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consensusID : consensus_8467#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 1081 fasta sequence
[NAGGCCAGNAATTCGGCACCAGGTTTACAAAGCTCTTTGCGACCGTTTATCCAAATATAATGAATCAAATACAGTTACAGAAAATCACCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAAAGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAGTATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGAAACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAAAAAAAGACTTGAATCAGTCGAATGCACGTGAAGTATGTTGTAGCTTTAACATTCAACAAGATGCTGTTGTACATGGAATTGCCGGTTATTTCGAAGCAGTTCTCTATAA-GGACGTAACACTCAGTACACATCCGGACCGTCATAGCCCTCAAATGGTATCTTGGTTCCCGTTGGTATTTCCATTTGAGTATCCAAT-CCATGTTCATTCTAGAGATAAGATCACTTTGTATCTCTGGCGTAATGTAAGTAGTCGGTATGTATGGTATGAATGGGTACTAACAGAACCGCGACCTACAAAAATTCACAACGCTGCTGGTCATGTTTACAAAATTGCACTTTGATTATCATATGTGAAAGACTGAGTTATTTTTTTAAACAACTTTGTACAGACAAAAAATGTTTGTCAATAAAACTAT]
[+] EMBL CD081518 [NAGGCCAGNAATTCGGCACCAGGTTTACAAAGCTCTTTGCGACCGTTTATCCAAATATAATGAATCAAATACAGTTACAGAAAATCACCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAAAGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAGTATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGAAACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAAAAAAAGACTTGAATCAGTCGAATGCACGTGAAGTATGTTGTAGCTTTAACATTCAACAAGATGCTGTTGTACATGGAATTGCCGGTTATTTCGAAGCAGTTCTCTATAAGGGACGT ACACTCAGTACACATNCGGACCGTCATAGCCCTCAAATGGTATCTTGGTTCCNGTTGGTATTTCCATTTGAGTATCCAATCCCATG TCATTCTAGAGATAAGATCACTTTGTATCTCTGGCGTAATGTAAGTAGTCGGTATGTATGGTATGAATGGGTACTANCAGAACCGCGACCTACAAAAA TCACAACGCTGCTGGTCATGTTTACAAAA TGCACTTTGATTAT ATATGTG AAGACTGAG TATTTTTTTAANC ACTTTGT CAGACAAAAA GTTTG CAATTAAAC ]
[+] EMBL CD083875 [ gAGAAAATCACCTTATCAAGCCTCCAC ATCATCACAAACTAAAGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAGTATACCATGTTCCTACACATCATAT ]
[-] EMBL CD076382 [ TATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGAAACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAAAAAAAGACTTGAATCAGTCGAATGCACGTGAAGTATGTTGTAGCTTTAACATTCAACAAGATGCTGTTGTACATGGAATTGCCGGTTATTTCGAAGCAGTTCTCTATAA GGACGTAACACTCAGTACACATCCGGACCGTCATAGCCCTCAAATGGTATCTTGGTTCCCGTTGGTATTTCCATTTGAGTATCCAAT CCATGTTCATTCTAGAGATAAGATCACTCCGTATCTCTGGCGTAATGTAAGTAGTCGGTATGTATGGTATGAATGGGTACTAACAGAACCGCGACCTACAAAAATTCACAACGCTGCTGGTCATGTTTACAAAATTGCACTTTGATTATCATATGTGAAAGACTGAGTTATTTTTTTAAACAACTTTGTACAGACAAAAAATGTTTGTCAATAAAACTAT]
[-] EMBL CD075341 [ ACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAAAAAAAGACTTGAATCAGTCGAATGCACGTGAAGTATGTTGTAGCTTTAACATTCAACAAGATGCTGTTGTACATGGAATTGCCGGTTATTTCGAAGCAGTTCTCTATAA GGACGTAACACTCAGTACACATCCGGACCGTCATAGCCCTCAAATGGTATCTTGGTTCCCGTTGGTATTTCCATTTGAGTATCCAAT CCATGTTCATTCTAGAGATAAGATCACTTTGTATCTCTGGCGTAATGTAAGTAGTCGGTATGTATGGTATGAATGGGTACTAACAGAACCGCGACCTACAAAAATTCACAACGCTGCTGGTCATGTTTACAAAATTGCACTTTGATTATCATATGTGAAAGACTGAGTTATTTTTTTAAACAACTTTGTACAGACAAAAAATGTTTGTCAATAAAACTAT]
consensusID : consensus_8467#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 621 fasta sequence
[GCCAGAATTCGGCACGAGGGGCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAAAGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAGTATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGAAACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAANAAAAGACTTGAATCAGTCGAAT]
[+] EMBL CD082789 [GCCAGAATTCGGCACGAGGGGCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAAAGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAGTATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGAAACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGTTGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACATCCAANAAAAGACTTGAATCAGTCGAAT]
[+] EMBL AA559628 [ TTATGGTATTGGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCA ]
[+] EMBL CD192610 [ AATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATGTAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAGGATAAATCATGAATAGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTTAAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAATGAATTAAGTCC ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_8467#0 NAGGCCAGNAATTCGGCACCAGGTTTACAAAGCTCTTTGCGACCGTTTATCCAAATATAA 60
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 TGAATCAAATACAGTTACAGAAAATCACCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAA 120
consensus_8467#1 -------GCCAGAATTCGGCACGAGGGGCTTATCAAGCCTCCACAATCATCACAAACTAA 53
* * ** * * ********************************
consensus_8467#0 AGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATT 180
consensus_8467#1 AGAGCATGTAAACGCGTCTATCAATCATAATTCAAATACTTGTCAAGTAGTTATGGTATT 113
************************************************************
consensus_8467#0 GGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATG 240
consensus_8467#1 GGGTGCAGGTCGTGGTCCCCTTGTCAATGCGACTATAAATGCTGCTGAAAGAGCTCAATG 173
************************************************************
consensus_8467#0 TAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAG 300
consensus_8467#1 TAAAGTTCGGATATATGCAGTTGAAAAAAATCCAAATGCATTATGTACATTACGTTCTAG 233
************************************************************
consensus_8467#0 GATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTT 360
consensus_8467#1 GATAAATCATGAATGGCAAGGATTAGATGTACAATTAATTGAAGGTGATATGCGTAATTT 293
************************************************************
consensus_8467#0 AAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAA 420
consensus_8467#1 AAAAACACCAGAACAAGCTGATATATTTGTCAGTGAACTACTTGGTTCATTTGGTGATAA 353
************************************************************
consensus_8467#0 TGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAG 480
consensus_8467#1 TGAATTAAGTCCAGAATGTTTAGATGGTGCACAACCAATGTTAAAAGATGATGGAATTAG 413
************************************************************
consensus_8467#0 TATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGA 540
consensus_8467#1 TATACCATGTTCCTACACATCATATGTTGCTCCTTTACAATCCTTACAAATATATAATGA 473
************************************************************
consensus_8467#0 AACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGT 600
consensus_8467#1 AACAAGACGATCTAAAGATGTGACCAATAGAGTCGGGTATTCCATGGAAACACCTTATGT 533
************************************************************
consensus_8467#0 TGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACA 660
consensus_8467#1 TGTTCGACTTCGTAATTGTCAAATATTGAGTTCACCTCAACCAGCTTTTACATTTGAACA 593
************************************************************
consensus_8467#0 TCCAAAAAAAGACTTGAATCAGTCGAATGCACGTGAAGTATGTTGTAGCTTTAACATTCA 720
consensus_8467#1 TCCAANAAAAGACTTGAATCAGTCGAAT-------------------------------- 621
***** **********************
consensus_8467#0 ACAAGATGCTGTTGTACATGGAATTGCCGGTTATTTCGAAGCAGTTCTCTATAAGGACGT 780
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 AACACTCAGTACACATCCGGACCGTCATAGCCCTCAAATGGTATCTTGGTTCCCGTTGGT 840
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 ATTTCCATTTGAGTATCCAATCCATGTTCATTCTAGAGATAAGATCACTTTGTATCTCTG 900
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 GCGTAATGTAAGTAGTCGGTATGTATGGTATGAATGGGTACTAACAGAACCGCGACCTAC 960
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 AAAAATTCACAACGCTGCTGGTCATGTTTACAAAATTGCACTTTGATTATCATATGTGAA 1020
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 AGACTGAGTTATTTTTTTAAACAACTTTGTACAGACAAAAAATGTTTGTCAATAAAACTA 1080
consensus_8467#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8467#0 T 1081
consensus_8467#1 -
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||