cluster # 8816

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Schistosoma mansoni
cluster # 8816 cluster # 8816 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8816#0 length = 471 sequences # 6

consensus_8816#1 length = 421 sequences # 1

consensusID : consensus_8816#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 471
fasta sequence

                              [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC-AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCA-TTAAATATATATTTTAATTAGCAAA]

[+] EMBL SM30176              [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCA TTAAATATATATTTTAATTAGCAAA]
[-] EMBL CD077098             [                                 TCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTACTATACCTCCAGTTAAATATATATT            ]
[+] EMBL CD195964             [                                  CATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCC AAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCNNACATGAACAAATGTTTAAACTCGTTgg                                                                       ]
[+] EMBL CD144758             [                                                                   ccacGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCgtg                        ]
[+] EMBL CD144734             [                                                                   ccacGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCgtg                        ]
[-] EMBL CD073130             [                                                                                                       CCACTCCAAATACACGGTCATAATATGGCCATTGGTTTTTTCCGTGGGGTTTTTAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTGGGATATTTTTCAGTTGTTAAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGGTATAATAATGTTATTAAGGTTAAAGAAGTTGTGCGGCAATTATTGTCATTCCTCCAAAAGTTTCCATATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCCCTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGC AACATGAAACAATGTTTGAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATATTAGTTTATTTTGTATTATACCTCCA TTAAATATATATT            ]




>consensus_8816#0
GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAA
ACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGC
TCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTT
TGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGC
TACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGA
AATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCA
ATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAATC
TTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCATTAAATATATATTTTAATTAGCAAA

consensusID : consensus_8816#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 421
fasta sequence

                              [TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAAT]

[-] EMBL CD122237             [TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCTAAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACACGCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCCTTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAATGCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGATGAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAACCAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAAT]




>consensus_8816#1
TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCT
AAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACAC
GCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCC
TTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAAT
GCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGAT
GAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAAC
CAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAA
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8816#0      -GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCAT-GAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCT 58
consensus_8816#1      TCGGATAACTAGCATTTTCGGTTGTCTAGAAGACGTCATTTTGTACTGCATTCTATGTCT 60
                        *  * ***    *  *  ****  * ********************************

consensus_8816#0      AAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACAC 118
consensus_8816#1      AAACGACCGTATTGGAGTACGTAATTAAGCTTGTCTGACATAAACCCACTCCAACTACAC 120
                      ************************************************************

consensus_8816#0      GCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCC 178
consensus_8816#1      GCTCATAATATGGCCATTGCTTTTTTCCGTGGGGTTTCGAAATTTGGTTTGGTTGCAGCC 180
                      ************************************************************

consensus_8816#0      TTTGGATATTTTTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAAT 238
consensus_8816#1      TTTGGATATTTCTCAGTTGTTGAGGGTGTTTGGAGCACAGCAGACAAGGGCTCTAATAAT 240
                      *********** ************************************************

consensus_8816#0      GCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGAT 298
consensus_8816#1      GCTACTAAGGTTAAAGAAGTCGTGCCGCACGTATTCTCCTTCCTCCAAAAGTTTCCAGAT 300
                      ************************************************************

consensus_8816#0      GAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAAC 358
consensus_8816#1      GAAATGCGAGAAACATGGAATGAAAATGTAAAGAATCTTTTCACTTGGACAAGGAGTAAC 360
                      ************************************************************

consensus_8816#0      CAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACTCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAA 418
consensus_8816#1      CAATGCAGTAATTGCAACATGAAACAATGTTTTAACCCGTTTGGATTATTTGGAAAGAAA 420
                      ************************************ ***********************

consensus_8816#0      TCTTAGTTTATTTTGTAGTATACCTCCATTAAATATATATTTTAATTAGCAAA 471
consensus_8816#1      T---------------------------------------------------- 421
                      *