cluster # 8776

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Schistosoma mansoni
cluster # 8776 cluster # 8776 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8776#0 length = 461 sequences # 6

consensus_8776#1 length = 299 sequences # 1

consensusID : consensus_8776#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 461
fasta sequence

                              [CGGGACCAGTAGAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATGACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACCGATATCGGAGAAGAATCCTATGGACTAAAGTACTTGGTTGAAAAATTCAGATTACCCATCCAAACAAGAGAGGCCTAATGTACATGTTTCTAATAATGAACATATAAA]

[+] EMBL CD188780             [CGGGACCAGTAGAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATGACAAAGAA                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD111921             [     CCAGTAGAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAA                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD062728             [      CAGTAGAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGATTCCCTATCAGAGCA   TTGGTGc                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AW017080             [                        ACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATGACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACCGATATCGGAGAAGAATCCTATGGACTAAAG                                                                              ]
[+] EMBL AW466242             [                                AACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATGACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACCGATATCGGAGAAGAATCCTATGGACTAAAGTACTTGGTTGAAAAATTCAGATTACCCATCCAAACAAGAGAGGCCTAATGTACA                        ]
[-] EMBL SMAA25707            [                                                                                                                                                        GGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAG AAATTGTAACG AAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATGACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACCGATATCGGAGAAGAATCCTATGGACTAAAGTACTTGGTTGAAAAATTCAGATTACCCATCCAAACAAGAGAGGCCTAATGTACATGTTTCTAATAATGAACATATAAA]




>consensus_8776#0
CGGGACCAGTAGAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGG
ATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGAT
TAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAA
ATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCC
CTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGTAAGTATG
ACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACCGATATCG
GAGAAGAATCCTATGGACTAAAGTACTTGGTTGAAAAATTCAGATTACCCATCCAAACAA
GAGAGGCCTAATGTACATGTTTCTAATAATGAACATATAAA

consensusID : consensus_8776#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 299
fasta sequence

                              [TAGAACGTGATTGGTACTAACTGTTTTTCCTATTCCAGAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTG]

[+] EMBL CD191592             [TAGAACGTGATTGGTACTAACTGTTTTTCCTATTCCAGAAACATGTTGGCCACAGAAATGGATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGTCGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTGGCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACATGGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTG]




>consensus_8776#1
TAGAACGTGATTGGTACTAACTGTTTTTCCTATTCCAGAAACATGTTGGCCACAGAAATG
GATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGT
CGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTG
GCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACAT
GGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8776#0      -----CGGGACCAGTA--GAACGTGATTGGTACTAACTAAACATGTTGGCCACAGAAATG 53
consensus_8776#1      TAGAACGTGATTGGTACTAACTGTTTTTCCTATTCCAGAAACATGTTGGCCACAGAAATG 60
                           ** **   ***   *  **  **  ** *    **********************

consensus_8776#0      GATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGT 113
consensus_8776#1      GATTTGGATAGTGCTGTGCAGCAAGTCCTTAAAAATGCTGCTAAGTGCCGTGGAATATGT 120
                      ************************************************************

consensus_8776#0      CGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTG 173
consensus_8776#1      CGTGGATTAAACGAGTGCACGAAATTGATTGAACAACGGGGTGTTGTCCTTTGTTTTCTG 180
                      ************************************************************

consensus_8776#0      GCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACAT 233
consensus_8776#1      GCAGAAAATTGTAACGAAAAAGCCTATACAACTCTGATTGAAGCACTATGCCACGAACAT 240
                      ************************************************************

consensus_8776#0      GGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTGT 293
consensus_8776#1      GGTATCCCTCTTGTGAAGGTTCCCGATAATAAAAAGCTTGGTGAGTGGTCTGGATTGTG- 299
                      *********************************************************** 

consensus_8776#0      AAGTATGACAAAGAAGGAAAGGCTAGAAAAGTCGTGTCAGCCTCATGTATTGTAGTAACC 353
consensus_8776#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8776#0      GATATCGGAGAAGAATCCTATGGACTAAAGTACTTGGTTGAAAAATTCAGATTACCCATC 413
consensus_8776#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8776#0      CAAACAAGAGAGGCCTAATGTACATGTTTCTAATAATGAACATATAAA 461
consensus_8776#1      ------------------------------------------------