These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8394#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 879 fasta sequence [TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT-CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA-TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTGTCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTATGATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTCCCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAAAGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT] [-] EMBL CD179181 [TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTA ] [-] EMBL CD162376 [ tgCGACTTATTGTAGCACCAAGCGAGTTAACCGGAGCAGTACTATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCTCCCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGANTAAGTCGcgg ] [+] EMBL CD166197 [ GTACTATTATT ACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTG TTGACTTGTATTACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCT CCAGGTAAACGAGAACTATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGG TTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTGTCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAAT ] [+] EMBL CD195007 [ GACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA TCGAAAAGGATTAGATTCGTTTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATTGTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCAATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTTGCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATATGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCTTATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTGTCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAA ] [-] EMBL CD187517 [ GTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTGGAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTATCTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTATGATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTCCCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAAAGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT] consensusID : consensus_8394#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 404 fasta sequence [GATCGCCACGATCGTCCCTTCAAGACGTTCCCTGGCTCTTCCGGTCGGTACATGCTGAATCGTTGACCGTTCTGGTAGATTACGACTGAATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAGGAGAATTCGTAGGTGATTGATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAACTGATGGACGAACTAATTGATTATTTACTCGACCAAGTTGATGATGCAAGAGAATTGCATTAGTAGAGCTATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTAATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTCCAATATTATTTTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCA] [+] EMBL CD068211 [GATCGCCACGATCGTCCCTTCAAGACGTTCCCTGGCTCTTCCGGTCGGTACATGCTGAATCGTTGACCGTTCTGGTAGATTACGACTGAATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAGGAGAATTCGTAGGTGATTGATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAACTGATGGACGAACTAATTGATTATTTACTCGACCAAGTTGATGATGCAAGAGAATTGCATTAGTAGAGCTATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTAATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTCCAATATTATTTTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8394#0 TGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATTGTAGCACCAAACGAGTTAACCGGAGCAGTACT 60 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 ATTATTAACTGTACTTGTGTTTGTCATTCCTTCTAATAATTGATTTGTTTGACTTGTATT 120 consensus_8394#1 ----------------------------GATCGCCACGATCG-TCCCTTCAAGACGT-TC 30 * * ** * * ** * ** * consensus_8394#0 ACCGTTACTATTGAACTGTTTAACTGTTGTATTATTCATTCCTCCAGGTAAACGAGAACT 180 consensus_8394#1 CCTGGCTCTTCCGGTCGGTACA--TGCTGAATCGTTGAC-CGTTCTGGTAGATTACGACT 87 * * ** * * ** * ** ** ** ** * * * * **** * * *** consensus_8394#0 ATGTGGTGGGATAGTCGGTGGTGTAATTGACGACTCAGTTGTTGATGTGTCATTGACTAA 240 consensus_8394#1 G---AATGGAAGATTTGGAGTAGCCTCTGTCGAATCAATTGTATAAG-------GAGAAT 137 *** * * * ** * * ** *** *** **** * * ** * consensus_8394#0 TCGAAAAGGATTAGATTCGT--TTAATATATCTGCAGCATTGGGAGGATAACGAAACATT 298 consensus_8394#1 TCGTAGGTGATT-GATTTGTAGCCAATTTCACTAACGCCATTGGACCATAAGGAGGTAAC 196 *** * **** **** ** *** * ** ** * *** **** ** * consensus_8394#0 GTTCGTGGTTTAGGATAAATACTTGGTTGATTTTGTTCTCTATTTAAACTTTTTGATTCA 358 consensus_8394#1 -----TGAT---GGACGAAC---TAATTGATTATTTACTCGACC--AAGTTGATGATGCA 243 ** * *** ** * ****** * * *** * ** ** **** ** consensus_8394#0 ATATCTAAAGACGATGTGTTATTCTTATTTAATTCATTGTTAAATAAATTAACACGATTT 418 consensus_8394#1 A-----GAGAAT--TGCATTAGTAGAGCT--ATTAACAGTTGTATGAGATGGCAATCTTA 294 * * * ** *** * * *** * *** ** * * ** ** consensus_8394#0 GCTACTGTTGAACTAACTGAATTTTTATA--TGAAACAGTAGAACTAGTTGTAGTTTCCT 476 consensus_8394#1 ATGAATGATAAGCATAAGAAGTACGTGTTGCTGGATTAATAGAAACAGATGAATTAGGTC 354 * ** * * * * * * * * ** * * ***** ** ** * * consensus_8394#0 TATCGTTAGTGGTCGATATTGCGGAGTAATTACTGAAGGGTGGCGAATTCGCATTCACTG 536 consensus_8394#1 CAATATTATT--------TTGTGGGACAGGTGCTGTAGGACGTCTTATT-GTAG-CACCA 404 * *** * *** ** * * *** *** * * *** * * *** consensus_8394#0 TCAATGTAGTGTTTGTCAAACAGCTAGGTCTCGTTGTACTAATTGATTTGCGTCGAACTG 596 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 GAGCAGCGCGATTGAATTGTGATGTTTCTCGATGCTGGACATGATTCATAGTTGATGTAT 656 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 CTTCACAACTGCTATTGGCTGGTGTTTGTTTTTCATTTGATGAAAATAAATAGCCTTTAT 716 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 GATTAAAATTAATATTAGGGGCAGCTGCTAAAGTAACACATGTCGGTGTCACTATGATTC 776 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 CCGTTGATGTTGTTGTTGATGTTACGAATGCAGAAACGTGATTTTTACGTGTATGATAAA 836 consensus_8394#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8394#0 AGTGTTTATTTCTATGTGACTTATTAGATGAATGAGATAATTT 879 consensus_8394#1 ------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||