cluster # 8831

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Schistosoma mansoni
cluster # 8831 cluster # 8831 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8831#0 length = 1128 sequences # 6

consensus_8831#1 length = 300 sequences # 1

consensusID : consensus_8831#0
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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1128
fasta sequence

                              [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAAGTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCCTTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCT-ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG]

[+] EMBL BE519463             [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAAGTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCCTTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCTAATCAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD129938             [                                                                                                                                                                                                           TGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCT ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTNTTCTATCGATTGNAATTGTTGATGCTTTTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD131421             [                                                                                                                                                                                                                                                                               CTGCTTCAGCTGCT ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCCGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL AI975580             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTNTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCCGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAGCTGAGCTCATTCATTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTCAGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL AW017214             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATG                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD150356             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTGGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATATGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG]




>consensus_8831#0
AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAA
GTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTA
TTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCC
TTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGAC
CATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCTATCAATACAGCAACT
TGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCT
TGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCA
GCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTC
AGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCT
AAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCT
TCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAA
GCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTA
GATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATG
TCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCG
TTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGC
TTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTT
AGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGAT
GACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTA
TCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG

consensusID : consensus_8831#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 300
fasta sequence

                              [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATCCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGAGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT]

[+] EMBL BE519459             [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATCCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGAGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT]




>consensus_8831#1
AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA
ATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATT
ATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATC
CTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGA
GACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8831#0      AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTT-GATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA 59
consensus_8831#1      AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA 60
                      ******************************* ****************************

consensus_8831#0      AGTGTGTAA-GATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCAT 118
consensus_8831#1      ATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATT-GATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCAT 119
                      * ******* ******       ** **********************************

consensus_8831#0      TATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCAT 178
consensus_8831#1      TATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCAT 179
                      **************************************************** *******

consensus_8831#0      CCTTTGAAATACATGG-ATTGATAGATGTTAAAGATATTGTA-TCAGATTTAGCAATTTG 236
consensus_8831#1      CCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTG 239
                      ************** * ****** ******** ********* ********* *******

consensus_8831#0      AGACCATGAAAGTG-AAGTTTTTGTT--GATAGTGGAGCTG--CTTCAGCTGC-TATCAA 290
consensus_8831#1      AGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAA 299
                      ******** ***** ********  *   ** **** **    ********** ******

consensus_8831#0      TACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGC 350
consensus_8831#1      T----------------------------------------------------------- 300
                      *                                                           

consensus_8831#0      TTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATT 410
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACT 470
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTC 530
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      CTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTT 590
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTC 650
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATT 710
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGA 770
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTT 830
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATT 890
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATC 950
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      AAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGA 1010
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      GGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAAT 1070
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      GATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG 1128
consensus_8831#1      ----------------------------------------------------------