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consensusID : consensus_8721#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1128 fasta sequence
[AAAATAATGGTTCACATCATCACACCATAACATTACTAGGTCTGAATATTGTTTCGTATCCAGACGTACGACAATTACTCTGAATGTTATACGATTTATTACGAATTGGGGACTGGAAAATAACATCTCTTTGAAATAACTTCTTTGTTTTAGAAAAGGTGTTTTGATGATGGATCTGTATTTCACTGGTTTCAGAAACGGTGTTATCAACAGTTAGCAGTCAGTCCCAATACTTTCAAGACTTATCGGGTTCAAAAACACAAATCTTTAGTGATGATGGGACATTTAATTTGTAAGATTACTGGTTATTTTGCTGTCATGTCCTATAATATAACTATCCCCAAAAAATTCTAAAATATGCTAAAATCATTGATCAAAATTACTTTCAGGACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGGAAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACGAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCAGATTCAGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTACTGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTAAATTGGTACTGCATGTCCGTAGTGCGGAATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTGTCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGC-CAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGTTATGACTGGTGCCAAATCACGTGAACATTTGTATGAAGCATTAAATAATGTTTATCCTATTTTATACAATTATCGCAAAATCAACTGACTAGACATTTGTATACCTGGTTATTTTTTTGTTATATATGAAATACACGATGTAAATAATTTC-----AAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL CD078557 [AAAATAATGGTTCACATCATCACACCATAACATTACTAGGTCTGAATATTGTTTCGTATCCAGACGTACGACAATTACTCTGAATGTTATACGATTTATTACGAATTGGGGACTGGAAAATAACATCTCTTTGAAATAACTTCTTTGTTTTAGAAAAGGTGTTTTGATGATGGATCTGTATTTCACTGGTTTCAGAAACGGTGTTATCAACAGTTAGCAGTCAGTCCCAATACTTTCAAGACTTATCGGGTTCAAAAACACAAATCTTTAGTGATGATGGGACATTTAATTTGTAAGATTACTGGTTATTTTGCTGTCATGTCCTATAATATAACTATCCCCAAAAAATTCTAAAATATGCTAAAATCATTGATCAAAATTACTTTCAGGACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGGAAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACGAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCAGATTCAGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTACTGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTANATTGGTACTGCATGTCCGTAGTGCGGAATACAA ]
[-] EMBL CD073024 [ TATTGAGTTACGTAAATTGGTACTGCATGTCCGTAGTGCGGAATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTGTCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTTTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATTTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGC CAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGTTATGACTGGTGCCAAATCACGTGAACATTTGTATGAAGCATTAAATAATGTTTATCCTATTTTATACAATTATCGCAAAATCAACTGACTAGACATTTGTATACCTGGTTATTTTTTTGTTATATATGAAATACACGATGTAAATAA ]
[+] EMBL CD137050 [ GTAAATTGGTACTGCATGTCCGTAGTGCGGAATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTGTCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGCTTGATGTGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGCACTATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGTTATGACTGGTGCCAAATCACG ]
[-] EMBL AI395429 [ CAGGTCGCATGTTGTGAACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGC CAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGTTATGACTGGTGCCAAATCACGTGAACATTTGTATGAAGCATTAAATAATGTTTATCCTATTTTATACAATTATCGCAAAATCAACTGACTAGACATTTGTATACCTGGTTATTTTTTTGTTATATATGAAATACACGATGTAAATAATTTC AAAAAAAAAAAAAAAA ]
[-] EMBL AI395710 [ CACGTTCTGAATCAGATGCAAA TTAGGTTCTCGGAAATGT CTCGTATACTACAAAGA TTGGGTTTGATGTGAAA TCATGAA TTTACTATTCAAAACATGG NGGTTTGGCTGATCTGAAA TTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGC CAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGTTATGACTGGTGCCAAATCACGTGAACATTTGTATGAAGCATTAAATAATGTTTATCCTATTTTATACAATTATCGCAAAATCAACTGACTAGACATTTGTATACCTGGTTATTTTTTTGTTATATATGAAATACACGATGTAAATAATTTCCTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAA]
consensusID : consensus_8721#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 593 fasta sequence
[CTTTAGTGATGATGGGACATTTAATTTGACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGGAAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACGAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCAGATTCAGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTACTGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTAAATTGGTACTGCATGTCCGT-AGTGCGGAATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTG-TCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATG-TGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTT-GGCTG-ATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGCCAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAG]
[+] EMBL CD124285 [CTTTAGTGATGATGGGACATTTAATTTGACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGGAAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACGAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCAGATTCAGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTACTGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTAAATTGGTACTGCATGTCCGT AGTGCGGAATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTG TCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATG TGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTT GGCTG ATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGAAGGTGTACAGTTGGCCAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTTAATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAG]
[+] EMBL AI111154 [ AATTTGACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGGAAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACNAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCANATTCANAATCCGTCNATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTACTGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTAAATTGGTACTNC TNTNCNTAATTGCGGAATACAATCCACGCAAATTTCCTGGTNTTGTTCATGCTTCGCCTTAAACCTCGTGTCNCTTGTTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCANATGCAAATTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTTGAAATTCATGAACTTTACTATTCAAAACA GTTNGGTTTGGGCTGAATCTGAAATTTCCGATACt ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 CAGACGTACGACAATTACTCTGAATGTTATACGATTTATTACGAATTGGGGACTGGAAAA 120
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 TAACATCTCTTTGAAATAACTTCTTTGTTTTAGAAAAGGTGTTTTGATGATGGATCTGTA 180
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 TTTCACTGGTTTCAGAAACGGTGTTATCAACAGTTAGCAGTCAGTCCCAATACTTTCAAG 240
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 ACTGGTTATTTTGCTGTCATGTCCTATAATATAACTATCCCCAAAAAATTCTAAAATATG 360
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8721#1 CTTTAGTGATGATGGGACATTTAATTT--GACTAATTTGCTACAATATCATAATGTTGGG 58
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consensus_8721#1 AAGTTCAAGTAGCAGTTGCACTAACGAAATGGCTCCTCAGCGACCCATTGGTCCAGATTC 118
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consensus_8721#0 AGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTAC 540
consensus_8721#1 AGAATCCGTCGATCTTCTATGTGGTATTAAAAAGCCTGTTATACACAATATGGTTTCTAC 178
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consensus_8721#1 TGTGGATTTAGGATGTCCTATTGAGTTACGTAAATTGGTACTGCATGTCCGTAGTGCGGA 238
************************************************************
consensus_8721#0 ATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTGTCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTG 660
consensus_8721#1 ATACAATCCACGCAGATTTCCTGGTGTTGTCATGCGTCTGCGTGAACCTCGTGTCACTTG 298
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consensus_8721#0 TTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAA 720
consensus_8721#1 TTTAGTGTTTGGAACAGGTCGCATGGTGTGTACTGGTGCACGTTCTGAATCAGATGCAAA 358
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consensus_8721#0 TTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTGAAATTCAT 780
consensus_8721#1 TTTAGGTTCTCGGAAATGTGCTCGTATACTACAAAGACTTGGGTTTGATGTGAAATTCAT 418
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consensus_8721#0 GAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGA 840
consensus_8721#1 GAACTTTACTATTCAAAACATGGTTGGTTTGGCTGATCTGAAATTTCCGATACGTTTGGA 478
************************************************************
consensus_8721#0 AGGTGTACAGTTGGCCAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTT 900
consensus_8721#1 AGGTGTACAGTTGGCCAATGAACAGATGACACAATATGAACCGGAAATATTTCCAGCCTT 538
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consensus_8721#0 AATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAGATTGT 960
consensus_8721#1 AATTTATCGTATAATAAAACCCCGTTTAGTAATGCTTATCTTTGTAAATGGAAAG----- 593
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consensus_8721#0 TATGACTGGTGCCAAATCACGTGAACATTTGTATGAAGCATTAAATAATGTTTATCCTAT 1020
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 TTTATACAATTATCGCAAAATCAACTGACTAGACATTTGTATACCTGGTTATTTTTTTGT 1080
consensus_8721#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8721#0 TATATATGAAATACACGATGTAAATAATTTCAAAAAAAAAAAAAAAAA 1128
consensus_8721#1 ------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||