cluster # 9037

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Schistosoma mansoni
cluster # 9037 cluster # 9037 Sequences # 8 consensus # 2

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consensus_9037#0 length = 717 sequences # 6

consensus_9037#1 length = 232 sequences # 2

consensusID : consensus_9037#0
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Sequences nbr = 6
consensus length = 717
fasta sequence

                              [TGAGACGACGTGCAGATGCAACCAT-CGTTGA--CATCTGTAGTATAATATTGTTTTAAATCTTCATAAGAAGTTTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTAAGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTCTCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGTACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTGAAGCTAATACTTTAGCTTTTACAACTAATCCAGCAGTTGCATTGGCAACAGCTTTAGCAAGTCCTAACAATTGATCCTGATAAATTCTTTCTTCATCAGTTAAAATTAAATAATTTGTATTGAATAAATCATCATCATCTCCACCATGCATCACATGACGTAATAGATCATTTGCTAGCTGCACCAACCCGACTAGCTGCTTCAATAATAGCTTTACGTGAACTACTCGATACAGGACCTTGTTGCTGGGCGATGACATGATTAGCCTTGTATTGTTCCGTCAT]

[+] EMBL CD063917             [TGAGACGACGTGCAGATGCAACCAT CGTTGA  CATCTGTAGTATAATATTGTTTTAAATCTTCATAAGAAGTTTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTAAGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTCTCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGTACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTGAAGCTAATACTTTAGCTTTTACAACTAATCCAGCAGT                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD063918             [            CAGATGCAA CATACGTTGAC CATCTGTAGTATAATA TGTTTTAAATCTTCATAAGAAG TTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTAAGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTCTCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGTACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD126633             [                  CAACCATACG TGA  C TC  TAGTATAATA TGTTTTAAATCTTCATAAGAAG TTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTAAGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTCTCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGCACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGGACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTGAAGCGAATACTTTAGCTTTTACAACT                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD166375             [                      ata CGTTGAGCCATCTGTAGTATAATATTGTTTTAAATCTTCATAAGAAGTTTGTAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTAAGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTCTCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTTTGATGGTACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTGAAGCTAATACTTTAGCTTTTACAAaaa                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD112380             [                                                                                                                                                                                                                            ATGGTACATGAACAGCAGCACGTGATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGTTGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGACTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCTGATGTAATTTGTGGAGCTAATACTTTAGCTTTTACAACTAATCCAGCAGTTGCATTGGCAACAGCTTTAGCAAGTCCTAACAATTGATCCTGATAAATTCTTTCTTCATCAGTTAAAATTAAATAATTTGTATTGAATAAATCA                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD128712             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cccCAGGAGCTGATGTAATTCGTGAAGCTAATACTTTAGCTTTTACAACTAATCCAGCAGTTGCATTGGCAACAGCTTTAGCAAGTCCTAACAATTGATCCTGATAAATTCTTTCTTCATCAGTTAAAATTAAATAATTTGTATTGAATAAATCATCATCATCTCCACCATGCATCACATGACGTAATAGATCATTTGCTAGCTGCACCAACCCGACTAGCTGCTTCAATAATAGCTTTACGTGAACTACTCGATACAGGACCTTGTTGCTGGGCGATGACATGATTAGCCTTGTATTGTTCCGTCAT]




>consensus_9037#0
TGAGACGACGTGCAGATGCAACCATCGTTGACATCTGTAGTATAATATTGTTTTAAATCT
TCATAAGAAGTTTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTA
AGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTC
TCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGTACATGAACAGCAGCACGT
GATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGT
TGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGA
CTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCT
GATGTAATTTGTGAAGCTAATACTTTAGCTTTTACAACTAATCCAGCAGTTGCATTGGCA
ACAGCTTTAGCAAGTCCTAACAATTGATCCTGATAAATTCTTTCTTCATCAGTTAAAATT
AAATAATTTGTATTGAATAAATCATCATCATCTCCACCATGCATCACATGACGTAATAGA
TCATTTGCTAGCTGCACCAACCCGACTAGCTGCTTCAATAATAGCTTTACGTGAACTACT
CGATACAGGACCTTGTTGCTGGGCGATGACATGATTAGCCTTGTATTGTTCCGTCAT

consensusID : consensus_9037#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 232
fasta sequence

                              [TCAATAATAGCTTTACGTGAACTAGCGCGATACAGGACCTTGTGGTTGTGTGATGACATGATTAGCTTGATATGTTCCGTCATCTGATGTTGGATAAATTTCTTCATGTGTCTGTCCCATAGCTAATGGTCGAGCTGATTATAACAGATCAGTGAATGCATCTGCGACATGACGAGCAGCTGATAATAAATTTTGAGTTGATTCTTCAGTTTTCTCAGCAATAATTGGTTGA]

[+] EMBL CD064401             [TCAATAATAGCTTTACGTGAACTAGCGCGATACAGGACCTTGTGGTTGTGTGATGACATGATTAGCTTGATATGTTCCGTCATCTGATGTTGGATAAATTTCTTCATGTGTCTGTCCCATAGCTAATGGTCGAGCTGATTATAACAGATCAGTGAATGCATCTGCGACATGACGAGCAGCTGATAATAA                                           ]
[-] EMBL CD181369             [ CAATAATGGCTTTACGTGAACTA CTCGATACAGGACCTTGTTGTTGTGTGATGACATGATTAGCTTGATATGTTCCGTCATCTGATGTTGGATAAATTTCTTCATGTGTCTGTCCCATAGCTAATGGTCGAGCTGATTGTAACAGATCAGTGAATGCATCTGCGACATGACGAGCAGCTGATAATAAATTTTGAGTTGATTCTTCAGTTTTCTCAGCAATAATTGGTTGA]




>consensus_9037#1
TCAATAATAGCTTTACGTGAACTAGCGCGATACAGGACCTTGTGGTTGTGTGATGACATG
ATTAGCTTGATATGTTCCGTCATCTGATGTTGGATAAATTTCTTCATGTGTCTGTCCCAT
AGCTAATGGTCGAGCTGATTATAACAGATCAGTGAATGCATCTGCGACATGACGAGCAGC
TGATAATAAATTTTGAGTTGATTCTTCAGTTTTCTCAGCAATAATTGGTTGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9037#0      TGAGACGACGTGCAGATGCAACCATCGTTGACATCTGTAGTATAATATTGTTTTAAATCT 60
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      TCATAAGAAGTTTGGAAACTATTCAAAGCATCACCTTGATAACCTTTATATGATCCTTTA 120
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      AGTAAATGTGCATTAAGCTGATCCAATGCATCTCGAACTTCTGTAGCTGCAGTTTCAGTC 180
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      TCAATAATTGATTGTTGAACCATTTGTGGATCTTCTGATGGTACATGAACAGCAGCACGT 240
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      GATGCTTGAACTACACCATCTACAGCCCATGTAACTTCACGACCAGCTTCACTTAATTGT 300
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      TGTTGACAAGTTGGTTGATGAATAGTTGGGGCTAAAACTTTAGTACAAGCTACCAATTGA 360
consensus_9037#1      --------------TCAAT-AATAGCTTTACGTGAACTAGCGCGATACAGGACCTTGTGG 45
                                    *  ** ***** *     * **        * *    ***   ** 

consensus_9037#0      CTAGTGCATAAACCAGTTTGTGTAACTGAAGCAATGACACGTTGTTGTGCTTCAGGATCT 420
consensus_9037#1      TTGTGTGATGACATGATTAGCTTGATATGTTCCGTCATCTGATGTTG-GATAAATTTCTT 104
                       *     ** *     ** *  * *      *  * *   * ***** * *  *     *

consensus_9037#0      GATGTAATT--TGTGAAGCTAATACTTTAGCTT-TTACAACTAATCCAGCAGTTGCATTG 477
consensus_9037#1      CATGTGTCTGTCCCATAGCTAATGGTCGAGCTGATTATAACAGATC-AGTGAATGCATCT 163
                       ****   *       *******  *  ****  *** ***  *** **    *****  

consensus_9037#0      GCAACAGCTTTAGCAAGTCCTAACAATTGATCCTGA-TAAATTCTTT--CTTCATCAGTT 534
consensus_9037#1      GCGACATGACGAGCAG---CTGATAATAAATTTTGAGTTGATTCTTCAGTTTTCTCAGCA 220
                      ** ***     ****    ** * ***  **  *** *  ******    **  ****  

consensus_9037#0      AAAATTAAATAATTTGTATTGAATAAATCATCATCATCTCCACCATGCATCACATGACGT 594
consensus_9037#1      ATAATTGGTTGA------------------------------------------------ 232
                      * ****   * *                                                

consensus_9037#0      AATAGATCATTTGCTAGCTGCACCAACCCGACTAGCTGCTTCAATAATAGCTTTACGTGA 654
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      ACTACTCGATACAGGACCTTGTTGCTGGGCGATGACATGATTAGCCTTGTATTGTTCCGT 714
consensus_9037#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9037#0      CAT 717
consensus_9037#1      ---