cluster # 9012

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Schistosoma mansoni
cluster # 9012 cluster # 9012 Sequences # 8 consensus # 2

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consensus_9012#0 length = 894 sequences # 7

consensus_9012#1 length = 403 sequences # 1

consensusID : consensus_9012#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 894
fasta sequence

                              [TTAAATAGTACCGTTACACTGAAGTACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC-ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCTGATAAGTTGAATCAATTACGTCGTATGTTATTGATGNCAGATTATTTTGAAACTGCCAAGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGTGGATGGTTTAATTTACTTACATTGATAATTATACTATTTGTTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGCCTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTGTTGAAACTAAAATTGAAAAGCTTCGTGGTTCACCAAAAAGGTAGGATTTCTTCA]

[+] EMBL CD185925             [TTAAATAGTACCGTTACACTGAAGTACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAGGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD078790             [           CGTTACACTGAAGTACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCANATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCTGATAAGTTGAATCAATTACGTCGTATGTTATTGATGNCAGATTATTTTGAAACT                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD186038             [                         ACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGCGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL AI975611             [                                                  TTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCTGATAAGTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AI976143             [                                                  TTGGCTTCGCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACAC ATTCCTGTACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGGATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTGTTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACGCTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTTCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTATCTGAAGAT AAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCc                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL SM58071              [                                                          GCTTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTCGCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGATCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTGAACACAATTCCTGTACAATCTTTTCGT CTGA CCAACTTTCAAG CAGTAAGAACTGATCAGAGGCAAADGGAGACG TTAGAGATATTTATTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD186924             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGATAAGTTGAATCAATTACGTCGTATGTTATTGATGCAAGATTATTTTGAAACTGCCAAGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGTGGATGGTTTAATTTACTTACATTGATAATTATACTATTTGTTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGCCTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTGTTGAAACTAAAATTGAAAAGCTTCGTGGTTCACCAAAAAGGTAGGATTTCTTCA]




>consensus_9012#0
TTAAATAGTACCGTTACACTGAAGTACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGC
TTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTC
GCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGA
TCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACACATTCCTG
TACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGG
ATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTG
TTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACG
CTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTT
CAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATG
ATATTCTATTATCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTAT
CTGATAAGTTGAATCAATTACGTCGTATGTTATTGATGNCAGATTATTTTGAAACTGCCA
AGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGTGGATGGTTTAATTTACTTACAT
TGATAATTATACTATTTGTTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGC
CTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTG
TTGAAACTAAAATTGAAAAGCTTCGTGGTTCACCAAAAAGGTAGGATTTCTTCA

consensusID : consensus_9012#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 403
fasta sequence

                              [TAGGATCGCAGGCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTGTCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCTGATAAGCTGAATCAACTACGTCGGATGTTATTGATGCAAGATTATTTTGAAACTGCCAAGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGGGGATGGTTTAATTTACTTACATTGATAATTATACTATTTGGTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGCCTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTGTTGAAACTAAAATTGAAGAGCTTCGCGGTTC]

[+] EMBL CD060822             [TAGGATCGCAGGCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATGATATTCTATTGTCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTATCTGATAAGCTGAATCAACTACGTCGGATGTTATTGATGCAAGATTATTTTGAAACTGCCAAGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGGGGATGGTTTAATTTACTTACATTGATAATTATACTATTTGGTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGCCTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTGTTGAAACTAAAATTGAAGAGCTTCGCGGTTC]




>consensus_9012#1
TAGGATCGCAGGCAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCAT
GGCTTGAATATGATATTCTATTGTCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCAT
CTGAACAGTTATCTGATAAGCTGAATCAACTACGTCGGATGTTATTGATGCAAGATTATT
TTGAAACTGCCAAGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGGGGATGGTTTA
ATTTACTTACATTGATAATTATACTATTTGGTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATT
TATTATACCAGCCTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACA
TACTTAAAATTGTTGAAACTAAAATTGAAGAGCTTCGCGGTTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9012#0      TTAAATAGTACCGTTACACTGAAGTACGAACTCCGTGACCATCTTTGTATTTGGCTTCGC 60
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      TTTAAACGTTGTTGTTATGCATGTTTCTATATCTTAGACTGTATTAAACTACTTGCACTC 120
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      GCACAATTGGTTATTATATCCCTAATAATTTGTTGGATAACGTGTTTACATTTACTTTGA 180
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      TCTTCTAGTAGACCCCACTAAGATTCTAAATTTCTGCTTATAAACGTCAACACATTCCTG 240
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      TACATTCTCTTCGTCCTGACCCATCTTTCAAGCCAGTAAGAACTGATCAGTGGCAAATGG 300
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      ATACGTTTAGAGATATTATTTATTGGAGTGAACCAATCAAGTCGGGTATTGTTTCAGCTG 360
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      TTGGGTTGACATTTTTGTTAAGTTTATCCTGCATGTCATTCATTTCCGTCGTTGCTTACG 420
consensus_9012#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9012#0      CTGGACTTGCCTTATTTTGCTGCACAGCAGCTTGCAAACTGTATAATGTCGTTATTGGTT 480
consensus_9012#1      ----------------------------------------------TAGGATCGCAGG-- 12
                                                                    *    *    **  

consensus_9012#0      CAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATG 540
consensus_9012#1      CAAGTAAACGGGAAACGCCAAACAATTCAAATAATTCATTTCATTCATGGCTTGAATATG 72
                      ************************************************************

consensus_9012#0      ATATTCTATTATCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTAT 600
consensus_9012#1      ATATTCTATTGTCTGAAGATAAAATTGCCCAGCGTGTTGGAGCTGCATCTGAACAGTTAT 132
                      ********** *************************************************

consensus_9012#0      CTGATAAGTTGAATCAATTACGTCGTATGTTATTGATGNCAGATTATTTTGAAACTGCCA 660
consensus_9012#1      CTGATAAGCTGAATCAACTACGTCGGATGTTATTGATGCAAGATTATTTTGAAACTGCCA 192
                      ******** ******** ******* ************  ********************

consensus_9012#0      AGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGTGGATGGTTTAATTTACTTACAT 720
consensus_9012#1      AGCTTGCAATCGGCTTGTACATACTATCAATTGTAGGGGGATGGTTTAATTTACTTACAT 252
                      ************************************* **********************

consensus_9012#0      TGATAATTATACTATTTGTTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGC 780
consensus_9012#1      TGATAATTATACTATTTGGTTTGGGATTGACGTGTCCCAGACTTTATTTATTATACCAGC 312
                      ****************** *****************************************

consensus_9012#0      CTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTG 840
consensus_9012#1      CTCAATGTGATGAAGCATTCAAAATGGTCAGAACAAAAGTGACAGACATACTTAAAATTG 372
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consensus_9012#0      TTGAAACTAAAATTGAAAAGCTTCGTGGTTCACCAAAAAGGTAGGATTTCTTCA 894
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