These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8601#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 468 fasta sequence [ACTAAGTTTTTCTGT-ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT] [+] EMBL CD087243 [ACTAAGTTTTTCTGT ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT] [+] EMBL CD087237 [ACTAAGTTTTTCTGT ACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAGTCCCTTAAAATTTAGTCTAGGCCGCCTCAAATAATTGTTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTAGACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATTGGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTAACTTTGTTTCGGGTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACT ] [+] EMBL CD087333 [ACTAAGTTTTTGGGTGGCAATTTCTAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAAATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATTTCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCATAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAAGCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCCAATGCAGACGATTTGCTCTCAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATc ] consensusID : consensus_8601#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 404 fasta sequence [GACAGAGTTAGCTGGATGAGGAATCTACGCACGCACGTAGGCTGCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTACCTATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAAAAAGACAAACAATTATTTGTCACTCATAACTTGAACAAAAAACCAAAACTAACAAATAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTGTAGAAAATTGTATTTCAGATGTTTTGTGACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC] [+] EMBL CD087346 [GACAGAGTTAGCTGGATGAGGAATCTACGCAGGCACGTAGGCTGCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTAGCTATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAAAAAGACAAACAATTATTTGTCACTCATAACTTGAACAAAAAACCAAAACTAACAAATAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTGTAGAAAATTGTATTTCAGATGTTTTGTGACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC] [+] EMBL CD087354 [GACAGAGTTAGCTGGATTAGGAATCGACTCACGCACGTATGCTGCGTGAGCGTAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTATAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAAGAGTGGGAGAATGTATTACCTATAC ] [+] EMBL CD087281 [ CAGAGTTACCTGGATCAAGAATCCACGCACGCACTTATGCTGCGTGAGCATAACCATGATAACCAAGGTGAGCTGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGGCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGTAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTA ] [+] EMBL CD087341 [ GGAATCTACGCATGCACGTAGGCTGCCTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGTAACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAACACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACTAGTTTTGGGCGATTGTAAACATAAAGTGAACAGTGGGACAATGTATTAC ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8601#0 ACTAAGTTTTTCTGTACAATTTCGAACCAGACTGCCGGGCGGAATATTAGGATCACTTAA 60 consensus_8601#1 -------------------------------------GACAGAG--TTAGCTGGATGAGG 21 * * ** **** * consensus_8601#0 ATTCCAGCCACTGAAATCATTTCACATGTAATTTTTACCTTTAGAACACGTCTTGGTATT 120 consensus_8601#1 AATCTACGCACGCACGTAGGCT---GCGTGAGCATAACCAGGATAACCAAGGTGAGCAGT 78 * ** * *** * * * ** * * *** * *** * * * * consensus_8601#0 TCAGATATTTCGTTGTCAGTTTGTAATCA-TAAAGGTAGTAGCTACTTAATAAGCTTTAA 179 consensus_8601#1 AACAAAATGATGAGGATAACCTGCCATTACTAAACGAAGTGAAACCTGAAGGATGTCAAC 138 * ** * * * ** ** * **** * *** ** ** * * * consensus_8601#0 GCGTATTGTTGGGTTTCGAGGAAGTGTTTGTAACAATTTCGAATGCAGACGATTTGCTCT 239 consensus_8601#1 ACGATTGGTTGATGTACGTCAATTTAGTTGTTTTAACT--AGTTTTGGGCGATT-GTAAA 195 ** * **** * ** * * **** ** * * * ***** * consensus_8601#0 CAAAAGATCGTTCTGTTCTAAAATCCCTTAAAATTTAATCTATGCCGCCTCAAATAATTG 299 consensus_8601#1 CATAAAGT-GAAGAGTGGGAGAATGTATTACC-TATACTCAAAAGAAGCACCAGGGAAAA 253 ** ** * * ** * *** *** * ** ** * * * * * consensus_8601#0 TTAGCCTTGTAGTTATCAATGCCAATATTACACTTGATAGCTTCAAATAAATTTGGCATT 359 consensus_8601#1 AAAGACAAACAATTATT--TGTCACTCATA-ACTTGA-ACAAAAAACCAAAACTAACAAA 309 ** * * **** ** ** * ** ****** * ** *** * ** consensus_8601#0 GGTTAGTAAGTTAATAATATCTTTTTGTGATATTCCTTCGTACTATTTAAACTCATGTTA 419 consensus_8601#1 TAATAAATATTTTTTGATATCCCAGAGTG-TAGAAAATTGTATT--TCAGATGTTTTGTG 366 ** * ** * ***** *** ** * *** * * * * * * consensus_8601#0 ACTTTGTTTCGGTTATTTATTTACTATAAAAAAGTGACTTACATTAAGT 468 consensus_8601#1 ACTTAATGTAAGTCACTTTTTTATAGTAAATAAATAAC----------- 404 **** * * ** * ** **** **** ** * ** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||