|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9089#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 1011 fasta sequence
[CGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAATTCACGTTCAAAAAATAAAAATAATCATATTGGATCCGGTAAAAGAACTATTCGATTTAAACAAGATGGTAATATAGAAGAAAATGAGATTGTAGATGTTGAAATCGAAGGAATTCAAAGAATTAATGAAATACTTGATGATAAACTTGGTTTTGAAGATAATGAGCTTGCATTCTACATATATAAATTAGCTAAATCTTCAATGAATCCAAATGATTTAGATCAACATATTAATAAGAATAAATTATTTGATTTTATATTACCAAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTTATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAATAATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAATCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTGTGCACGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTG]
[+] EMBL CD080417 [CGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAATTCACGTTCAAAAAATAAAAATAATCATATTGGATCCGGTAAAAGAACTATTCGATTTAAACAAGATGGTAATATAGAAGAAAATGAGATTGTAGATGTTGAAATCGAAGGAATTCAAAGAATTAATGAAATACTTGATGATAAACTTGGTTTTGAAGATAATGAGCTTGCATTCTACATATATAAATTAGCTAAATCTTCAATGAATCCAAATGATTTAGATCAACATATTAATAAGAATAAATTATTTGATTTTATATTACCAAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTTATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAATAATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAATCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTG ]
[-] EMBL CD074331 [ ATTCTACATATATAAATTAGCTAAATCTTCAATGAATCCAAATGATTTAGATCAACATATTAATAAGAATAAATTATTTGATTTTATATTACCAAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTTATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAATAATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAATCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTGTGCACGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTG]
[-] EMBL CD074509 [ TTCTACATATATAAATTAGCTAAATCTTCAATGAATCCAAATGATTTAGATCAACATATTAATAAGAATAAATTATTTGATTTTATATTACCAAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTTATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAATAATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAATCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTGTGCACGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTG]
[-] EMBL CD076861 [ TATTACCAAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTTATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAATAATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAATCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTGTGCACGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTG]
consensusID : consensus_9089#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 665 fasta sequence
[AGGGAGTGGAGTCAGATATTCTGAAAGGAATGATCCTAATTGTTCCAGGACATTTAACCAAAAAGTATCAGAACCTGTAACACGTCCAGATTACCATTTTTTCTGTCAACTTGCCCATGGAAGCCCCACTGGAATTATACATGGGTTTACTACAGTCCGTCAGCTCCACACGAAAATATCGGAGTGTTTTGATATAAATCCATCTCAGATAATGTTTTGTACCAGAAATACACATAAATTAGATATGGATAAATTATTAACTTATGAAATTGGTTTAAATGATTTTTTATTTGCTCATATAAAAGGACAACCAAAAGAGATTAAAATACGTAAAACAAATGATTTATTTGGTTTAACTCTAACAGATAATGGTTGTGGTATAGTTATTATAAAACGTATTAAACCTGGTAGTTTTATGGATAAAGTATCTAAAGCTTGTGGGGATTTTATACAACCTGGTGATCAAATTGAAAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAATTTCACG-TCANAAAATAAAAATAATCATATTGGATCCGGGTAAAGAACTATTCGATTTAACA]
[+] EMBL CD083290 [AGGGAGTGGAGTCAGATATTCTGAAAGGAATGATCCTAATTGTTCCAGGACATTTAACCAAAAAGTATCAGAACCTGTAACACGTCCAGATTACCATTTTTTCTGTCAACTTGCCCATGGAAGCCCCACTGGAATTATACATGGGTTTACTACAGTCCGTCAGCTCCACACGAAAATATCGGAGTGTTTTGATATAAATCCATCTCAGATAATGTTTTGTACCAGAAATACACATAAATTAGATATGGATAAATTATTAACTTATGAAATTGGTTTAAATGATTTTTTATTTGCTCATATAAAAGGACAACCAAAAGAGATTAAAATACGTAAAACAAATGATTTATTTGGTTTAACTCTAACAGATAATGGTTGTGGTATAGTTATTATAAAACGTATTAAACCTGGTAGTTTTATGGATAAAGTATCTAAAGCTTGTGGGGATTTTATACAACCTGGTGATCAAATTGAAAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAATTTCACG TCANAAAA ]
[+] EMBL CD081936 [ gGGAGTCAGATATTCTGAAAGGAATGATCCTAATTGTTCCAGGACATTTAACCAAAAAGTATCAGAACCTGTAACACGTCCAGATTACCATTTTTTCTGTCAACTTGCCCATGGAAGCCCCACTGGAATTATACATGGGTTTACTACAGTCCGTCAGCTCCACACGAAAATATCGGAGTGTTTTGATATAAATCCATCTCAGATAATGTTTTGTACCAGAAATACACATAAATTAGATATGGATAAATTATTAACTTATGAAATTGGTTTAAATGATTTTTTATTTGCTCATATAAAAGGACAACCAAAAGAGATTAAAATACGTAAAACAAATGATTTATTTGGTTTAACTCTAACAGATAATGGTTGTGGTATAGTTATTATAAAACGTATTAAACCTGGTAGTTTTATGGATAAAGTATCTAAAGCTTGTGGGGATTTTATACAACCTGGTGATCAAATTGAAAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAA TTCACGTTCAAAAAATAAAAATAATCATATTGGATCCGGGTAAAGAACTATTCGATTTAACA]
[+] EMBL BF936407 [ TGATCCTAATTGTTCCAGGACATTTAACCAAAAAGTATCAGAACCTGTAACACGTCCAGATTACCATTTTTTCTGTCAACTTGCCCATGGAAGCCCCACTGGAATTATACATGGGTTTACTACAGTCCGTCAGCTCCACACGAAAATATCGGAGTGTTTTGATATAAATCCATCTCAGATAATGTTTTGTACCAGAAATACACATAAATTAGATATGGATAAATTATTAACTTATGAAATTGGTTTAAATGATTTTTTATTTGCTCATATAAAAGGACAACCAAAAGAGATTAAAATACGTAAAACAAATGATTTATTTGGTTTAACTCTAACAGATAATGGTTGTGGTATAGTTATTATAAAACGTATTAAACCTGGTAGTTTTATGGATAAAGTATCTAAAGCTTGTGGGGATTTTATACAACCTGGTGATCAAATTGAAAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAA ]
consensusID : consensus_9089#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 455 fasta sequence
[GGACGAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGCGTGCACAGAAGGGTAGACAAACGCATGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTGATTGATTTTAATTTGTATATTTCTTATGAATAATAATATTTGTTCAATTGAAAAAAACACAAAA]
[+] EMBL CD084329 [GGACGAAGAGATTATTATCGCTCTCTCTGTCGTTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGCGTGCACAGAAGGGTAGACAAACGCATGCGCTGTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTATATCACGGGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCGCTTATTCTTCTGAATTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAATTATAAGTTTCAAAAAGTATTCTCAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACTTTACTGAACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATAATTACATTCATTTAAAGTATAATTTGATTGATTTTAATTTGTATATTTCTTATGAATAATAATATTTGTTCAATTGAAAAAAACACAAAA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_9089#0 CGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCA 60
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 TTATCATGTAGCATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATT 120
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 AATATCACCAGAACGTTGTCCAATGTATATGATCAATTCACGTTCAAAAAATAAAAATAA 180
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 TCATATTGGATCCGGTAAAAGAACTATTCGATTTAAACAAGATGGTAATATAGAAGAAAA 240
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 TGAGATTGTAGATGTTGAAATCGAAGGAATTCAAAGAATTAATGAAATACTTGATGATAA 300
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 ACTTGGTTTTGAAGATAATGAGCTTGCATTCTACATATATAAATTAGCTAAATCTTCAAT 360
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#0 GAATCCAAATGATTTAGATCAACATATTAATAAGAATAAATTATTTGATTTTATATTACC 420
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 --------------AGGGAGTGGAGTCAGATATTCTGAAAGGAATGATCCTAATTGTTCC 46
consensus_9089#0 AAAATATTTAATTAGACAATTTTGGCAAACAGTTAATTGTATATGATGATCAGAAACTTT 480
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 AGGACATTTAACCAAAAAGTATCAG-AACCTGTAACACGTCCA-GATTACCATTTTTTCT 104
consensus_9089#0 ATATATATATATATATAACTTATTCTAATACAAATAGTTGATTAGTATATGAATCAAAAT 540
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 GTCAACTTGCCCATGGAAGCCCCACTGG----AATTATACATGGGTTTACTACAGTCCGT 160
consensus_9089#0 AATATACCTCTATTGATACAGTTCTACAATGTATGTGATCGATGATGTTGAAGAATTCAA 600
consensus_9089#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9089#1 CAGCTCCACACGAAAATATCGGAGTGTTTTGATATAAATCCATCTCAGATAATGTTTTGT 220
consensus_9089#0 TCAGAATTTTCACTACCGGTGAAATAAGAAAAAGAGATTA--TTATCGCTCTCTCTGTCG 658
consensus_9089#2 --------------------------GGACGAAGAGATTA--TTATCGCTCTCTCTGTCG 32
consensus_9089#1 ACCAGAAATACAC-ATAAATTAGATATGGATAAATTATTAACTTATGAAATTGGTTTAAA 279
* ** **** **** * *
consensus_9089#0 TTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGTTTGTCTACCCTTCTG------TGCACGCGCT 712
consensus_9089#2 TTATCTCTTGCCTATCCTTCCGCATGCGCGTGCACAGAAGGGTAGACAAACGCATGCGCT 92
consensus_9089#1 TGATTTTTTATTTGCTCATATAAAAGGACAACCAAAAGAGATTAAA-ATACGTAAAACAA 338
* ** * ** * * * * * * * * *
consensus_9089#0 GTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTA 772
consensus_9089#2 GTCTTTCTCTCTCTCTCGTTATCTCTTGCTTTTGCTTTCGCATGCGTTCACTTATTCTTA 152
consensus_9089#1 ATGATTTATTTGGTTTAACTCTAACAGATAATGGTTGTGGTATAGTTATTATAAAACGTA 398
* ** * * * * * * * * * * * ** * * * * **
consensus_9089#0 TATCACG-GGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCG 831
consensus_9089#2 TATCACG-GGTACTCTTCTGCACGCGCGTTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTAACCCTCG 211
consensus_9089#1 TTAAACCTGGTAGTTTTATGGATAAAGTATCTAAAGCTTGTGGGGATTTTATACAACCTG 458
* ** **** * ** ** * *** ** * * ** * *
consensus_9089#0 CTTATTCTTCTGAA-----------TTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAAT---- 876
consensus_9089#2 CTTATTCTTCTGAA-----------TTCTCTCTTTCTTCTTCTATTTCTTTGTAAT---- 256
consensus_9089#1 GTGATCAAATTGAAAAAATTAATAATATATCATTTAATGGTCGACGTCATTATCATGTAG 518
* ** **** * *** * ** * ** ** * **
consensus_9089#0 TATAAGTTTCAAAAAGTATTCT--CAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACT-TTACT-G 932
consensus_9089#2 TATAAGTTTCAAAAAGTATTCT--CAACAGTTATCTTTAAATTGGAAACACT-TTACT-G 312
consensus_9089#1 CATCATATTTACAAAGTATTCCAATAACAGATGTATTTTGTCTACGATTAATATCACCAG 578
** * ** * ********* ***** * * *** * * * * * ** *
consensus_9089#0 AACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATA-ATTACA 991
consensus_9089#2 AACATTGCATAATTTTATTTGGGATGCTTTAAACATGAATATCTATATATATA-ATTACA 371
consensus_9089#1 AACGTTGTCCAATGT-ATATGATCAATTTCACGTCANAAAATAAAAATAATCATATTGGA 637
*** *** *** * ** ** ** * ** ** * *** * *** *
consensus_9089#0 TTCATTTAAAGTATAATTTG---------------------------------------- 1011
consensus_9089#2 TTCATTTAAAGTATAATTTGATTGATTTTAATTTGTATATTTCTTATGAATAATAATATT 431
consensus_9089#1 TCCGGGTAAAGAACTATTCGATTTAACA-------------------------------- 665
* * ***** * *** *
consensus_9089#0 ------------------------
consensus_9089#2 TGTTCAATTGAAAAAAACACAAAA 455
consensus_9089#1 ------------------------
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||