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consensusID : consensus_8965#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 1152 fasta sequence
[GAGTCGTCTTAGAATTCGGCACGAGGTGTCATCCAAAGTTCCTGTACTTTCTGCCGGTGGTCCTTTGATATTTCGTCAATTATTTGAAAAGGTTTCATCTACGTACACTTACTTACTGGCTGACTCACATACCAAAGATGCTGTTCTTATCGACCCTGTTTTAGAAACTGTTGAACGAGATAAAAAGCTTATATCTCAGTTGGATGTTAAATTGGGTCCAATAATAAATACTCATTTGCATGCTGATCACGTAACTGGCAGTGGATTGTTAAAGCGAATTCCTGGATCGTACAGTGTGCTATCTCATTATGATGGAGTTAAAGTTGACAAGATAATAAAACA-TGGAGATGTTATTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAATCTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATCTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTTTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGTTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCAATGTTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCTAAAATTTATTATCCTAATTTTCAGCTGATCAATATTCAATTGCCTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTATTAATATTGCCTTTAATGTATTGATTTTTTTTTCAGTATTTTTCTTCATATCTCTTCTCATCTGTCAATATAATTGATTAAATT]
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[+] EMBL AI977210 [ TTCCTGTACTTTCTGCCGGTGGTCCTTTGATATTTCGTCAATTATTTGAAAAGGTTTCATCTACGTACACTTACTTACTGGCTGACTCACATACCAAAGATGCTGTTCTTATCGACCCTGTTTTAGAAACTGTTGAACGAGATAAAAAGCTTATATCTCAGTTGGATGTTAAATTGGGTCCAATAATAAATACTCATTTGCATGCTGATCACGTAACTGGCAGTGGATTGTTAAAGCGAATTCCTGGATCGTACAGTGTGCTATCTCATTATGATGGAGTTAAAGTTGACAAGATAATAAAACA TGGAGATGTTATTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCA ]
[+] EMBL AI977164 [ TTCCTGTACTTTCTGCCGGTGGTCCTTTGATATTTCGTCAATTATTTGAAAAGGTTTCATCTACGTACACTTACTTACTGGCTGACTCACATACCAAAGATGCTGTTCTTATCGACCCTGTTTTAGAAACTGTTGAACGAGATAAAAAGCTTATATCTCAGTTGGATGTTAAATTGGGTCCAATAATAAATACTCATTTGCATGCTGATCACGTAACTGGCAGTGGATTGTTAAAGCGAATTCCTGGATCGTACAGTGTGCTATCTCATTATGATGGAGTTAAAGTTGACAAGATAATAAAACA TGGAGATGTTATTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAATCTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTAATTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAA ]
[+] EMBL CD083358 [ TCCTGTACTTTCTG CGGTGGTCCTTTGATATTTCGTCAATTATTTGAAAAGGTTTCATCTACGTACACTTACTTACTGGCTGACTCACATACCAAAGATGCTGTTCTTATCGACCCTGTTTTAGAAACTGTTGAACGAGATAAAAAGCTTATATCTCAGTTGGATGTTAAATTGGGTCCAATAATAAATACTCATTTGCATGCTGATCACGTAACTGGCAGTGGATTGTTAAAGCGAATTCCTGGATCGTACAGTGTGCTATCTCATTATGATGGAGTTAAAGTTGACAAGATAATAAAACA TGGAGATGTTATTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGTCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACc ]
[+] EMBL CD082243 [ gaggacacGGAGTTAAAGTTGACAAGATAATAAAACATTTTAGATGTTATTAAGTTTCGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAATCTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATCTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTNTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGGTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCAATGGTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCT AAATTTATTATNCTAAATTTCAGCTGATC ATATTCAATTG CTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTA TAATA TGCCTTT ATGGNATGA TTTTTTTTCAGNA TTTTCTTC TATCTCTTCTCATC GGCAATATAANTGATTAA ]
[-] EMBL CD077322 [ CTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATCTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTTTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGTTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCAATGTTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCTAAAATTTATTATCCTAATTTTCAGCTGATCAATATTCAATTGCCTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTATTAATATTGCCTTTAATGTATTGATTTTTTTTTCAGTATTTTTCTTCATATCTCTTCTCATCTGTCAATATAATTGATTAAATT]
[-] EMBL CD075852 [ AATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATTTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTTTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGTTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCAATGTTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCTAAAATTTATTATCCTAATTTTCAGCTGATCAATATTCAATTGCCTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTATTAATATTGCCTTTAATGTATTGATTTTTTTTTCAGTATTTTTCTTCATATCTCTTCTCATCTGTCAATATAATTGATTAAATT]
consensusID : consensus_8965#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 803 fasta sequence
[GAATCGGCACGAGGACTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAATCTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATCTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTTTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGGTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCATGTTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCTAANATTTATTATCCTAATTTTCAGCTGATCAATATTCAATTGCCTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTATTAATATTGCCTTAATGGATTGATNTTTTTTTCAGNATTTTCTTCATATCTCTCTCATCGGCAAATATTGATAA]
[+] EMBL CD080157 [GAATCGGCACGAGGACTAAGTTTGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCTAGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGGAAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAATCTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTATGACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATTTATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCCATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATATATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACATAGTGTAACACTCATCTACAGAAACCATCTCCACATAAGTGACTTTCATTTATTATAAACACCCTGTTTCCATGACGTAACTTAAGTTTTGGTTATTATATTATTTCTATGATATGGAATCGTCTTCCATGTTTCTATTAGATATTTACTTTAAGCCTAANATTTATTATCCTAATTTTCAGCTGATCAATATTCAATTGCCTATTTTGTGCACTAACTCTTAACTATTAATATTGCCTTAATGGATTGATNTTTTTTTCAGNATTTTCTTCATATCTCTCTCATCGGCAAATATTGATAA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8965#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8965#0 TCCTTTGATATTTCGTCAATTATTTGAAAAGGTTTCATCTACGTACACTTACTTACTGGC 120
consensus_8965#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8965#0 TGACTCACATACCAAAGATGCTGTTCTTATCGACCCTGTTTTAGAAACTGTTGAACGAGA 180
consensus_8965#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8965#0 TAAAAAGCTTATATCTCAGTTGGATGTTAAATTGGGTCCAATAATAAATACTCATTTGCA 240
consensus_8965#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8965#0 TGCTGATCACGTAACTGGCAGTGGATTGTTAAAGCGAATTCCTGGATCGTACAGTGTGCT 300
consensus_8965#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8965#1 ------------------------------------GAATCGGCACGAGG--ACTAAGTT 22
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consensus_8965#0 TGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCT 420
consensus_8965#1 TGGAAATTTCGAATTAGAATGTCGAAGTACTCCAGGGCACACATCAGGTTGTATGACGCT 82
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consensus_8965#0 AGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGG 480
consensus_8965#1 AGTATTGCATTCGGCTGGTGTTGCTTTCACCGGTGACACACTTTTAATTCGTGGTTGTGG 142
************************************************************
consensus_8965#0 AAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAAT 540
consensus_8965#1 AAGAACAGATTTTCAGGGAGGCTCAGCTGCGACGTTATATGATTCAGTTTATTCACAAAT 202
************************************************************
consensus_8965#0 CTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTAT 600
consensus_8965#1 CTTTAGTCTTCCAAATGATTATATATTGTTTCCTGCTCATGATTATTTGGGCAACACTAT 262
************************************************************
consensus_8965#0 GACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATT 660
consensus_8965#1 GACAACTGTTGGTGAGGAAAAGACATGTAATCCTCGATTAACAAAAACCAAATCAGAATT 322
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consensus_8965#0 TATTAAAATTATGAATGAATTAAATCTTCCTTTACCAAAACAAATGGAACGTGCTATTCC 720
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************************************************************
consensus_8965#0 ATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATAT 780
consensus_8965#1 ATTGAATCTTAAATGTGGTATCAATGATGAATAAAGATAGTTAATTCTTAAGTGAGATAT 442
************************************************************
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consensus_8965#1 ATTCATTCATTTTCTCAGTCAATTTACTTTGTTTAAAAGTGTCCAATTTTACCTATAACA 502
************************************************************
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consensus_8965#0 ATTGATTAAATT 1152
consensus_8965#1 GATAA------- 803
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||