cluster # 8727

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 8727 cluster # 8727 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8727#0 length = 714 sequences # 6

consensus_8727#1 length = 589 sequences # 1

consensusID : consensus_8727#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 714
fasta sequence

                              [CCGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTTAAATGCTAATCTTAATGAAGATTCAATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGCTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTATTTCGAAGCTTCAAAGGATATTTATCTTCAACACTTAAACCAGCGGGAAAGAATGGAAAACTTACAG-ACCTTGTANGTTTTGTAACTTTTGAATCACGAGAACAAGCTGAGGAAGCAATGTCGAAACTTCAGGGTGTGAAATTCGATCCAGATGGTAATCAACATATGCGTTTAGAATTTGCTCGTAGTAATACAAAAGTTACTAAACCTAAAACAACCATACCTATTGGTTTCGGTAATATAGGTGTGAATAATTCACATCAAAATGGAATAAATCAACATAATTCTTTGTCAA]

[+] EMBL CD123816             [  GTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTTAAATGCTAATCTTAATGAAGATTCAATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGCTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTATTTCGAAGCTTCAAAGGATATTTATCTTCAACACTTAAACCAGCGGGAAAGAATGGAAAACTTACAG ACCTTGTANGTTTTGTAACTTTTGAATCACGAGAACAAGCTGAGGAAGCAATGTCGAAACTTCAGGGTGTGAAATTCGATCCAGATGGTAATCAACATATGCGTTTAGAATTTGCTCGTAGTAATACAAAAGTTACTAAACCTAAAACAACCATACCTATTGGTTTCGGTAATATAGGTGTGAATAATTCACATCAAAATGGAATAAATCAACATAATTCTTTGTCAA]
[+] EMBL CD123851             [  GTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAA TTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTTTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTTAAATGCTAATCTTAATGAAGATTCAATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGCTGGTACTAATAATGGTGAAGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD123831             [  GTAAGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCACATTATGACAAATACAAATACCATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTcgtaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD123840             [  GTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD123826             [ccaaaaGCGTTTACTCTTAACAGAAAAAGTTGAGTACCACTTTTC TTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD160839             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTATTTCGAAGCTTCAAAGGATATTTATCTTCAACACTTAAACCAGCGGGAAAGAATGGAAAACTTACAGCACC TGTAGGTTGGGTAACTTTTGAATCA                                                                                                                                                                                                       ]




>consensus_8727#0
CCGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGA
TTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGA
CAAATACAAATACAATGCTTCCTCCTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACAC
ATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATAT
TGGATAATAATTGTTTAAATGCTAATCTTAATGAAGATTCAATGATGATTTTATCGCAAT
CAATTGATTCTATTCATACAGCTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTC
GTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTAT
TTCGAAGCTTCAAAGGATATTTATCTTCAACACTTAAACCAGCGGGAAAGAATGGAAAAC
TTACAGACCTTGTANGTTTTGTAACTTTTGAATCACGAGAACAAGCTGAGGAAGCAATGT
CGAAACTTCAGGGTGTGAAATTCGATCCAGATGGTAATCAACATATGCGTTTAGAATTTG
CTCGTAGTAATACAAAAGTTACTAAACCTAAAACAACCATACCTATTGGTTTCGGTAATA
TAGGTGTGAATAATTCACATCAAAATGGAATAAATCAACATAATTCTTTGTCAA

consensusID : consensus_8727#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 589
fasta sequence

                              [AAGNAATTTCGGCACGAGGGACCAATAATACAATAAGTTAAAATTACAAAAAAAAATTGTACTCTATAACACGTTTATTACAGTGACGACATAGCCCAGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATACAATGCTTCCTCCTAAAACTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGTTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTCAATATTCTGTTTACTTAAATGAACATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTACATATGATCAGTTTATAATAAAGAGGGTGACATTAAAATTNTGTTGTTGTTGTTGTTGTTAGAATTTCCACTA]

[+] EMBL CD080968             [AAGNAATTTCGGCACGAGGGACCAATAATACAATAAGTTAAAATTACAAAAAAAAATTGTACTCTATAACACGTTTATTACAGTGACGACATAGCCCAGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGTAAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTTGTGTCATGTACTTAAATGAATACAATGCTTCCTCCTAAAACTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGTTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTCAATATTCTGTTTACTTAAATGAACATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTACATATGATCAGTTTATAATAAAGAGGGTGACATTAAAATTNTGTTGTTGTTGTTGTTGTTAGAATTTCCACTA]




>consensus_8727#1
AAGNAATTTCGGCACGAGGGACCAATAATACAATAAGTTAAAATTACAAAAAAAAATTGT
ACTCTATAACACGTTTATTACAGTGACGACATAGCCCAGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGT
AAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTT
GTGTCATGTACTTAAATGAATACAATGCTTCCTCCTAAAACTCCACAATGTCCTATTCCA
CCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAGAAAATTCTATACCAGATGATGATACT
TCTGTTATATTGGATAATAATTGTTATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCA
TACAGTTGGTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAG
TGGTTTACCTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTCAATATTCTGTTTACTTA
AATGAACATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTACATATGATCAGTTTATAATAAAGA
GGGTGACATTAAAATTNTGTTGTTGTTGTTGTTGTTAGAATTTCCACTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8727#0      ------------------------------------------------------------
consensus_8727#1      AAGNAATTTCGGCACGAGGGACCAATAATACAATAAGTTAAAATTACAAAAAAAAATTGT 60
                                                                                  

consensus_8727#0      ------------------------------------CCGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGT 24
consensus_8727#1      ACTCTATAACACGTTTATTACAGTGACGACATAGCCCAGTAGGCGTTTACTTTCAAGAGT 120
                                                          * **********************

consensus_8727#0      AAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTT 84
consensus_8727#1      AAAAGTTGAATACCACTTTTCTTTTTTGGCGAAGGATTATCATATTGGAATGGAATTTTT 180
                      ************************************************************

consensus_8727#0      GTGTCATGTACTTAAATGAATCAAATCAAATTATGACAAATACAAATACAATGCTTCCTC 144
consensus_8727#1      GTGTCATGTACTTAAATGAAT--------------------------ACAATGCTTCCTC 214
                      *********************                          *************

consensus_8727#0      CTAAAGCTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAG 204
consensus_8727#1      CTAAAACTCCACAATGTCCTATTCCACCTAATACACATCATTCTAATACATATCATACAG 274
                      ***** ******************************************************

consensus_8727#0      AAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTTTAAATGCTA 264
consensus_8727#1      AAAATTCTATACCAGATGATGATACTTCTGTTATATTGGATAATAATTGTT--------- 325
                      ***************************************************         

consensus_8727#0      ATCTTAATGAAGATTCAATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGCTG 324
consensus_8727#1      -----------------ATGATGATTTTATCGCAATCAATTGATTCTATTCATACAGTTG 368
                                       **************************************** **

consensus_8727#0      GTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTAC 384
consensus_8727#1      GTACTAATAATGGTGAAGGAACAGAGCATCAAGTTCGTACATTATTCGTTAGTGGTTTAC 428
                      ************************************************************

consensus_8727#0      CTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTTATTTCGAAGCTTCAAAGGATATTTAT 444
consensus_8727#1      CTTTGGATGCCAAACCAAGAGAATTGTACTTGTT------------CAA--------TAT 468
                      **********************************            ***        ***

consensus_8727#0      CTTCAACACTTAAACCAGCGGGAAAGAATGGAAAACTTACAGACCTTGTANGTTTTGTAA 504
consensus_8727#1      TCTGTTTACTTAAATGAACATCTATCTATCTAT--CTATCTATCTATGTACATATGATCA 526
                        *    *******  * *    *   **  *   **  *   *  ****  * *  * *

consensus_8727#0      CTTTTGAATCACGAGAACAAGCTGAGGAAGCAATGTCGAAACTTCAGGGTGTGAAATTCG 564
consensus_8727#1      GTTTATAATAAAGAGGGTGACATTA--AAATTNTGTTGTTGTTGTTGTTGTTAGAATTTC 584
                       ***  *** * ***    *  * *  **    *** *    *   *    *  ****  

consensus_8727#0      ATCCAGATGGTAATCAACATATGCGTTTAGAATTTGCTCGTAGTAATACAAAAGTTACTA 624
consensus_8727#1      CACTA------------------------------------------------------- 589
                        * *                                                       

consensus_8727#0      AACCTAAAACAACCATACCTATTGGTTTCGGTAATATAGGTGTGAATAATTCACATCAAA 684
consensus_8727#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8727#0      ATGGAATAAATCAACATAATTCTTTGTCAA 714
consensus_8727#1      ------------------------------