cluster # 9047

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9047 cluster # 9047 Sequences # 8 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9047#0 length = 1139 sequences # 7

consensus_9047#1 length = 637 sequences # 1

consensusID : consensus_9047#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 1139
fasta sequence

                              [CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGA-TAACTGTTAGTATA-TTCACTTTTTGTATG-TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC-GACAACCATACTATG-TC-TG-TGAAAAG-TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG-TCAACTTAGTTACA-TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT-CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT-CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAGTG]

[+] EMBL CD082703             [CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL SMA276885            [                     gaatATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGGGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAAATGGAATGTCACAGTTCAGCGCGAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATAATGTTTCCTGACAAAGACGAAGATGGTCGAATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATG CAATAAAAATTG ATAG TTTTATTCAGACTTGGA TAACTGTTAGTATA TTCACTTTTTGTATGATCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACACTTTACAAACAGACAACCATACTATGATCATGATGAAAAGTTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTC AAGGTCTCTCCTCTCCCGGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTTCAACTTAGTTACATTCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATT                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD152610             [                                                                                                                                                                      GAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTACAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD084356             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acTGGATTAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATG TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTT            ]
[-] EMBL CD076293             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATG TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAGTG]
[-] EMBL CD076287             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTC         ]
[-] EMBL CD065113             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gTGCTTTAAATGCGATAATGCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATGCATGC                                                                  ]




>consensus_9047#0
CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTC
CAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAA
AACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAAC
TTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAG
AAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAG
AAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTA
ATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAAC
TACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTT
CGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTG
ATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGAC
TTGGATAACTGTTAGTATATTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGG
CTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGA
CACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATG
TATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGT
CAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAA
TGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGT
TTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCA
CTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATC
TTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAGTG

consensusID : consensus_9047#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 637
fasta sequence

                              [TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT]

[+] EMBL CD082696             [TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT]




>consensus_9047#1
TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTG
TTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGATAACTGTT
AGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTAC
AAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCA
GATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCA
AAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTCAACTTAGTTAC
ATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAATCTT
TGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCT
ATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTC
TAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATCTTTTTGAATGGT
GCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9047#0      CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTC 60
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      CAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAA 120
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      AACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAAC 180
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      TTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAG 240
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      AAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAG 300
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      AAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTA 360
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      ATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAAC 420
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      TACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTT 480
consensus_9047#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9047#0      CGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGA--TGTGCATAAAAAAATGGTAGT 538
consensus_9047#1      ---------------TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGT 45
                                       ** *     *   * *  **  *********************

consensus_9047#0      TGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAG 598
consensus_9047#1      TGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAG 105
                      ************************************************************

consensus_9047#0      ACTTGGATAACTGTTAGTATATT-CACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAG 657
consensus_9047#1      ACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAG 165
                      *********************** ************************************

consensus_9047#0      AGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTT 717
consensus_9047#1      AGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTT 225
                      ************************************************************

consensus_9047#0      GGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAA 777
consensus_9047#1      GGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAA 285
                      ***************************** ******************************

consensus_9047#0      ATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACA 837
consensus_9047#1      ATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACA 345
                      ************************************************************

consensus_9047#0      CGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTT 897
consensus_9047#1      CGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTT 405
                      ************************************************************

consensus_9047#0      AAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTC 957
consensus_9047#1      AAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTC 465
                      ************************************************************

consensus_9047#0      AGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTA 1017
consensus_9047#1      AGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTA 525
                      *************************************************** ********

consensus_9047#0      TCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAA 1077
consensus_9047#1      TCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAA 585
                      ************************************************************

consensus_9047#0      ATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAG 1137
consensus_9047#1      ATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT-------- 637
                      ****************************************************        

consensus_9047#0      TG 1139
consensus_9047#1      --