   ** ** * *     * *********   *         * *

consensus_8388#0      AACAACTTTTGAACTTCCAATGGAATACCATATGTTTATTGAAGAATTTCGTAGATG--T 404
consensus_8388#1      ACCTGATTATGATGCTGAAAAAGGTTGTAAATGGTCTATTGGTCGGTTACGTCGACAACT 384
                      * *   ** ***   *  **  *  *   *   ** *****     ** *** **    *

consensus_8388#0      CCTGGTTCTATATGGATAATGAAACCTGTTGCTAAATCA------CAAGGCAAAGGAATA 458
consensus_8388#1      CTTAGCTAAATATGGATATCAAAA--AGTTGCTGAATTATTTCATCAAGTCGATGTGATA 442
                      * * * *  *********   ***   ****** *** *      **** * * *  ***

consensus_8388#0      TTTCTTTTTCGTAAATTAA---------AGGATATTG--AAGCATGGAAGCGTACTGGAA 507
consensus_8388#1      TTTATTGGTAGTTTATTAAGTGTACAAAAGATTATTATCAATGATAAACGTTGTTTTGAA 502
                      *** **  * **  *****         **  ****   **  **  * *     * ***

consensus_8388#0      TGAAATGTGAACAACAAACTG-TTGGCGATACTCCGAACCGAGAACTGCCTGAAACATAC 566
consensus_8388#1      TTATATGGATATGATATATTAATTGATAATAATTTAAAACCATGGTTATTAGAAATTAAT 562
                      * * ***   *  * * * *  ***   *** *   ** * *    *    ****   * 

consensus_8388#0      GTTGTCTCACGATATGTGACTAATCCATATTTATTGTGTGGTCGTAAATTTGATTTACGT 626
consensus_8388#1      GCTAGTCCTTCATTGACAGCTTCTTCTAAAGAAGATTATATATTAAAAACTAATCTTTTG 622
                      * *    *   **      **  * *  *   *   * *      ***  * ** *    

consensus_8388#0      GTATATGTTCTTGTTACATCTTTCAATCCACTAAAAGTTTGN---GTTTACAGAGATGGA 683
consensus_8388#1      GATGATATGCTAG--ACGTTGTAGACTTGGAGGGTCGTTTGACAGGTTTTGAGAAACGTG 680
                      *   ** * ** *  ** *  *  * *         *****    ****  *** * *  

consensus_8388#0      TTTGCCCGCTTT-TCTAACACGAGATTTTCGCTAGATTCTATTGATGACCAATATATACA 742
consensus_8388#1      TTGGCGATTTTGATCTAATCTGGGATGATGGTCCTATTCCTCCTACGTCTGATAC-TACA 739
                      ** **    **  *****   * ***  * *    ****     * * *  ***  ****

consensus_8388#0      TTTGACAAAT--ATTGCTGTACAAAAAACTGCACCTGATTATGATGCTGAAAAAG-GTTG 799
consensus_8388#1      GAAGGTTGGTTGATCGATGCATTGAACATCATAAACCTGTCTAATTCAGAAAGATCATCG 799
                         *     *  ** * ** *   ** *    *      * * ** * **** *   * *

consensus_8388#0      TAAATGGTCTAT-TGGTCGGTTACGTCGACAACTCTTAGCTAAATATGGATATCAAAAAG 858
consensus_8388#1      GAGTCATTACATGTGTTCGGACCTAATGGACTACCTAGACTTAATTCATTTCTTGGATGT 859
                       *     *  ** ** ****       *      **   ** ***     * *   *   

consensus_8388#0      TGAGCGTTTTATAGTCATGTAAAGTAACTTCAAAGACTAAATCCACGTCATAGTATTATG 918
consensus_8388#1      ACTTCAACTCAAA--CAGCCAGATATAAGTTGAACTCTAAATGTTAGTTTCTGAACAATA 917
                          *   * * *  **   * *   *  *  **  ******    **    * *  ** 

consensus_8388#0      ATTTATAAA-ACCTGGAAGCATTGGACGGCCGTTTCGTTGTGGTATGGGACTCTTTCGTA 977
consensus_8388#1      ATACAAAGGTACTAGGAAGTAATATAGATATTTACCATT----TATTACATTGTTTCACT 973
                      **  * *   **  ***** * *  *      *  * **    ***   * * ****   

consensus_8388#0      GTGCCCATCCACGATCCGTGGATTGGTCAAAGTTAAACATTAACGCCGTTAGATCCCCGC 1037
consensus_8388#1      GTATAAAACTTTTATTTG-ATATCAGAAATAAATAAACT--------------------- 1011
                      **    * *    **  *   **  *  * *  *****                      

consensus_8388#0      TTAGTGGTTTAGAGGTTAAGGGT 1060
consensus_8388#1      -----------------------