These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9047#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 1139 fasta sequence [CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGA-TAACTGTTAGTATA-TTCACTTTTTGTATG-TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC-GACAACCATACTATG-TC-TG-TGAAAAG-TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG-TCAACTTAGTTACA-TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT-CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT-CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAGTG] [+] EMBL CD082703 [CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATT ] [+] EMBL SMA276885 [ gaatATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTCCAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAAAACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGGGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAAATGGAATGTCACAGTTCAGCGCGAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATAATGTTTCCTGACAAAGACGAAGATGGTCGAATTTCGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGATGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATG CAATAAAAATTG ATAG TTTTATTCAGACTTGGA TAACTGTTAGTATA TTCACTTTTTGTATGATCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACACTTTACAAACAGACAACCATACTATGATCATGATGAAAAGTTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTC AAGGTCTCTCCTCTCCCGGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTTCAACTTAGTTACATTCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATT ] [+] EMBL CD152610 [ GAGTCTTCCTGAACTTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAGAAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAGAAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTAATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTACAAGATACTCAACTACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGAC ] [+] EMBL CD084356 [ acTGGATTAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATG TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTT ] [-] EMBL CD076293 [ CTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATG TCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAGTG] [-] EMBL CD076287 [ CTTTACAAAC GACAACCATACTATG TC TG TGAAAAG TTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACG TCAACTTAGTTACA TCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAAT CTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCAT CATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTC ] [-] EMBL CD065113 [ gTGCTTTAAATGCGATAATGCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATGCATGC ] consensusID : consensus_9047#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 637 fasta sequence [TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT] [+] EMBL CD082696 [TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGTTGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAGACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAGAGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTTGGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAAATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACACGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTTAAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTCAGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTATCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAAATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9047#0 CTCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGATTAAGGAGAAAAATGGGGAATGAAGCTTCTCTTC 60 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 CAGATCTTTGCTCTACATTTGACGTTGAAGAAATAAAACGTTTGGCTAAACGGTTTAAAA 120 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 AACTAGATCTTGATGGTTCTGGATCTTTAAGTGTAAAAGAGTTCATGAGTCTTCCTGAAC 180 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 TTCAACAAAACCCTTTAGTTGCAAGAGTTATCGAGATTTTTGATACGGATGGCAACGGAG 240 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 AAGTTGACTTCAAGGAATTCATAGATGGAATGTCACAGTTCAGTGTAAAGGGTGAGAAAG 300 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 AAGCCAAGTTGAAATTTGCGTTTAAAATATACGACATGGACAAAGATGGGTACATCAGTA 360 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 ATGGCGAATTATTTCAGGTTTTGAAAATGATGGTTGGAAACAACTTAAAAGATACTCAAC 420 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 TACAACAAATAGTGGATAAAACTATCATGTTTGCTGACAAAGACGGAGATGGTCGGATTT 480 consensus_9047#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9047#0 CGTTTGAGGAGTTTTGTGAAGTTGTTAGCGGTCTTGA--TGTGCATAAAAAAATGGTAGT 538 consensus_9047#1 ---------------TCGAGGCCANAATTCGGCACGAGGTGTGCATAAAAAAATGGTAGT 45 ** * * * * ** ********************* consensus_9047#0 TGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAG 598 consensus_9047#1 TGATGTTTGATATTGTTTCGTAGTAAGTATGACAATAAAAATTGTATAGTTTTTATTCAG 105 ************************************************************ consensus_9047#0 ACTTGGATAACTGTTAGTATATT-CACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAG 657 consensus_9047#1 ACTTGGATAACTGTTAGTATATTTCACTTTTTGTATGTCTTTATTAAACCTGGATTATAG 165 *********************** ************************************ consensus_9047#0 AGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTT 717 consensus_9047#1 AGGCTTACGCTTTACAAACGACAACCATACTATGTCTGTGAAAAGTTTATTCACTTGTTT 225 ************************************************************ consensus_9047#0 GGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATTGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAA 777 consensus_9047#1 GGACACTGCTCATCAGATTTGTCTTTCATCGTTTCTTGATTTTATTTTCATTTCTTTCAA 285 ***************************** ****************************** consensus_9047#0 ATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACA 837 consensus_9047#1 ATGTATTTTATTTCAAAGGTCTCTCCTCTTCCCGTAAATGTCTGTGTATGAATACGCACA 345 ************************************************************ consensus_9047#0 CGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTT 897 consensus_9047#1 CGTCAACTTAGTTACATCATTCGCTTTTACTGTTGTTACTCATGTCGCTGTTACTGCTTT 405 ************************************************************ consensus_9047#0 AAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTC 957 consensus_9047#1 AAATGCGCTAATCTTTGTTGTCCTAAACCACCAACATTAATAGAATTCGAGGATCGCTTC 465 ************************************************************ consensus_9047#0 AGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTTTCAGTTTA 1017 consensus_9047#1 AGTTTTAAATGCTCTATGCTTCCCCACTTTCCTTTCTGTATTGTTTTGACTNTCAGTTTA 525 *************************************************** ******** consensus_9047#0 TCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAA 1077 consensus_9047#1 TCACTTAGTTGTTTCTAGCGCCCATGTTTTAAAATCACTGTGGATTTTCATCATGCTCAA 585 ************************************************************ consensus_9047#0 ATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGTCACACGAG 1137 consensus_9047#1 ATCTTTTTGAATGGTGCATGAATATTTCATTTTATTTCAGAAATAAACTTGT-------- 637 **************************************************** consensus_9047#0 TG 1139 consensus_9047#1 -- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||