cluster # 8847

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Schistosoma mansoni
cluster # 8847 cluster # 8847 Sequences # 7 consensus # 2

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consensus_8847#0 length = 1117 sequences # 3

consensus_8847#1 length = 698 sequences # 4

consensusID : consensus_8847#0
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Sequences nbr = 3
consensus length = 1117
fasta sequence

                              [ATAATTCGCTTTATTTAACATTTAAAAAGATTATGTATACTTCTAGTTAGAACCATTGTGAATGAGAAAATAAAAAAAGTTTTTTACAAATACAAGAGAGGTGACTCAAAGCATGTTTGTAGAAAAAATAAAATGCTCGAGAAAAAATAGATCCCAACAAAAATAGTGTTTGATTTGATCATCAGAATTATTTGCTGTCTTATGCATCAAATTTCTTCAACAATTCGGGAACGAGAACAATTTTACGTATTTTCTGTCACACATAGGCGCTTACCATTAATCGATGTAACCGAATCATGAATATCTTCATGTAACTTTGGTGACATAGCAGTTGAGTTGTTATATCGTATATCAGGATATGGTAAACTGACTGGTTGAACGAGTAAATTAGTAATGACAGAATTCATAGTTTTACCCAGGAATCGATGAATAATAGAAGACGCGACTTGATGATTACCATTACTGTCTACAAAAATTGCACCGAGAATCGATTCAAACACATCAGCTAACACCTTGACA-TTGAGTCCCGAAGAAACCTTCTTTGTAATTAGCTCGATACGTTCAAAAT-GTGAATCAGTTTGACGATGGATACTCTTTATATCATCAATGCATGCTTTCAGACTGCAATTCCCAAAATCGATGAACGGGTAAATGTCATGCGCAACAACAACATTAGCTAAATTAATATTACTGACAACAGTAGATCTTGCAGTAGTCAGTGCACCTGGAGATGAATTAGGACATTTTTGAAACAGATAGTTGCTGATAATATGGCCCAAAATGGAATCACCAAGAAATTCGAACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTGTATTAATTGATGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATTTTGGTTGTAAAAAAAAGTGCCATGGAGCTTCAACTTTGTAATGCTTATCATTTTTTAAGGTGCTCCAACTCACTGGACATATTTGAAAATAATGAAGTAAATCCT]

[+] EMBL CD076414             [ATAATTCGCTTTATTTAACATTTAAAAAGATTATGTATACTTCTAGTTAGAACCATTGTGAATGAGAAAATAAAAAAAGTTTTTTACAAATACAAGAGAGGTGACTCAAAGCATGTTTGTAGAAAAAATAAAATGCTCGAGAAAAAATAGATCCCAACAAAAATAGTGTTTGATTTGATCATCAGAATTATTTGCTGTCTTATGCATCAAATTTCTTCAACAATTCGGGAACGAGAACAATTTTACGTATTTTCTGTCACACATAGGCGCTTACCATTAATCGATGTAACCGAATCATGAATATCTTCATGTAACTTTGGTGACATAGCAGTTGAGTTGTTATATCGTATATCAGGATATGGTAAACTGACTGGTTGAACGAGTAAATTAGTAATGACAGAATTCATAGTTTTACCCAGGAATCGATGAATAATAGAAGACGCGACTTGATGATTACCATTACTGTCTACAAAAATTGCACCGAGAATCGATTCAAACACATCAGCTAACACCTTGACA TTGAGTCCCGAAGAAACCTTCTTTGTAATTAGCTCGATACGTTCAAAAT GTGAATCAGTTTGACGATGGATACTCTn                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD062449             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGAAGACGCGACTTGATGATTACCATTACTGTCTACAAAAATTGCACCGAGAATCGATTCAAACACATCAGCTAACACCTTGACA TTGAGTCCCGAAGAAACCTTCTTTGTAATTAGCTCGATACGTTCAAAATGGTGAATCAGTTTGACGATGGATACTCTTTATATCATCAATGCATGCTTTCAGACTGCAATTCCCAAAATCGATGAACGGGTAAATGTCATGCGCAACAACAACATTAGCTAAATTAATATTACTGACAACAGTAGATCTTGCAGTAGTCAGTGCACCTGGAGATGAATTAGGACATTTTTGAAACAGATAGTTGCTGATAATATGGCCCAAAATGGAATCACCAAGAAATTCGAACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CD082826             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACACATCAGCTAACACC TGACATTTGAGTCCCGAAGAAACCTTCTTTGTAATTAGCTCGATACGTTCAAAAT GTGAATCAGTTTGACGATGGATACTCTTTATATCATCAATGCATGCTTTCAGACTGCAATTCCCAAAATCGATGAACGGGTAAATGTCATGCTCAACAACAACATTAGCTAAATTAATATTACTGACAACAGTAGATCTTGCAGTAGTCAGTGCACCTGGAGATGAATTAGGACATTTTTGAAACAGATAGTTGCTGATAATATGGCCCAAAATGGAATCACCAAGAAATTCTAACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGATGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATTTTGGTTGTAAAAAAAAGTGCCATGGAGCTTCAACTTTGTAATGCTTATCATTTTTTAAGGTGCTCCAACTCACTGGACATATTTGAAAATAATGAAGTAAATCCT]




>consensus_8847#0
ATAATTCGCTTTATTTAACATTTAAAAAGATTATGTATACTTCTAGTTAGAACCATTGTG
AATGAGAAAATAAAAAAAGTTTTTTACAAATACAAGAGAGGTGACTCAAAGCATGTTTGT
AGAAAAAATAAAATGCTCGAGAAAAAATAGATCCCAACAAAAATAGTGTTTGATTTGATC
ATCAGAATTATTTGCTGTCTTATGCATCAAATTTCTTCAACAATTCGGGAACGAGAACAA
TTTTACGTATTTTCTGTCACACATAGGCGCTTACCATTAATCGATGTAACCGAATCATGA
ATATCTTCATGTAACTTTGGTGACATAGCAGTTGAGTTGTTATATCGTATATCAGGATAT
GGTAAACTGACTGGTTGAACGAGTAAATTAGTAATGACAGAATTCATAGTTTTACCCAGG
AATCGATGAATAATAGAAGACGCGACTTGATGATTACCATTACTGTCTACAAAAATTGCA
CCGAGAATCGATTCAAACACATCAGCTAACACCTTGACATTGAGTCCCGAAGAAACCTTC
TTTGTAATTAGCTCGATACGTTCAAAATGTGAATCAGTTTGACGATGGATACTCTTTATA
TCATCAATGCATGCTTTCAGACTGCAATTCCCAAAATCGATGAACGGGTAAATGTCATGC
GCAACAACAACATTAGCTAAATTAATATTACTGACAACAGTAGATCTTGCAGTAGTCAGT
GCACCTGGAGATGAATTAGGACATTTTTGAAACAGATAGTTGCTGATAATATGGCCCAAA
ATGGAATCACCAAGAAATTCGAACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTGTATTAATTGAT
GACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTT
TCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAG
GATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATTTTGGTTGT
AAAAAAAAGTGCCATGGAGCTTCAACTTTGTAATGCTTATCATTTTTTAAGGTGCTCCAA
CTCACTGGACATATTTGAAAATAATGAAGTAAATCCT

consensusID : consensus_8847#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 698
fasta sequence

                              [TTATTTGATACATA-TATACTGCA-TAAAAAAGCTCGACTGGA-TCAATA-TATGATTTGATCAGTCGACATATTTTGATGCTTATCCTGGAAGAGAAATGTCACTGATAGTTCAAATGCTTACCTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGATAAGCGCAAACTTAGCTAATCAATTTGAACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAATGAGATACTTCAAACTATTTGCCAAATCACGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAGCTTATGTAACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATTTAAAAAATTTTAAGCACAATAATATTGGAACAATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCTCATCACGGAAAACGGTCGAGAATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGACGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT]

[+] EMBL CD131616             [TTATTTGATACATATTATACTGCATTAAAAAAGCTCGACTGGATTCAATATTATGATTTGATCAGTCGACATATTTTGATGCTTATCCTGGAAGAGAAATGTCACTGATAGTTCAAATGCTTACCTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGATAAGCGCAAACTTAGCTAATCAATTTGAACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD131558             [   tcTGATACATA TATACTGCA TAAAAAAGCTCGACTGGA TCAATA TATGATTTGATCAGTCGACATATTNTGATGCTNATCCTGGAAGAGAAATGTCACTGATAGTTCAAATGCTTACNTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGATAAGCGCAAACTTAGCTAATCAATTTGAACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAATGAGATACTTCAAACTATTTGCCAAATCACGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAGCTTATGTAACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATTTAAAAAATTTTAAGCACAATAATATTGGAACAATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCTCATCACGGAAAACGGTCGAGAATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGACGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT]
[-] EMBL CD131406             [                                                                                                                           CCTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGATAAGCGCANACTTAGCTAATCAATTTGAACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAATGAGATACTTCAAACTATTTGCCAAATCACGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAGCTTATGTAACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATTTAAAAAATTTTAAGCACAATAGTATTGGAACAATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCTCATCACGGAAAACGGTCGAGAATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGATGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCCACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT]
[-] EMBL CD131528             [                                                                                                                                                    ATACGATAAGCGCANACTTAGCTAATCAATTTGAACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAATGAGATACTTCAAACTATTTGCCAAATCACGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAGCTTATGTAACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATTTAAAAAATTTTAAGCACAATAATATTGGAACAATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCTCATCACGGAAAACGGTCGAGAATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGACGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT]




>consensus_8847#1
TTATTTGATACATATATACTGCATAAAAAAGCTCGACTGGATCAATATATGATTTGATCA
GTCGACATATTTTGATGCTTATCCTGGAAGAGAAATGTCACTGATAGTTCAAATGCTTAC
CTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGATAAGCGCAAACTTAGCTAATCAATTTGAAC
GAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTAAA
TTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAAAATGAGATACTTCAAACTATTT
GCCAAATCACGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAGCTTATGT
AACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATTTAAAAAATTTTAAGCACAATAATATTGGAACA
ATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCTCATCACGGAAAACGGTCGAGA
ATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATTAATTGACGACTGATGAGTCAT
AGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACCTAGCTTTTCTTGTAACTGAAA
AAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAATATGTAAGGATCTACATGAAGC
ATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8847#0      ATAATTCGCTTTATTTAACATTTAAAAAGATTATGTATACTTCTAGTTAGAACCATTGTG 60
consensus_8847#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8847#0      AATGAGAAAATAAAAAAAGTTTTTTACAAATACAAGAGAGGTGACTCAAAGCATGTTTGT 120
consensus_8847#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8847#0      AGAAAAAATAAAATGCTCGAGAAAAAATAGATCCCAACAAAAATAGTGTTTGATTTGATC 180
consensus_8847#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8847#0      ATCAGAATTATTTGCTGTCTTATGCATCAAATTTCTTCAACAATTCGGGAACGAGAACAA 240
consensus_8847#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8847#0      TTTTACGTATTTTCTGTCACACATAGGCGCTTACCATTAATCGATGTAACCGAATCATGA 300
consensus_8847#1      ---------------------------------------------------------TTA 3
                                                                               * *

consensus_8847#0      ATATCTTCATGTAACTTTGGTGACATAGC--AGTTGAGTTGTTATATCGTAT-ATCAG-- 355
consensus_8847#1      TTTGATACATATATACTGCATAAAAAAGCTCGACTGGATCAATATATGATTTGATCAGTC 63
                       *   * *** **   *   * * * ***     **  *   *****  * * *****  

consensus_8847#0      GATATGGTAAACTGACTGGTTGAACGAGTAAATTAGTAATGACAGAATTCATAGTTTTAC 415
consensus_8847#1      GACATATTTTGATG-CTTATCCTGGAAGAGAAATGTCACTGATAG--TTCAAATGCTTAC 120
                      ** **  *    ** **  *      **  ** *   * *** **  **** *   ****

consensus_8847#0      CCAGGAATCGATGAATAATAGAAGACGCGACTTGATGATTACCATTACTGTCTACAAAAA 475
consensus_8847#1      CTAGAACTTTAATCTTAAGTATAGATACGA--TAAGCGCAAACTTAGCTAATCAATTTGA 178
                      * ** * *  *    ***    ***  ***  * *     * * *  **    *     *

consensus_8847#0      TTGCACCGAGAATCGATTCAAACACATCAGCTAACACCTTG-ACATTGAGTCCCGAAGAA 534
consensus_8847#1      ACGAATGAAACATATAAATAATCATCTAAATAAAGGTTCTGTGTAGTTCATTTGAATGTA 238
                        * *   *  **  *   ** **  * *   **     **   * *   *    * * *

consensus_8847#0      ACCTTCTTTGTAATTAGCT-CGATACGTTCAAAATGTGAATCAGTTTGACGATGGATACT 593
consensus_8847#1      AATTTTATGGAACTTAAAAATTATACATTTATAATGTGAA--AATGAGATACTTCAAACT 296
                      *  **  * * * ***      **** ** * ********  * *  **   *  * ***

consensus_8847#0      CTTTATATCATCAATGCATGCTTTCAGACTGCAATTCCCAAAATCGATGAACGGGTAAAT 653
consensus_8847#1      ATTTGCCAAATCA---CGTTACGTGAAACCATACATTAAATTATGTAGGGTTAGTTGTAG 353
                       ***     ****   * *    * * **   *  *   *  **  * *    * *  * 

consensus_8847#0      GTCATGCGCAACAACAACATTAGCTAAATTAATATTACTGACAACAGTAGATCTTGCAGT 713
consensus_8847#1      CTTATGTA-ACTCATCGTACAGGATAGATAAAAATT-TAAAAAATTTTAAGCACAATAAT 411
                       * ***   *   *    *   * ** ** ** ***    * **   **        * *

consensus_8847#0      AGTCAGTGCACCTGGAGATGAATTAGGACATTTTTGAAACAGATAGTTGCTGATAATATG 773
consensus_8847#1      ATTGGAACAATTAAGCAAACAGTAAAAATTGCTTTTAAAAAGAAACCT--------CATC 463
                      * *      *    *  *  * * *  *    *** *** *** *  *         ** 

consensus_8847#0      GCCCAAAATGGAATCACCAAGAAATTCGAACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTGTATT 833
consensus_8847#1      ACGGAAAACGGT----CGAGAATATTAATACCTTTGGTAATTCCCCCAATATTGTTTATT 519
                       *  **** **     * *  * ***   ************************** ****

consensus_8847#0      AATTGATGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACC 893
consensus_8847#1      AATTGACGACTGATGAGTCATAGCTTCCGCAAGTAATTCAATTCCTTTAAAATAATAACC 579
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consensus_8847#1      TAGCTTTTCTTGTAACTGAAAAAACCTCTGATTTAATTCCAGTATAATTTCCTTAGAAAT 639
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consensus_8847#1      ATGTAAGGATCTACATGAAGCATTGAGAGCATTTCCACAATTTAGTTCTGAATATAATT- 698
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