cluster # 8800

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 8800 cluster # 8800 Sequences # 7 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8800#0 length = 655 sequences # 2

consensus_8800#1 length = 398 sequences # 2
consensus_8800#2 length = 290 sequences # 3

consensusID : consensus_8800#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 655
fasta sequence

                              [GNAGCCAANATTCGGCACGAGGGGATCCATAGGTGCTATGGTGGTTCTATTGGACGCACCTTTTACTCACTTAAGATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATC-GATAACTTATTAGAAAAACTAGAGAAAACAGAATATTTTGTAAATTTTAAACAACCCAATTGGTTAGAAGCACTTGATGCTTATAAAGAAAAATTACAAATAGTTAAATATCTCTTGATAGACGATAAACAACCATCAGTTACAAATATTGTCGATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTANGTGGTGACACTGATA]

[+] EMBL CD083220             [GNAGCCAANATTCGGCACGAGGGGATCCATAGGTGCTATGGTGGTTCTATTGGACGCACCTTTTACTCACTTAAGATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATC GATAACTTATTAGAAAAACTAGAGAAAACAGAATATTTTGTAAATTTTAAACAACCCAATTGGTTAGAAGCACTTGATGCTTATAAAGAAAAATTACAAATAGTTAAATATCTCTTGATAGACGATAAACAACCATCAGTTACAAATATTGTCGATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTANGTGGTGACACTGATA]
[+] EMBL CD079142             [                                                                                                                     aTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGAGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGGTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCTGATAACTTATTAGAAAAACTATAGAAAACAGAATATTTTGTA                                                                                                                                                                                                                                                                         ]




>consensus_8800#0
GNAGCCAANATTCGGCACGAGGGGATCCATAGGTGCTATGGTGGTTCTATTGGACGCACC
TTTTACTCACTTAAGATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTT
AATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATAT
GGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACT
CATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATT
TTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGATAACTTATTA
GAAAAACTAGAGAAAACAGAATATTTTGTAAATTTTAAACAACCCAATTGGTTAGAAGCA
CTTGATGCTTATAAAGAAAAATTACAAATAGTTAAATATCTCTTGATAGACGATAAACAA
CCATCAGTTACAAATATTGTCGATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTT
CCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGAT
TCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTANGTGGTGACACTGATA

consensusID : consensus_8800#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 398
fasta sequence

                              [GATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTA-TATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]

[-] EMBL CD162603             [GATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTA TATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATACAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]
[-] EMBL CD181159             [  TTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTANTATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACTCATACCCATCCACTGG                                                                                                                                                                                                                                                             ]




>consensus_8800#1
GATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCA
GCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACT
CGGTTAACTCATACCCATCCACTGGCTATATGTGGAGCACTTATGCAAGCATATGCTATA
CAAATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGAT
TGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTA
GTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTAT
CGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT

consensusID : consensus_8800#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 290
fasta sequence

                              [ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]

[-] EMBL CD123988             [ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]
[-] EMBL CD124005             [ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]
[-] EMBL CD123924             [ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT]




>consensus_8800#2
ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTTAATGGGACAGGATCA
TATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATATGGATTACAATATTCT
AAACGTGATTTTGAAGTAATAATTTAAAAGCCATCAACTCTGTTCCAACTGCATTATATG
TATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAATTTGATTCACCTCCTCTACGTT
CTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGATACCATTGGTTGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8800#0      GNAGCCAANATTCGGCACGAGGGGATCCATAGGTGCTATGGTGGTTCTATTGGACGCACC 60
consensus_8800#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8800#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8800#0      TTTTACTCACTTAAGATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTT 120
consensus_8800#1      ---------------------------------------------------GATTTATTT 9
consensus_8800#2      ---------------ATGGTGAACTATAAAGATCCCTATGCTCATGCTGCTGATTTATTT 45
                                                                         *********

consensus_8800#0      AATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATAT 180
consensus_8800#1      AATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATAT 69
consensus_8800#2      AATGGGACAGGATCATATGGTAACGGTGGAGCTATGAGAATCGCACCTGCAGCGCTATAT 105
                      ************************************************************

consensus_8800#0      GGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACT 240
consensus_8800#1      GGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAAAAATAATTATCGATGTTACTCGGTTAACT 129
consensus_8800#2      GGATTACAATATTCTAAACGTGATTTTGAAGTAATAATT-TAAAAGCCATCAACTCTGTT 164
                      ******************************  ******* *  * *  *     *    *

consensus_8800#0      CATACC-CATCCACTGGCTATATGTGGAGC-----ACTTATGCAAGCATATGCTATACAA 294
consensus_8800#1      CATACC-CATCCACTGGCTATATGTGGAGC-----ACTTATGCAAGCATATGCTATACAA 183
consensus_8800#2      CCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGA-ATCGAATTTGA 223
                      *  **  ***    **  * * ** * **      ** ***  * * * **   **   *

consensus_8800#0      ATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGATAAC 354
consensus_8800#1      ATGATTTTCTCTTTAATACATGATCATATACAACTGGATTATGTAACCTTCATCGAT--- 240
consensus_8800#2      TTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTAT-CGATTGGATTAGGTGGTGA-CACTGATACC 281
                       * *  * ****    *  **  ** *** * * ******* **      **  ***   

consensus_8800#0      TTATTAGAAAAACTAGAGAAAACAGAATATTTTGTAAATTTTAAACAACCCAATTGGTTA 414
consensus_8800#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8800#2      --ATTGGTTGT------------------------------------------------- 290
                                                                                  

consensus_8800#0      GAAGCACTTGATGCTTATAAAGAAAAATTACAAATAGTTAAATATCTCTTGATAGACGAT 474
consensus_8800#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8800#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8800#0      AAACAACCATCAGTTACAAATATTGTCGATCGATTGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAAC 534
consensus_8800#1      ----------------------------------TGGGTAATAATTTAAAAGCCATCAAC 266
consensus_8800#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8800#0      TCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAA 594
consensus_8800#1      TCTGTTCCAACTGCATTATATGTATTTCTGCGTAGTTTAAAACCTATAGACGGAATCGAA 326
consensus_8800#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8800#0      TTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTANGTGGTGACACTGAT 654
consensus_8800#1      TTTGATTCACCTCCTCTACGTTCTATCGTCTTATCGATTGGATTAGGTGGTGACACTGAT 386
consensus_8800#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8800#0      A----------- 655
consensus_8800#1      ACCATTGGTTGT 398
consensus_8800#2      ------------