cluster # 9091

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Schistosoma mansoni
cluster # 9091 cluster # 9091 Sequences # 8 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_9091#0 length = 408 sequences # 6

consensus_9091#1 length = 361 sequences # 2

consensusID : consensus_9091#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 408
fasta sequence

                              [CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTGG]

[+] EMBL CD144696             [CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGGCAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCGACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTG ]
[+] EMBL CD144745             [CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTG ]
[+] EMBL CD144819             [CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTG ]
[-] EMBL CD144724             [ CACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTGG]
[-] EMBL CD144754             [ CACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTGG]
[+] EMBL CD144612             [                 TTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTTTGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTTATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTAT                  ]




>consensus_9091#0
CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTG
TTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTT
TGGCAACGGTTCATGGAGTATGCAAAAAATCTTACGCAGCTTTCTTTATCTATGGAATAA
CGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAATTCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATA
ATGATATGCAGAATGTTCACATGTTGTACTTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCA
TTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCG
TCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTATGTCACTTCAGCTCCGTGG

consensusID : consensus_9091#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 361
fasta sequence

                              [TGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAATTGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGGTTTTGTCGATTCGCAGGAAATAGTTCAGTTTGCAAATTGTTTGAGTTGGTGAATCTTGCAAGAAAATGTTTCAGCGCTTCCGCTGTTTTACAAGTGTGTAAATTAGAATGTGACCGTATAATTCGAAAAGCATGTTGAATGTCAACCCTATAATGGCATGTAGGATGCTCATATGTTGGTACTTCAAAGTTTAATTTTATGTGAAACAAACCNTTTAANGCCCNNTTANTATNGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTATTACCGTCTACTGAATAATATTCGTACCTATGCAT]

[+] EMBL AA559471             [TGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAATTGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGGTTTTGTCGATTCGCAGGAAATAGTTCAGTTTGCAAATTGTTTGAGTTGGTGAATCTTGCAAGAAAATGTTTCAGCGCTTCCGCTGTTTTACAAGTGTGTAAATTAGAATGTGACCGTATAATTCGAAAAGCATGTTGAATGTCAACCCTATAATGGCATGTAGGATGCTCATATGTTGGTACTTCAAAGTTTAATTTTATGTGAAACAAACCNTTTAANGCCCNNTTANTATNGA                                                                   ]
[+] EMBL CD135921             [                                                                              ATAGTTCAGTTTGCAAATTGTTTGAGTTGGTGAATCTTGCAA CAAATGTTTCAGCGCTTCCGCTG TTTACAAGTGTGTAAATTAGAATGTGACAGTATAATTCGAAAAGCATGTTGAATGTCAACCCTATAATGGCATGTAGGATGCTCATATGTT GTACTTCAAAGTTTAATTTTATGTGAAACAAACCATTTAATGCCCAATTATTATTGAATTACTTCAAATCAACTTATAATATACGATTATTACCGTCTACTGAATAATATTCGTACCTATGCAT]




>consensus_9091#1
TGTTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAATTGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGGT
TTTGTCGATTCGCAGGAAATAGTTCAGTTTGCAAATTGTTTGAGTTGGTGAATCTTGCAA
GAAAATGTTTCAGCGCTTCCGCTGTTTTACAAGTGTGTAAATTAGAATGTGACCGTATAA
TTCGAAAAGCATGTTGAATGTCAACCCTATAATGGCATGTAGGATGCTCATATGTTGGTA
CTTCAAAGTTTAATTTTATGTGAAACAAACCNTTTAANGCCCNNTTANTATNGAATTACT
TCAAATCAACTTATAATATACGATTATTACCGTCTACTGAATAATATTCGTACCTATGCA
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9091#0      CCACGGAGGTACTCAAATTGAACCATCACAATGAATATTTTCTATTTGGCAGCTTTATTG 60
consensus_9091#1      ----------------------------------------------------------TG 2
                                                                                **

consensus_9091#0      TTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAACCGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGTGTT 120
consensus_9091#1      TTTATTCTAAATTTGGTGTACTTGCAGACAATTGAAGCATCATTTTTGCTAAAATGGTTT 62
                      *******************************  ***********************  **

consensus_9091#0      TG-------GCAACGGTTCATGGAGTATGCAAA--------------AAATCTTACGCA- 158
consensus_9091#1      TGTCGATTCGCAGGAAATAGTTCAGTTTGCAAATTGTTTGAGTTGGTGAATCTTGCAAGA 122
                      **       ***     *  *  *** ******               ****** *    

consensus_9091#0      ----GCTTT----CTTTATCTATGGAATAACGTATGCAAATTAGGGTGTGACAATATAAT 210
consensus_9091#1      AAATGTTTCAGCGCTTCCGCTGTTTTACAA-GTGTGTAAATTAGAATGTGACCGTATAAT 181
                          * **     ***   ** *   * ** ** ** *******  ******  ******

consensus_9091#0      TCGAAAAGTATGCTGAATGTCACCCTTATAATGATATGCAGAATGTTCACATGTTG-TAC 269
consensus_9091#1      TCGAAAAGCATGTTGAATGTCAACCCTATAATGGCATGTAGGATGCTCATATGTTGGTAC 241
                      ******** *** ********* ** *******  *** ** *** *** ****** ***

consensus_9091#0      TTCAAAGCTTAATTTTATATGAAACAAACCATTTATTGCCCAATTATTATTGAATTACTT 329
consensus_9091#1      TTCAAAGTTTAATTTTATGTGAAACAAACCNTTTAANGCCCNNTTANTATNGAATTACTT 301
                      ******* ********** *********** ****  ****  *** *** *********

consensus_9091#0      CAAATCAACTTATAATATACGATTGTCATCGTCTACTGAATAATAATTCGTATTTATGTA 389
consensus_9091#1      CAAATCAACTTATAATATACGATTATTACCGTCTACTGAATAATA-TTCGTACCTATGCA 360
                      ************************ * * **************** ******  **** *

consensus_9091#0      TGTCACTTCAGCTCCGTGG 408
consensus_9091#1      T------------------ 361
                      *