cluster # 8970

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Schistosoma mansoni
cluster # 8970 cluster # 8970 Sequences # 8 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8970#0 length = 852 sequences # 2

consensus_8970#1 length = 657 sequences # 5
consensus_8970#2 length = 438 sequences # 1

consensusID : consensus_8970#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 852
fasta sequence

                              [CCTCGNAGCCAANAATTCGGCACGAGGCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTACGTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGAGAAAATTTCCGTGAAACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACTACTCCTGGAGATGGTGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAATTTAGAAGTTGGTCATACAAATTCATCTGTACTGTTGACATCAAAAATAACAAATAATAATAGTAGTAATCGGGACGAGTAAATAAACAAAGTAATTTTAATATAATACTGCTGAAGAAAAAAATTGTGTAACTTTGTTATACTTAGTTGTTTTTTTTGTGTCTTTATTTTTCTCTTCACCTATAAACTCTCATTGTGAAGATCTTCTCTTTAATTACCCAATTAGATTGTAATAGTAACTAAGGTCTTTTTCATTATTTTAGCTTCTTGAAAATAATTATTCCGTTTCTTCTTTAAATCTTACCCTTTATTCTATTCATTATCATTCTACATCAAAATCATGATTAATGTTATCTAACCAATCAATTTCTTTTATTATTCATTGCACATATTTTTTGTATCTTCCTTGTTTTGAATTCATTTCTTCAATAATCTGGCTGATATTACATCTGATACAGATGGGATATTGTTGGCTTCAGCTTCATTATTCTTTTTGTATACATTTATATTTTTTATGAGAATAAACATTTATTTAAGATCCTATGTGCCTAAATTATTATTATAAACTATTTTGGCTCATATAAATCAACCCTAATATTTCATGAGAAGTTATTAAATATATATAATCT]

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[-] EMBL CD076301             [                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTAGTAATCGGNACGAGTAAATAAACAAAGTAATTTTAATATAATACTGCTGAAGAAAAAAATTGTGTAACTTTGTTATACTTAGTTGTTTTTTTTGTGTCTTTATTTTTCTCTTCACCTATAAACTCTCATTGTGAAGATCTTCTCTTTAATTACCCAATTAGATTGTAATAGTAACTAAGGTCTTTTTCATTATTTTAGCTTCTTGAAAATAATTATTCCGTTTCTTCTTTAAATCTTACCCTTTATTCTATTCATTATCATTCTACATCAAAATCATGATTAATGTTATCTAACCAATCAATTTCTTTTATTATTCATTGCACATATTTTTTGTATCTTCCTTGTTTTGAATTCATTTCTTCAATAATCTGGCTGATATTACATCTGATACAGATGGATTATTGTTGGCTTCAGCTTCATTATTCTTTTTGTATACATTTATATTTTTTATGAGAATAAACATTTATTTAAGATCCTATGTGCCTAAATTATTATTATAAACTATTTTGGCTCATATAAATCAACCCTAATATTTCATGAGAAGTTATTAAATATATATAATCT]




>consensus_8970#0
CCTCGNAGCCAANAATTCGGCACGAGGCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTAC
GTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGAGAAAATTTCCGTGAAA
CTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACTACTCCTGGAGATGGTG
TAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAATTTAGAAGTTGGTCATA
CAAATTCATCTGTACTGTTGACATCAAAAATAACAAATAATAATAGTAGTAATCGGGACG
AGTAAATAAACAAAGTAATTTTAATATAATACTGCTGAAGAAAAAAATTGTGTAACTTTG
TTATACTTAGTTGTTTTTTTTGTGTCTTTATTTTTCTCTTCACCTATAAACTCTCATTGT
GAAGATCTTCTCTTTAATTACCCAATTAGATTGTAATAGTAACTAAGGTCTTTTTCATTA
TTTTAGCTTCTTGAAAATAATTATTCCGTTTCTTCTTTAAATCTTACCCTTTATTCTATT
CATTATCATTCTACATCAAAATCATGATTAATGTTATCTAACCAATCAATTTCTTTTATT
ATTCATTGCACATATTTTTTGTATCTTCCTTGTTTTGAATTCATTTCTTCAATAATCTGG
CTGATATTACATCTGATACAGATGGGATATTGTTGGCTTCAGCTTCATTATTCTTTTTGT
ATACATTTATATTTTTTATGAGAATAAACATTTATTTAAGATCCTATGTGCCTAAATTAT
TATTATAAACTATTTTGGCTCATATAAATCAACCCTAATATTTCATGAGAAGTTATTAAA
TATATATAATCT

consensusID : consensus_8970#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 657
fasta sequence

                              [GCGTATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTTCTGATATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTAGTGCCTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCCACCTAACAAGTAGTGAATGGGAGTCATTGAATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAACAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTA]

[+] EMBL CD179419             [GCGTATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTTCTGATATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTAGTGCCTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCCACCTAACAAGTAGTGAATGGGAGTCATTGAATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAACAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTCCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACC                           ]
[+] EMBL CD179455             [GCGTATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTTCTGATATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTAGTGCCTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCCACCTAACAAGTAGTGAATGGGAGTCATTGAATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAACAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTCCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATC                               ]
[+] EMBL CD091602             [GCGTATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTTCTGATATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTAGTGCCTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCCACCTAACAAGTAGTGAATGGGAGTCATTGAATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAACAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTT                                                                                           ]
[+] EMBL CD179494             [                                                                                                                                                                                                               CAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTT                                                                                           ]
[-] EMBL CD179525             [                                                                                                                                                                                                                AAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACAAATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTA]




>consensus_8970#1
GCGTATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTT
CTGATATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTA
GTGCCTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCCACCTAACAAGTAGTGAATGGGAGTCATTG
AATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAACAAAATGCAATATTAGAAGCCATAGTAACAGAA
CGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCAACGTATGT
GCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCTTATTAAAA
ATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACAAATACTTT
ATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCG
TATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTA
TTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCAT
ATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTA

consensusID : consensus_8970#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 438
fasta sequence

                              [CGAGGCGGCACGAGGTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTACGTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGAGAAAATTTCCGTGAAACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACTACTCCTGGAGATGGTGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAATTTAGAAGTTGGTCATACA]

[+] EMBL CD083477             [CGAGGCGGCACGAGGTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTTGATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTCGGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTACGTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGAGAAAATTTCCGTGAAACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACTACTCCTGGAGATGGTGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAATTTAGAAGTTGGTCATACA]




>consensus_8970#2
CGAGGCGGCACGAGGTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATT
ATTTGTACGTCAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGAGATATCCAAATAATATCTCAGTT
GATCGATTTCAAGTGTTATTCCTTTTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAACTC
GGCTTAGCTTCATATCATATGTATTTAGTTGGAATAAATCTATCAACCTTAGAAACTTTC
CACTATCCAAGATTACGTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGA
GAAAATTTCCGTGAAACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACT
ACTCCTGGAGATGGTGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAAT
TTAGAAGTTGGTCATACA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8970#1      --------------------------------------------------------GCGT 4
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      CCTCGNAGCCAANAATTCGGCACGAGGCAACCTTAGAAACTTTCCACTATCCAAGATTAC 60
                                                                                  

consensus_8970#1      ATGTGTATTCACTTTGTATAGTACAGGTTACTTCCGTGGTAGAAAAAGTGTTTTTTCTGA 64
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      GTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGGGGATAAGAGAAAA--TTTCCGTGA 118
                                                                                  

consensus_8970#1      TATTTTTTCACTTGTTCCTGATATTGTTTTGCTGGTCATACTTAAAGGCTATCCTAGTGC 124
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      AACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAGTATTCACTACTCCTGGAGATGG 178
                                                                                  

consensus_8970#1      CTCCTATTCAGCCCCCGAAACAGTTCC--ACCTAACAAGTAGTGAATGGGA-----GTCA 177
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      TGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAAATAATAATTTAGAAGTTGGTCA 238
                                                                                  

consensus_8970#1      T-TGAATGCTGCTGTCGGGAAGGAATCTGAA----CAAAATGCAATATTAGAAGCCATAG 232
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      TACAAATTCATCTGTACTGTTGACATCAAAAATAACAAATAATAATAGTAGTAATCGGGA 298
                                                                                  

consensus_8970#1      TAACAGAACGAAACCTACCAGTTTATCTTTCCGGTTCCGATGGGAAGATTCGTGTGTGCA 292
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      CGAGTAAATAAACAAAGTAATTTTAATATAATACTGCTGAAGAAAAAAATTGTGTAACTT 358
                                                                                  

consensus_8970#1      ACGTATGTGCCCTAATAAAACCCGATCGTTCACATCACTGTTCTACCTGTGGAGTATGCT 352
consensus_8970#2      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#0      TGTTATACTTAGTTGTTTTTTTTGTGTCTTTATTTTTCTCTTC-ACCTATAAACT---CT 414
                                                                                  

consensus_8970#1      TATTAAAAATGGATCATCATTGTCCATGGACGAATAATTGTATTGGATTTCATAATCACA 412
consensus_8970#2      --------------------------------------------------CGAGGCGGCA 10
consensus_8970#0      CATTGTGAA--GATC----TTCTCTTTAATTACCCAATTAGATTGTAATAGTAACTAAGG 468
                                                                                  

consensus_8970#1      AATACTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGT 472
consensus_8970#2      CGAGGTTTATTGTCTTTCTATCATGGGGTGTCGTATACTGTTTTTTTATTATTTGTACGT 70
consensus_8970#0      TCTTTTTCATTATTTTAGCTTCTTGAAAATAATTATTCCGTTTCTTCTTTAAATCTTACC 528
                           ** *** * **    ** **        *** * **** **  ***  * *    

consensus_8970#1      CAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGA--GATATC-CAAATAATATC--TCAGTTGATCG 527
consensus_8970#2      CAGCGTCGTATTTTGCAGAGTTTTGGA--GATATC-CAAATAATATC--TCAGTTGATCG 125
consensus_8970#0      CTTTATTCTATTCATTATCATTCTACATCAAAATCATGATTAATGTTATCTAACCAATCA 588
                      *    *  ****    *   ** *  *   * ***   * **** *     *    *** 

consensus_8970#1      ATTTCAAGTGTTATTCCTT-------TTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAAC 580
consensus_8970#2      ATTTCAAGTGTTATTCCTT-------TTTATTGTGGCTGCTATGTTTGGTCTTTGTCAAC 178
consensus_8970#0      ATTTCTTTTATTATTCATTGCACATATTTTTTGTATCTTCCTTGTTTTGAATTCATTTCT 648
                      *****   * ****** **       *** ****  ** *  ***** *  **  *    

consensus_8970#1      TCGGC--TTAGCTTCATATCATATGT-ATTTAGTTGGAATAAATCTA---TCAACCTTAG 634
consensus_8970#2      TCGGC--TTAGCTTCATATCATATGT-ATTTAGTTGGAATAAATCTA---TCAACCTTAG 232
consensus_8970#0      TCAATAATCTGGCTGATATTACATCTGATACAGATGGGATATTGTTGGCTTCAGCTTCAT 708
                      **     *  *  * **** * ** * **  ** *** ***    *    *** * * * 

consensus_8970#1      AAACTTTCCACTATCCAAGATTA------------------------------------- 657
consensus_8970#2      AAACTTTCCACTATCCAAGATTACGTGGCGGTCAACCTGATAAAACTTTATTCAATTTGG 292
consensus_8970#0      TATTCTTTTTGTATACATTTATATTTTTTATGAGAATAAACATTTATTTAAGATCCTATG 768
                       *   **    *** **    **                                     

consensus_8970#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#2      GGATAAGAGAAAATTTCCGTGAAACTTTCGGATCTCCTTTTCAGTTAGCTATACTACCAG 352
consensus_8970#0      TGCCTAAATTATTATTATAAACTATTTTGGCTCATATAAATCAACCCTAATATTTCATGA 828
                                                                                  

consensus_8970#1      ------------------------------------------------------------
consensus_8970#2      TATTCACTACTCCTGGAGATGGTGTAAATTGGCGTTATCGAGTGGATCAGGATTTACAAA 412
consensus_8970#0      GAAGTTATTAAATATATATAATCT------------------------------------ 852
                                                                                  

consensus_8970#1      --------------------------
consensus_8970#2      ATAATAATTTAGAAGTTGGTCATACA 438
consensus_8970#0      --------------------------